Abstract Introduction: Echinoderms, an integral component of marine ecosystems worldwide, have captivated scientific interest for centuries. Despite this longstanding attention, comprehending key facets such as trophic relationships, diet composition, and host-microbiota relationships still represents a challenge using traditional techniques. Recent years, however, have witnessed a transformative shift, thanks to the emergence of advanced molecular techniques, offering new approaches to strengthen ecological studies in echinoderms. Objective: Explore how recent advancements in molecular tools have impacted ecological research on echinoderms. Specifically, we aim to investigate the potential of these tools to shed light on trophic interactions, diet composition, and the characterization of gut microbial communities in these organisms. Methods: Available literature was used to clarify how novel molecular techniques can improve ecological studies. The focus is diet, trophic relationships, and gut microbiota. Results: Traditionally, studies of stomach contents using compound microscopy have provided an idea of ingested material; nevertheless, sometimes a simple magnified visualization of dietary content does not allow exhaustive identification of the entire food spectrum, as it is limited due to the rapid digestion and maceration of food items within the echinoderm’s digestive tract. The use of DNA-metabarcoding, targeting specific DNA regions, such as the mitochondrial COI gene, has allowed us to enhance the accuracy and precision of diet characterization by enabling the identification of prey items down to the species or even genetic variant level, providing valuable insights into specific dietary preferences. Another approach is the use of stable isotopes, particularly carbon and nitrogen, which provide a powerful tool to trace the origin and flow of nutrients through food webs. By analyzing the isotopic signatures in muscular tissues and food items, we can discern the sources of their primary food items and gain insights into their trophic position within the ecosystem. Lastly, a third new technique used to elucidate the characterization of the prokaryotic community is 16S rRNA sequencing. This method allows us to explore the composition and dynamics of the digestive tract microbial communities. Conclusions: This is a promising era for ecological research on echinoderms, where advances of molecular tools have enabled an unprecedented level of detail, resolving longstanding challenges in comprehending their trophic interactions, diet composition, and host-microbiota relationships, and opening new avenues of investigation in ecological studies.
Resumen Introducción: Los equinodermos, un componente integral de los ecosistemas marinos en todo el mundo, han captado el interés científico durante siglos. A pesar de esta prolongada atención, el comprender facetas clave como las relaciones tróficas, la composición de la dieta y las relaciones huésped-microbiota todavía representa un desafío utilizando técnicas tradicionales. Sin embargo, los últimos años han sido testigos de un cambio transformador, gracias a la aparición de técnicas moleculares avanzadas, que ofrecen nuevos enfoques para fortalecer los estudios ecológicos en equinodermos. Objetivo: Explorar cómo los avances recientes en herramientas moleculares han impactado la investigación ecológica sobre equinodermos. Específicamente, nuestro objetivo es investigar el potencial de estas herramientas para arrojar luz sobre las interacciones tróficas, la composición de la dieta y la caracterización de las comunidades microbianas intestinales en estos organismos. Métodos: Se utilizó la literatura disponible para aclarar cómo las nuevas técnicas moleculares pueden mejorar los estudios ecológicos. La atención se centra en la dieta, las relaciones tróficas y la microbiota intestinal. Resultados: Tradicionalmente, los estudios del contenido estomacal mediante microscopía compuesta han proporcionado una idea del material ingerido; Sin embargo, a veces una simple visualización ampliada del contenido dietético no permite una identificación exhaustiva de todo el espectro alimentario, ya que está limitado debido a la rápida digestión y maceración de los alimentos dentro del tracto digestivo del equinodermo. El uso de metabarcoding de ADN, dirigidos a regiones específicas del ADN, como el gen COI mitocondrial, nos ha permitido mejorar la exactitud y precisión de la caracterización de la dieta al permitir la identificación de presas hasta el nivel de especie o incluso de variante genética, lo que proporciona valiosos resultados sobre preferencias dietéticas específicas. Otro enfoque es el uso de isótopos estables, en particular carbono y nitrógeno, que proporcionan una poderosa herramienta para rastrear el origen y el flujo de nutrientes a través de las redes alimentarias. Al analizar las firmas isotópicas en los tejidos musculares y los alimentos, podemos discernir las fuentes de sus alimentos primarios y obtener información sobre su posición trófica dentro del ecosistema. Por último, una tercera técnica nueva utilizada para dilucidar la caracterización de la comunidad procariótica es la secuenciación del ARNr 16S. Este método nos permite explorar la composición y dinámica de las comunidades microbianas del tracto digestivo. Conclusiones: Esta es una era prometedora para la investigación ecológica sobre equinodermos, donde los avances de las herramientas moleculares han permitido un nivel de detalle sin precedentes, resolviendo desafíos de larga data en la comprensión de sus interacciones tróficas, composición de la dieta y relaciones huésped-microbiota, y abriendo nuevas vías de investigación. en estudios ecológicos.
