La ejecución de los experimentos bioinformáticos involucra el uso intensivo de servicios y recursos de información distribuidos a través de Internet. Las herramientas existentes facilitan su implementación siguiendo una orientación a flujos de trabajo (workflows), pero carecen de capacidades de integración de servicios con patrones de interacción heterogéneos y a gran escala. Esta integración es especialmente necesaria para permitir a un procesamiento distribuido a gran escala de los datos biológicos generados por las tecnologías de secuenciación masiva. Por otro lado, estos mecanismos de integración ya son proporcionados por productos de middleware como los Enterprise Service Bus (ESB), que permiten integrar sistemas distribuidos siguiendo el paradigma promovido por las Arquitectura Orientada a Servicios (SOA). Este trabajo propone una plataforma de integración basada en middleware empresarial para integrar servicios bioinformáticos. En él se presenta una arquitectura de referencia con varios niveles de abstracción y se describen con mayor detalle los mecanismos basados en ESB para proporcionar comunicaciones asíncronas, interacciones basadas en eventos y capacidades de transformación de datos. En el artículo presenta una especificación formal de la plataforma utilizando el modelo de eventos-B.

Performing Bioinformatic’s experiments involve an intensive access to distributed services and information resources through Internet. Although existing tools facilitate the implementation of workflow-oriented applications, they lack of capabilities to integrate services beyond low-scale applications, particularly integrating services with heterogeneous interaction patterns and in a larger scale. This is particularly required to enable a large-scale distributed processing of biological data generated by massive sequencing technologies. On the other hand, such integration mechanisms are provided by middleware products like Enterprise Service Buses (ESB), which enable to integrate distributed systems following a Service Oriented Architecture. This paper proposes an integration platform, based on enterprise middleware, to integrate Bioinformatics services. It presents a multi-level reference architecture and focuses on ESB-based mechanisms to provide asynchronous communications, event-based interactions and data transformation capabilities. The paper presents a formal specification of the platform using the Event-B model.