RESUMEN La utilización de los entornos virtuales de aprendizaje en el proceso docente de la carrera Ingeniería en Bioinformática es una de las prioridades en la actualidad en la Universidad de las Ciencias Informáticas. La caracterización de los procesos formativos en varias disciplinas en el uso de las Tecnologías de la Información y las Comunicaciones, arrojó uno de los resultados del proyecto de investigación “Estrategia didáctica de innovación que potencie la utilización de los entornos virtuales de aprendizaje en el montaje de las asignaturas en la carrera de Ingeniería en Bioinformática ”, en el que se detectó inconsistencia en el uso del entorno virtual de aprendizaje, manifestada en la escasa preparación de docentes y en la carencia de la identificación de los nodos integradores que permiten darle un enfoque a la enseñanza de la Química que sirven de base a otras disciplinas de la carrera como la Biología y la Bioinformática. El objetivo de este trabajo fue diseñar un sistema de acciones que permitan la preparación de los profesores en los contenidos químicos, en función de los procesos formativos de la carrera de Ingeniería en Bioinformática. Los métodos que se utilizaron fueron: el analítico sintético, el histórico lógico, el análisis documental, la observación y la entrevista, además, se utilizaron algunas herramientas informáticas. Los resultados alcanzados se concretaron en un conjunto de acciones para la preparación de los profesores de la carrera en los contenidos químicos y el uso de las bases de datos biológicas, de gran actualidad en el proceso docente.

ABSTRACT The use of virtual learning environments in the teaching process of the Bioinformatics Engineering career is one of the current priorities at the University of Informatics Sciences. The characterization of the formative processes in several disciplines in the use of Information and Communication Technologies, showed one of the results of the research project “Didactic strategy of innovation that enhances the use of virtual learning environments in the assembly of subjects in the career of Bioinformatics Engineering”, in which inconsistency was detected in the use of the virtual learning environment, manifested in the poor preparation of teachers and in the lack of identification of the integrating nodes that allow giving an approach to the teaching of Chemistry that serve as a basis for other disciplines of the career such as Biology and Bioinformatics. The objective of this work was to design a system of actions that allow the preparation of teachers in chemical contents, according to the formative processes of the Bioinformatics Engineering career. The methods used were: synthetic analytical, historical-logical, documentary analysis, observation and interview, and some computer tools were also used. The results achieved resulted in a set of actions for the preparation of the professors of the career in chemical contents.

Resumo Introdução: A OMS aponta que infecções por enteroparasitos podem afetar ~3,5 bilhões de pessoas globalmente. Pacientes em hemodiálise (HD) podem ser mais suscetíveis a infecções por patógenos oportunistas devido à função imunológica prejudicada. Avaliamos a infecção por enteroparasitos em pacientes em HD de dois centros de diálise e um grupo controle Métodos: Amostras fecais foram processadas pelas técnicas de Hoffmann, Pons&Janner, Ritchie, Willis e Rugai. Incluímos pacientes com insuficiência renal, de dois centros de diálise, em HD por mais de três meses. O grupo controle consistiu em familiares dos pacientes sem DRC evidente. PCR TaqMan e PCR Multiplex em tempo real foram realizadas para detecção de Cryptosporidium spp. e C. parvum e para diferenciar o complexo Entamoeba (E.) histolytica/E. dispar, respectivamente Resultados: 97 pacientes em HD e 42 controles foram incluídos no estudo. Cinquenta (51,5%) amostras fecais do grupo HD foram positivas para enteroparasitos, assim como 26 (61,9%) do grupo controle (P = 0,260). S. stercoralis foi o único helminto detectado, presente apenas nos pacientes em HD. A coproscopia detectou sete amostras positivas para o complexo E. histolytica/E. dispar, três de pacientes em HD e quatro controles: através da PCR, todas as amostras foram positivas para E. dispar não patogênica. As lâminas de esfregaço fecal coradas com safranina foram todas negativas para Cryptosporidium spp. Entretanto, através da PCR, observou-se amplificação para Crypstosporidium spp. em seis amostras, todas de pacientes em HD. Duas das espécies foram classificadas como C. hominis por PCR-RFLP Conclusões: A infecção por enteroparasitos, detectada por técnicas tradicionais, não foi mais prevalente em pacientes em HD, mas o S. stercoralis foi encontrado exclusivamente entre eles. Vale ressaltar que a infecção por Cryptosporidium spp., que também afetou somente pacientes em HD, pôde ser detectada somente por técnicas de biologia molecular. Introdução 35 3 5 ~3, globalmente (HD prejudicada Métodos Hoffmann PonsJanner Pons Janner Pons&Janner Ritchie Rugai renal meses evidente spp C E (E. histolyticaE histolytica histolytica/E Resultados 9 4 estudo 51,5% 515 51 (51,5% 2 61,9% 619 61 (61,9% P 0,260. 0260 0,260 . 0 260 0,260) S detectado patogênica Entretanto observouse observou se PCRRFLP RFLP Conclusões tradicionais eles molecular ~3 (E 51,5 (51,5 61,9 6 (61,9 026 0,26 ~ 51, (51, 61, (61, 02 0,2 (51 (61 0, (5 (6 (

Abstract Introduction: The World Health Organization (WHO) points out that infection by enteroparasites can affect ~3.5 billion people around the world. Hemodialysis (HD) patients may be more susceptible to infections by opportunistic pathogens due to impaired immune function. We evaluated enteroparasite infection in a sample of HD-patients from two dialysis centers and in a control group. Methods: Fecal samples were processed using the Hoffmann-Pons-Janner, Ritchie, Willis, and Rugai techniques. Patients with kidney failure from two dialysis centers undergoing HD for more than 3 months were included. The control group consisted of relatives of the patients without overt CKD. The TaqMan PCR and multiplex real-time PCR were carried out for detection of Cryptosporidium spp. and C. parvum and to differentiate the Entamoeba (E.) histolytica/E. dispar complex, respectively Results: A total of 97 HD patients and 42 controls were enrolled in the study. Fifty (51.5%) fecal samples from the HD group were positive for enteroparasites, as were 26 (61.9%) from the control group (P = 0.260). S. stercoralis was the single helminth detected and was only present in HD-patients. Coproscopy detected seven positive samples for the E. histolytica/E. dispar complex, three from HD patients and four from controls: by PCR, all samples were positive for the non-pathogenic E. dispar. Safranin-stained fecal smear slides were all negative for Cryptosporidium spp. However, by PCR, amplification for Crypstosporidium spp. was seen in six samples, all from the HD patients. Two of the species were classified as C. hominis by PCR-RFLP Conclusions: Enteroparasite infection as detected by traditional techniques were not more prevalent in HD patients, but S. stercoralis was only found in these patients. It is noteworthy that Cryptosporidium spp. infection, also affecting only HD patients, could only be detected by molecular biology techniques. Introduction WHO (WHO 35 5 ~3. world (HD function HDpatients Methods HoffmannPonsJanner, HoffmannPonsJanner Hoffmann Pons Janner, Janner Hoffmann-Pons-Janner Ritchie Willis included CKD realtime real time spp C E (E. histolyticaE histolytica histolytica/E complex Results 9 4 study 51.5% 515 51 (51.5% 2 61.9% 619 61 (61.9% P 0.260. 0260 0.260 . 0 260 0.260) S HDpatients. nonpathogenic non pathogenic Safraninstained Safranin stained However PCRRFLP RFLP Conclusions ~3 (E 51.5 (51.5 61.9 6 (61.9 026 0.26 ~ 51. (51. 61. (61. 02 0.2 (51 (61 0. (5 (6 (

RESUMEN En este trabajo presentamos una investigación basada en diseño desarrollada con una cohorte de un profesorado de biología en la asignatura Biología Humana. Diseñamos una propuesta que integró al videojuego ‘Plague Inc: Evolved’ para abordar la pandemia COVID 19 como una cuestión sociocientífica. A partir de ello nos propusimos estudiar el desarrollo de prácticas científicas en relación con la dinámica de la transmisión de infecciones virales y las ideas del estudiantado (profesorado en formación) sobre la integración de las Tecnologías de la Información y la Comunicación (TIC) en la enseñanza de las ciencias, específicamente sobre su potencial para el desarrollo de espacios argumentativos y dialógicos. Se resaltan los cambios y avances durante la implementación de la propuesta didáctica implementada. A través de un análisis cualitativo presentamos discusiones y reflexiones teóricas al respecto del desarrollo de las prácticas científicas en la formación docente.

RESUMO Neste artigo apresentamos uma investigação baseada em design desenvolvida com uma coorte de professores de biologia da disciplina Biologia Humana. Concebemos uma proposta que integrou o videojogo ‘Plague Inc: Evolved’ para trabalhar a pandemia COVID 19 como uma questão sociocientífica, a partir da qual nos propusemos estudar o desenvolvimento de práticas científicas relacionadas com as dinâmicas de transmissão de infecções virais e o pensamento dos alunos (professores em formação inicial) acerca da integração das Tecnologias de Informação e Comunicação (TIC) no ensino das ciências, especificamente sobre o seu potencial para o desenvolvimento de espaços argumentativos e dialógicos. Recorrendo a uma análise qualitativa, apresentamos discussões e reflexões teóricas sobre o desenvolvimento de práticas científicas na formação de professores, destacando as mudanças e avanços ocorridos durante a implementação de uma proposta didática.

ABSTRACT In this paper, we present a design-based research developed with a cohort of preservice biology teachers in the subject of Human Biology. We designed a proposal that integrated the video game ‘Plague Inc: Evolved’ to address the COVID-19 pandemic as a socio-scientific issue. In this context, we studied the development of scientific practices concerning the dynamics of the transmission of viral infections and the ideas of students (preservice teachers) about the integration of Information and Communication Technologies (ICT) in science teaching, specifically on its potential for the development of argumentative and dialogical environments. The changes and progress made during the implementation of the didactic proposal are highlighted. Through a qualitative analysis, we present discussions and theoretical reflections on the development of scientific practices in teacher training.

Resumo: A aquicultura é uma indústria global importante na prática do cultivo de organismos aquáticos para fornecer alimentos à população e impulsionar a economia dos países produtores. O Brasil se destaca na produção global de rãs-touro, mas essa atividade tem gerado problemas ecológicos e econômicos. A falta de regulamentação e controle pode ameaçar a biodiversidade, já que essas rãs atuam como vetores de patógenos como o fungo quitrídio Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) e o vírus Ranavirus (Rv). Tanto o Bd, quanto o Rv, estão associados a declínios e extinções em massa de anfíbios em todo o mundo. Estudos no Brasil identificaram alta prevalência desses patógenos em ranários, representando ameaças à indústria e ao ambiente. A ausência de regulamentação eficaz na ranicultura é um desafio, já que a quitridiomicose e a ranavirose são doenças de notificação obrigatória à Organização Mundial de Saúde Animal, exigindo gestão dos impactos na produção de rã-touro. Portanto, nosso objetivo foi promover a articulação entre pesquisadores, órgãos públicos e líderes do setor, visando revisar as legislações existentes e propor medidas eficazes de biosseguridade. Realizamos extensivas revisões sobre a ranicultura no Brasil, participamos e promovemos reuniões com representantes governamentais e produtivos e nos engajamos ativamente nos Planos de Ação para a conservação de espécies. Nesse contexto, esforços foram feitos para mapear ranários e desenvolver propostas de biosseguridade visando o controle de patógenos. Concluímos que a colaboração entre setores é crucial para a elaboração e implementação de políticas eficazes. Além disso, apresentamos uma revisão detalhada da legislação vigente diretamente relacionada ao tema, visando facilitar a compreensão da situação atual no Brasil. A implementação e manutenção de regulamentações mais abrangentes, assim como a adoção de práticas sustentáveis na ranicultura, são essenciais para garantir a sustentabilidade da indústria e a conservação da biodiversidade.

Abstract: Aquaculture is a globally significant industry involved in the cultivation of aquatic organisms to provide food for the population and boost the economies of producing countries. Brazil stands out in the global production of bullfrogs, but this activity has generated ecological and economic problems. The lack of regulation and control can threaten biodiversity, as these bullfrog’s act as vectors for pathogens such as chytrid fungus Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) and the virus Ranavirus (Rv). Both Bd and Rv are associated with declines and mass extinctions of amphibians worldwide. Studies in Brazil have identified a high prevalence of these pathogens in bullfrog farms, posing threats to both the industry and the environment. The absence of effective regulation in bullfrog farming is a challenge, as chytridiomycosis and ranaviruses are diseases that must be reported to the World Organisation for Animal Health, requiring management of impacts on bullfrog production. Therefore, our goal was to promote collaboration among researchers, public entities, and industry leaders, aiming to review existing legislation and propose effective biosecurity measures. We conducted extensive reviews on bullfrog farming in Brazil, participated in and organized meetings with government and industry representatives, and actively engaged in Species Conservation Action Plans. Within this context, efforts have been made to map frog farms and develop biosecurity proposals aimed at pathogen control. We conclude that intersectoral collaboration is crucial for the development and implementation of effective policies. Furthermore, we present a detailed review of the current legislation directly related to the topic to facilitate understanding of the current situation in Brazil. The implementation and maintenance of more comprehensive regulations, along with the adoption of sustainable practices in frog farming, are essential to ensure the industry’s sustainability and biodiversity conservation.

Resumen Introducción: Las aves acuáticas (AA) son usualmente relacionadas a los humedales debido a que éstos funcionan como sitios de refugio, alimentación y anidación de diferentes especies residentes y migratorias. Sin embargo, el conocimiento sobre las aves acuáticas en algunos humedales es nulo. Objetivo: Investigar la composición espacio-temporal de la comunidad de AA en la laguna Juluapan, Colima, en el Pacífico Central Mexicano. Métodos: Entre junio de 2017 y mayo de 2018 se llevaron a cabo conteos mensuales en condiciones de marea baja para registrar el uso de hábitat de las AA. Se obtuvieron valores de riqueza de especies y número de individuos para realizar comparaciones entre zonas de muestreo, así como el promedio del número de especies y número de individuos para comparaciones entre temporadas. Resultados: Se registraron un total de 53 especies y 5 750 individuos. Los valores de riqueza de especies y densidad de individuos fueron más altos durante invierno, en la zona más alejada al ambiente marino, donde la actividad antropogénica es menor. La diversidad tuvo valores más altos en la zona 2 y 3, durante primavera, verano y otoño. El ambiente más explotado por las aves fueron las planicies lodosas; y el descanso fue la actividad más frecuente. Asimismo, la actividad de anidación sólo se registró en el manglar de la zona media durante primavera. Las “aves playeras” y “aves zancudas” fueron los grupos más predominantes en la comunidad de aves de la laguna Juluapan. Conclusiones: Este humedal costero es un sitio de gran importancia biológica para aves acuáticas, por lo que resulta necesario la implementación de medidas de conservación, así como el estudio de los efectos por la presión antropogénica.

Abstract Introduction: Aquatic birds (AB) are usually associated with wetlands, which provide refuge, food, and/or nesting sites for resident and migratory species. Despite their ecological importance, there is little knowledge on AB in some tropical environments, such as those found on the Colima coast. Objective: To investigate the spatial and temporal composition of the AB community in Juluapan Lagoon, Colima, Central Mexican Pacific. Methods: Monthly counts were conducted between June 2017 and May 2018 during low-tide conditions to record habitat use by AB. Species richness and bird counts were obtained to compare sampling areas; mean richness and number of individuals were compared between seasons. Results: We detected 53 species and 5 750 individuals. The highest species richness and relative abundance values were obtained in winter at the lagoon area farthest from the connection with the marine system, where anthropogenic activity is lower. Diversity was greater in zones 2 and 3 in spring, summer, and fall. Muddy flats were the most used environment, and the most frequent activity was resting. Nesting activity was only recorded in the middle of the lagoon at the mangrove during spring. “Shorebirds” and “waders” were the most dominant groups in the bird community of the Juluapan lagoon. Conclusions: This coastal wetland is a site of great biological importance for aquatic birds; thus, conservation measures should be implemented, and there should be a continuous study of the effects of anthropogenic pressure.

Resumen Introducción: Existe evidencia que herbívoros, como los saínos, dan forma a la estructura y diversidad de la vegetación a través del comportamiento de depredación, pisoteo, dispersión y enraizamiento. Objetivo: Evaluar el impacto de los saínos (Dycotiles tajacu) en la vegetación del sotobosque del bosque tropical húmedo en el Corredor Biológico Local Nogal-La Selva, Costa Rica, en un sitio con ausencia y en otro con presencia de saínos. Métodos: De junio a noviembre de 2021 se utilizaron 20 exclusiones experimentales y 20 parcelas de acceso libre de 2 m2, se cuantifico la herbivoría, número de láminas foliares, hojas dañadas, hojas sanas, altura de brinzales y biomasa caída en ambos sitios. Resultados: Se encontró una mayor densidad de brinzales en Reserva Nogal pero una menor diversidad, contrario en La Selva donde se encontró una mayor diversidad de brinzales, pero una menor densidad de plántulas. La herbivoría y la altura de brinzales en La Selva fue mayor que en Nogal. La exclusión de los saínos disminuyó el daño a las plántulas, pero no afectó la dinámica de la biomasa caída. Conclusión: Es necesario contemplar para el diseño, implementación y evaluación de la efectividad de corredores biológicos, las interacciones planta-animal, para potencializar el flujo de procesos ecológicos mediante la conectividad funcional y estructural, analizada a partir de interacciones como las presentadas en este trabajo.

Abstract Introduction: Evidence suggests that herbivores, such as peccaries, shape vegetation structure and diversity through predation, trampling, dispersal, and rooting behavior. Objective: To evaluate the impact of peccaries (Dycotiles tajacu) on the understory vegetation of the tropical rainforest in the Nogal-La Selva Local Biological Corridor, Costa Rica, comparing a site with the absence of peccaries to another with the presence of these animals. Methodology: From June to November 2021, 20 experimental exclusions and 20 free access plots, each measuring 2 m2 were used to quantify herbivory, the number of leaf blades, damaged leaves, healthy leaves, sapling height, and fallen biomass at both sites. Results: A higher sapling density was found in the Nogal Reserve, but a lower sapling diversity, while in La Selva there was a higher sapling diversity, but a lower density of seedlings. Herbivory and sapling height in La Selva exceeded those in Nogal. The exclusion of peccaries reduced seedling damage but did not affect the dynamics of fallen biomass. Conclusion: For the design, implementation, and evaluation of the effectiveness of biological corridors, it is crucial to consider plant-animal interactions to enhance the flow of ecological processes through functional and structural connectivity, analyzed from interactions such as those presented in this paper.

Resumen Introducción: A pesar de que el enriquecimiento sensorial es fundamental para garantizar el bienestar de los animales silvestres en cautiverio, los olores no son incluidos de forma rutinaria en los protocolos de enriquecimiento para aves. Además, en el caso de estos animales, la neofobia puede ser un problema a la hora de implementar nuevos dispositivos de enriquecimiento. Objetivo: Explorar cómo varía la participación y la latencia en la interacción con un enriquecimiento olfativo entre grupos taxonómicos de aves (Amazona spp. / Ara spp. / Ramphastos spp.). Métodos: Expusimos a 257 aves a un enriquecimiento olfativo y registramos qué individuos participaron y el tiempo que tardaron en interactuar con él. Resultados: La participación en el enriquecimiento fue mayor en los tucanes en comparación con las amazonas y los guacamayos. Además, el tiempo de latencia para interactuar con el enriquecimiento fue mayor en las amazonas que en las otras especies. Nuestros hallazgos sugieren que los tucanes son especies neofílicas que podrían beneficiarse de tasas de exploración más altas. Por otro lado, las amazonas parecen ser particularmente neofóbicas, posiblemente debido a sus hábitos alimenticios menos oportunistas en comparación con los tucanes y a su mayor vulnerabilidad a la depredación en comparación con los guacamayos. Conclusión: Estos resultados señalan que los tucanes serían más proclives a participar en enriquecimientos ambientales, mientras que un diseño que utilice olores dentro de objetos más naturales o familiares podría ser más exitoso para las psitácidas.

Abstract Introduction: Despite sensory enrichment being critical for ensuring the well-being of captive wild animals, smells are not being included in enrichment protocols for birds. For this group, neophobia can be a problem when it comes to implementing new enrichment devices. Objective: To explore how participation in an olfactory enrichment and latency times varies between bird taxonomic groups (Amazona spp. / Ara spp. / Ramphastos spp.). Methods: We exposed 257 birds to a scent enrichment, and we recorded which individuals engaged with it and the time they took to interact with it. Results: We discovered that participation by toucans in the enrichment was higher compared to amazons and macaws. Furthermore, latency time to interact with the enrichment was higher in amazons that in the other species. Our findings could suggest that toucans are neophilic species which could benefit from higher exploration rates. Amazons on the contrary seem to be particularly neophobic, possibly because of their less opportunistic feeding habits compared to toucans and their higher vulnerability to predation compared to macaws. Conclusion: These results point out that toucans would be more inclined to engage in environmental enrichments, while a more natural design using smells inside familiar objects could be a more successful enrichment for psittacids.

Resumen Introducción: La melina (Gmelina arborea), es una especie de gran interés por su madera y propiedades medicinales. En Costa Rica, existen clones genéticamente superiores que se propagan sin el conocimiento de la edad ontogénica y fisiológica de los materiales. Objetivo: Evaluar la relación del contenido de fenoles y ligninas en hojas, peciolos, tallos y raíces de plantas con diferentes edades. Métodos: Los contenidos de fenoles y ligninas totales se determinaron mediante el método colorimétrico de Folin-Ciocalteu y el método de extracción alcalina, respectivamente. Para la investigación se eligieron plantas in vitro “año cero” y árboles de año y medio, cuatro, siete y 20 años. El muestreo se realizó en marzo y abril del 2021. Resultados: Se demostró que todas las partes de la planta analizadas contienen compuestos fenólicos y ligninas, independientemente de su edad. No hubo una correlación positiva entre la edad con el contenido de fenoles y ligninas para ninguna condición de desarrollo, pues los valores más altos no se obtuvieron en los árboles más longevos. Los extractos de hojas de las plantas in vitro y los árboles de siete años mostraron, respectivamente, los contenidos más altos de fenoles y ligninas para todas las condiciones (P < 0.05). Los valores promedio más bajos de compuestos fenólicos para todas las condiciones se obtuvieron en los árboles de cuatro años. Respecto a las ligninas, el contenido más bajo se presentó en las raíces más longevas, aunque la tendencia no se mantuvo para el resto de las partes de la planta. Conclusiones: La investigación muestra los primeros resultados del contenido de compuestos fenólicos y ligninas presentes en diferentes tejidos de una especie forestal de edades diferentes. Por lo tanto, son los primeros valores de referencia acerca del compromiso bioquímico para la síntesis fenólica según la edad y el estado de desarrollo específico de una planta leñosa.

Abstract Introduction: Melina (Gmelina arborea) is a tree species of great interest for its wood and medicinal properties. In Costa Rica, there are genetically superior clones that are propagated without knowledge of the ontogenic and physiological age of the materials. Objective: To evaluate how age influences the content of phenols and lignins in leaves, petioles, stems, and roots of melina plants. Methods: The total phenolic and lignins contents were determined using Folin-Ciocalteu colorimetric method and alkaline extraction method, respectively. Plants of five different ages were chosen for the investigation (in vitro plants “year 0” and trees of a year and a half, four, seven and 20 years). Sampling was done in March and April 2021. Results: All parts of the plant analyzed contain phenolic compounds and lignins, regardless of their age. There was no positive correlation between age and phenol and lignin content for any development condition, since the highest values were not obtained in the oldest trees. Leaf extracts from in vitro plants and seven-year-old trees showed, respectively, the highest phenol and lignin contents for all conditions (P < 0.05). The lowest average values of phenolic compounds for all conditions were obtained in four-year-old trees. Regarding lignins, the lowest content occurred in the oldest roots, although the trend was not maintained for the rest of the plant parts. Conclusions: This study provides the first results of the content of phenolic compounds and lignins present in different tissues of a forest species of different ages. Therefore, they are the first reference values about the biochemical commitment for phenolic synthesis according to the age and the specific developmental stage of a woody plant.

Resumen Introducción: Leptodactylus latinasus y Physalaemus cuqui son especies de anuros simpátricos con requerimientos ambientales similares y modos reproductivos contrastantes. La configuración climática determina los patrones de distribución y promueve la simpatría de los nichos ambientales, pero la especificidad/selectividad determina el éxito de los modos reproductivos. Los modelos de distribución de especies (MDE) son una herramienta valiosa para predecir distribuciones espacio-temporales basadas en la extrapolación de predictores ambientales. Objetivos: Determinar la distribución espacio-temporal de los nichos ambientales y evaluar si las áreas protegidas de la base de Datos Mundial de Áreas Protegidas (DMAP) permiten la conservación de estas especies en el escenario actual y futuro. Métodos: Aplicamos diferentes algoritmos para predecir la distribución y superposición espacio-temporal de nichos ambientales de L. latinasus y P. cuqui dentro de América del Sur en el último máximo glacial (UGM), Holoceno medio, actual y futuro. Evaluamos el estado de conservación de ambas especies con las unidades de conservación de la DMAP. Resultados: Todos los algoritmos aplicados mostraron un alto rendimiento para ambas especies (TSS = 0.87, AUC = 0.95). Las predicciones de L. latinasus mostraron amplios nichos ambientales desde LGM hasta el escenario actual (49 % de nichos estables, 37 % de nichos ganados y 13 % de nichos perdidos), sugiriendo fidelidad histórica por regiones climático-ambientales estables. En la transición actual-futura L. latinasus incrementaría la cantidad de nichos estables (70 %) y perdidos (20 %), sugiriendo fidelidad por regiones de tierras bajas y la posible tendencia hacia el microendemismo. P. cuqui pierde nichos ambientales desde el LGM al escenario actual (25 %) y en la transición actual-futura (63 %), incrementando la simpatría ambiental entre ambas especies; 31 % de superposición espacial en el escenario actual y 70 % en el futuro. Conclusión: Los eventos de sequía extrema y las variaciones de precipitaciones, derivados del cambio climático, sugieren la pérdida de nichos ambientales para estas especies, actualmente no se encuentran amenazadas, pero no están adecuadamente protegidas por las unidades de conservación. La pérdida de nichos ambientales aumenta la simpatría espacial que representa un nuevo desafío para estos anuros y la conservación de sus poblaciones.

Abstract Introduction: Leptodactylus latinasus and Physalaemus cuqui are sympatric anuran species with similar environmental requirements and contrasting reproductive modes. Climatic configuration determines distribution patterns and promotes sympatry of environmental niches, but specificity/selectivity determines the success of reproductive modes. Species distribution models (SDM) are a valuable tool to predict spatio-temporal distributions based on the extrapolation of environmental predictors. Objectives: To determine the spatio-temporal distribution of environmental niches and assess whether the protected areas of the World Database of Protected Areas (WDPA) allow the conservation of these species in the current scenario and future. Methods: We applied different algorithms to predict the distribution and spatio-temporal overlap of environmental niches of L. latinasus and P. cuqui within South America in the last glacial maximum (LGM), middle-Holocene, current and future scenarios. We assess the conservation status of both species with the WDPA conservation units. Results: All applied algorithms showed high performance for both species (TSS = 0.87, AUC = 0.95). The L. latinasus predictions showed wide environmental niches from LGM to the current scenario (49 % stable niches, 37 % gained niches, and 13 % lost niches), suggesting historical fidelity to stable climatic-environmental regions. In the current-future transition, L. latinasus would increase the number of stable (70 %) and lost (20 %) niches, suggesting fidelity to lowland regions and a possible trend toward microendemism. P. cuqui loses environmental niches from the LGM to the current scenario (25 %) and in the current-future transition (63 %), increasing the environmental sympathy between both species; 31 % spatial overlap in the current scenario and 70 % in the future. Conclusion: Extreme drought events and rainfall variations, derived from climate change, suggest the loss of environmental niches for these species that are not currently threatened but are not adequately protected by conservation units. The loss of environmental niches increases spatial sympatry which represents a new challenge for anurans and the conservation of their populations.

Resumen Introducción: Los vertidos de líquidos inflamables pueden producir accidentes graves, principalmente en plantas industriales y en carretera. Para prevenir la dispersión de derrames, se utilizan diversas formas de recolecta, como la absorción con sólidos porosos. Residuos agroindustriales pueden ser aprovechados como materiales sorbentes de líquidos inflamables. Objetivo: Determinar la capacidad de absorción de las biomasas residuales del pedúnculo de la palma aceitera (Elaeis guineensis) y del endocarpio del fruto de coyol (Acrocomia sp.) para cuatro líquidos orgánicos inflamables. Métodos: Las biomasas residuales de E. guineensis y de Acrocomia sp. se evaluaron como sorbentes para combustibles derramados (diésel, queroseno de aviación, queroseno comercial y gasolina). Se midió la cantidad de líquido absorbida por las biomasas a 24 ºC durante una semana, y su cinética de desorción a 50 ºC, usando balanzas de secado. Resultados: La propiedad sorbente del material de Acrocomia sp. no fue satisfactoria, comparada con el pedúnculo de E. guineensis, debido a diferencias en arquitectura residual del material orgánico. Esta última biomasa muestra una capacidad de absorción para los combustibles de 2.4 ± 0.2 cm3 g-1 a 24 ºC. La diatomita absorbe mayor cantidad de los combustibles estudiados, pero la difusión de estos fluidos a 50 ºC por la matriz mineral es solo 0.26 ± 0.09 veces lo observado para el material de E. guineensis, como resultado del mayor grado de tortuosidad de los poros de la diatomita. Conclusiones: El pedúnculo de palma aceitera (E. guineensis) mostró un adecuado potencial desempeño para la aplicación pasiva en la mitigación de los riesgos de incendio, con respecto a la diatomita. El endocarpio del fruto de Acrocomia sp. no resultó útil para esta operación de recuperación.

Abstract Introduction: Spills of flammable liquids can lead to serious accidents, mainly in industrial plants and on roads. To prevent the spread of spills, various forms of collection are used, such as absorption with porous solids. Agroindustrial waste can be used as sorbent materials for flammable liquids. Objective: To determine the sorption capacity of the residual empty-fruit bunch of oil-palm (Elaeis guineensis) and the macaw palm (Acrocomia sp.) nutshell for four organic flammable liquids. Methods: The residual biomasses of E. guineensis and Acrocomia sp. were assessed as sorbents for spilled fuels (diesel, jet fuel, commercial kerosene, and gasoline). Volumetric measurement of liquid-fuel absorption at 24 ºC was taken during a week. Desorption was measured at 50 ºC as the drying kinetics, by using moisture scales. Results: The sorption capacity of the Acrocomia sp. material was not satisfactory, compared to the E. guineensis residual material, due to differences in the residual architecture of the organic material. This last can absorb 2.4 ± 0.2 cm3 g-1 at 24 ºC, during a one-week period. Diatomite absorbs greater quantities of the organic liquids but, the fluids diffusion at 50 ºC is 0.26 ± 0.09 times more slowly in the mineral matrix, because of the greater pore tortuosity in this mineral matrix. Conclusions: The oil-palm empty fruit bunch of E. guineensis, showed lesser but adequate performance than the sorbing behavior for fire hazard mitigation of diatomite. The nutshell of macaw palm (Acrocomia sp.) did not prove to be useful for this recovery operation.

Resumen Introducción: El uso de artrópodos en estudios ecológicos en el bosque seco tropical (Bs-T) de Colombia se centra mayormente en arañas, mariposas, hormigas y escarabajos coprófagos; por lo tanto, es necesario comprender como es la dinámica estacional de otros grupos como Geadephaga en este ecosistema. Objetivo: Evaluar la variación espacio-temporal y el efecto de las condiciones ambientales sobre la diversidad de las comunidades de Geadephaga en dos fragmentos de Bs-T en el Caribe colombiano. Métodos: El estudio se llevó a cabo en cuatro eventos de muestreo entre febrero y junio de 2018; cada uno con una duración de cuatro días y cuatro noches. En cada localidad (Reserva Campesina La Montaña = RCM y Reserva La Flecha = RLF), se marcaron cuatro estaciones distanciadas 350 m, con parcelas de 50×50 m. En el centro de cada parcela se instaló una trampa de luz, mientras que en los cuatro vértices se instalaron trampas de caída, y se realizó captura manual, cernido de hojarasca y perturbación de follaje. Resultados: Se capturó un total de 348 ejemplares de Carabidae y 114 de Cicindelidae. La riqueza y la abundancia presentaron los valores más bajos durante el período seco, mientras que los mayores valores se observaron durante el período de lluvias, en ambos fragmentos. Tetracha affinis (Dejean, 1825) fue la especie más abundante en la RCM durante el período lluvioso. Conclusiones: La variación de la riqueza y abundancia de Geadephaga responde a un patrón estacional en ambos fragmentos. Se encontró una amplia disimilitud entre las comunidades de Geadephaga de ambos fragmentos, pese a tener condiciones ambientales parecidas.

Abstract Introduction: The use of arthropods in ecological studies in the tropical dry forest (TDF) of Colombia focused mainly on spiders, butterflies, ants, and dung beetles; therefore, it is necessary to understand the seasonal dynamics of the other groups such as Geadephaga in this ecosystem. Objective: To evaluate the spatio-temporal variations and the effect of environmental conditions on the diversity of the Geadephaga communities in two TDF fragments in the Colombian Caribbean. Methods: This study was conducted during four sampling events between February and June 2018, each lasting four days, and four nights. Four sampling stations were selected in each locality (Reserva Campesina La Montaña = RCM and Reserva La Flecha = RLF), separated 350 m one from another, with square plots of 50 × 50 m. A light trap was installed in the center of each square, while pitfall traps were installed in the four vertices, and manual capture, beating sheets and leaf litter sieve were carried out. Results: A total of 348 Carabidae and 114 of Cicindelidae were captured. In both fragments, the richness and abundance presented the lowest values in dry season, while the highest values were observed during the rainy season. Tetracha affinis (Dejean, 1825) was the most abundant species in RCM during rainy season. Conclusions: The richness variation and abundance of Geadephaga corresponds to a seasonal pattern at both locations. A high dissimilarity between the communities of Geadephaga from the two fragments was found, despite having similar environmental conditions.

Resumen Introducción: El Zorzal del Bosque es un ave migratoria que ha experimentado caídas dramáticas en sus poblaciones en las últimas décadas. Esta especie pasa el invierno en fragmentos de bosque con niveles intermedios de modificación de hábitat en Centroamérica. Sin embargo, se necesitan más estudios que detallen el uso de los bosques remanentes a lo largo del tiempo para dilucidar las amenazas que enfrenta esta especie en las zonas de invernada. Objetivo: Comprender los efectos de variables ambientales y de estructura del bosque en la ocurrencia del Zorzal del Bosque en el Norte de Costa Rica. Métodos: El área de estudio fue el Área de Conservación Guanacaste (ACG), ubicada en el Norte de Costa Rica, en diciembre de 2016, y en la temporada migratoria 2018-2019. Estimamos la ocurrencia y la probabilidad de detección del Zorzal del Bosque en cuatro ubicaciones de ACG (bosque seco, bosque nuboso y dos ubicaciones en el bosque húmedo) utilizando modelos de ocurrencia de una sola temporada. También estimamos la ocurrencia del Zorzal del Bosque y la probabilidad de persistencia en diferentes meses en tres tipos de vegetación (área abierta, bosque secundario y bosque primario) en el bosque húmedo de ACG utilizando un enfoque de modelo de ocurrencia multi-estacional. Resultados: La ocurrencia del Zorzal del Bosque estuvo mejor descrita por la precipitación en las cuatro localidades del ACG; la probabilidad de ocurrencia aumentó con las precipitaciones. La ocurrencia media de zorzales varió con el tipo de vegetación: área abierta con arbustos y borde de bosque (0.69 ± 0.09), bosque secundario (0.46 ± 0.1) y bosque primario (0.61 ± 0.1). La probabilidad de persistencia del zorzal respondió parcialmente a cambios en la precipitación, con un aumento inesperado en la persistencia cuando las precipitaciones continuaron disminuyendo en la temporada. Conclusión: La ocurrecia del Zorzal del Bosque varió con la precipitación considerando una escala espacial mayor. Su probabilidad de persistencia varió parcialmente con la precipitación. Un aumento en la persistencia más cerca de la migración de primavera podría explicarse por el inicio de la temporada de reproducción de las aves residentes, lo que podría reducir los conflictos territoriales y conservar energía antes de la migración. La protección a largo plazo de los bosques húmedos en el norte de Costa Rica es de suma importancia para la conservación de los Zorzales del Bosque en sus zonas de invernada.

Abstract Introduction: The Wood Thrush is a migratory bird that has experienced dramatic declines in its populations in recent decades. This species overwinters in forest fragments with intermediate levels of habitat modification in Central America. However, more studies detailing the use of remnant forests through time are needed to elucidate the threats this species faces in the wintering grounds. Objective: To understand the effects of environmental and forest structure variables on the occupancy of Wood Thrush in Northern Costa Rica. Methods: The study area was the Área de Conservación Guanacaste (ACG), located in Northern Costa Rica, in December 2016, and during the 2018-2019 migration season. We estimated Wood Thrush occupancy and detection probability in four locations of ACG (dry forest, cloud forest, and two locations in the wet forest) using single-season occupancy models. We also estimated Wood Thrush occupancy and probability of persistence in different months in three vegetation types (open area, secondary forest, and old-growth forest) in the wet forest of ACG using a multi-season occupancy model approach. Results: Wood Thrush occupancy was best described by precipitation in the four locations of the ACG; the probability of occupancy increased with precipitation. The average occupancy of Wood Thrushes varied with vegetation type: open area with shrubs and forest edge (0.69 ± 0.09), secondary forest (0.46 ± 0.1), and old-growth forest (0.61 ± 0.1). Wood Thrush probability of persistence responded partially to changes in precipitation, with an unexpected increase in persistence when the rainfall continued decreasing in the season. Conclusion: Wood Thrush occupancy was best predicted by changes in precipitation considering a larger spatial scale. Its probability of persistence partially varied with precipitation. An increase in persistence closer to Spring migration might be explained by the start of the breeding season of resident birds, potentially reducing territorial conflicts and conserving energy before migration. The long-term protection of wet forests in Northern Costa Rica is of paramount importance for the conservation of Wood Thrushes in their wintering grounds.

Resumen Introducción: La biodiversidad se está perdiendo a un ritmo acelerado como resultado del cambio global. Herramientas como los modelos de distribución de especies (MDEs) han sido ampliamente usados para mejorar el conocimiento sobre el estado de conservación de las especies y ayudar a desarrollar estrategias de gestión para mitigar la pérdida de biodiversidad. Objetivo: Determinar cómo la distribución potencial predicha por los MDEs para ocho especies de murciélagos amenazados difiere de los mapas de distribución reportados por la UICN. También, inferir el área de distribución y estado de endemismo de cada especie, y evaluar la importancia de la región tumbesina para su conservación. Métodos: Basados en registros de presencia del rango global de las especies, usamos MDEs para evaluar el estado de conservación de estas ocho especies en la región tumbesina de Ecuador y Perú. Resultados: Las áreas estimadas por los MDEs eran 35-78 % más pequeñas para cuatro especies (Eptesicus innoxius, Lophostoma occidentale, Platalina genovensium y Lonchophylla hesperia) y 26-1 600 % más grandes para tres especies (Amorphochilus schnablii, Promops davisoni y Rhogeessa velilla) que aquellas reportadas por la UICN. Para Tomopeas ravus, el área estimada por el MDE y la UICN fue similar, pero difirió en la distribución espacial. Los MDEs coincidieron con áreas de endemismo informadas por autores previos para E. innoxius, R. velilla y T. ravus, pero fueron diferentes para A. schnablii, P. genovensium, P. davisoni y L. hesperia, debido en parte a las distribuciones proyectadas para estas últimas especies en valles secos interandinos según los MDEs. Conclusiones: La región tumbesina representa una porción significativa (40-96 %) de la distribución predicha de siete de las ocho especies estudiadas, subrayando la importancia de esta región para la conservación de murciélagos. Nuestros resultados muestran las probables distribuciones para estas especies y proporcionan una base importante para identificar vacíos de investigación y desarrollar medidas de conservación para murciélagos amenazados en el punto caliente de biodiversidad de Tumbes.

Abstract Introduction: Biodiversity is being lost at an accelerating rate because of global change. Tools such as species distribution models (SDMs) have been widely used to improve knowledge about species’ conservation status and help develop management strategies to mitigate biodiversity loss. SDMs are especially important for species with restricted distributions, such as endemic species. Objective: To determine how potential distribution predicted by SDMs for eight threatened bat species differed from the distribution maps reported by the IUCN. Also, to infer the area of distribution and state of endemism of each specie, and to evaluate the importance of the Tumbesian region for their conservation. Methods: Based on presence records across the species’ entire ranges, we used SDMs to assess the conservation status of these eight species in the Tumbesian region of Ecuador and Peru. Results: The areas estimated by SDMs were 35-78 % smaller for four species (Eptesicus innoxius, Lophostoma occidentale, Platalina genovensium and Lonchophylla hesperia) and 26-1 600 % larger for three species (Amorphochilus schnablii, Promops davisoni and Rhogeessa velilla) than those reported by the IUCN. For Tomopeas ravus, the area estimated by the SDM and IUCN was similar but differed in spatial distribution. SDMs coincided with areas of endemism reported by previous authors for E. innoxius, R. velilla, and T. ravus, but were different for A. schnablii, P. genovensium, P. davisoni, and L. hesperia, due in part to projected distributions for these latter species in dry inter-Andean valleys according to the SDMs. Conclusions: The Tumbesian region represents a significant portion (40-96 %) of the predicted distribution of seven of the eight species studied, underscoring the importance of this region for bat conservation. Our results show likely distributions for these species and provide an important basis for identifying research gaps and developing conservation measures for threatened bats in the Tumbes biodiversity hotspot.

Resumen Introducción: Varias presiones antrópicas sufren los ecosistemas acuáticos del piedemonte llanero en Colombia. La respuesta a estresores ambientales aún se desconoce en organismos bioindicadores como Leptohyphidae. Objetivo: Determinar la diversidad de ninfas de Leptohyphidae del río Quenane-Quenanito, en dos periodos hidrológicos contrastantes y su relación con algunas variables fisicoquímicas. Métodos: En diciembre (2014) y febrero (2015) se recolectaron organismos con red Surber en seis estaciones a lo largo del río. Se analizó la diversidad alfa y beta y se aplicó análisis de redundancia y modelos lineales generalizados con el fin de establecer la relación entre los taxones y las variables ambientales. Resultados: Se identificaron 369 organismos pertenecientes a cuatro géneros (Amanahyphes, Traverhyphes, Tricorythopsis y Tricorythodes), dos especies y ocho morfoespecies. Se reporta por primera vez para el departamento del Meta Amanahyphes saguassu. Se registró la mayor diversidad de ninfas en la transición a la sequía y la mayor abundancia en sequía. La diversidad beta señaló que la configuración del ensamblaje cambia a nivel espacial y temporal. Conclusiones: Los organismos de Leptohyphidae prefieren hábitats de corrientes, particularmente en el periodo de sequía, donde hallan alimento (hojarasca, detritos) y refugio para establecerse exitosamente; actividades antrópicas como la urbanización afectan notablemente la diversidad. La alta diversidad registrada en este pequeño río de piedemonte llanero refleja la necesidad de incrementar este tipo de trabajos y esfuerzos de recolección de material de estudio en la región.

Abstract Introduction: Various anthropic pressures affect the aquatic ecosystems of the foothills of Colombia. The response to environmental stressors is still unknown in bioindicator organisms such as Leptohyphidae. Objective: To determine the diversity of Leptohyphidae nymphs of the Quenane-Quenanito river, in two contrasting hydrological periods and its relationship with some physicochemical variables. Methods: In December (2014) and February (2015), organisms were collected with a Surber net at six stations along the current. Alpha and beta diversity was analyzed and redundancy analysis and generalized linear model were applied to establish the relationship between taxa and environmental variables. Results: Were identified 369 organisms belonging to four genera (Amanahyphes, Traverhyphes, Tricorythopsis, and Tricorythodes), two species, and eight morphospecies. Amanahyphes saguassu is reported for the first time for the Meta department. High diversity of Leptohyphidae nymphs was recorded in the transition to drought season and greater abundance in drought. Beta diversity indicated that the configuration of the assemblage changes spatially and temporally. Conclusions: Leptohyphidae organisms prefer fast habitats, particularly in the dry period where they find food (leaf litter, detritus) and shelter to establish themselves successfully; anthropic activities such as urbanization notably affect diversity. The high diversity recorded in this small river in the foothills of the plains reflects the need to increase this type of works and collection efforts of study material in the region.

Resumen Introducción: Una revisión reciente de la clasificación de la familia Trochilidae con base en secuencias de ADN demostró muchas incongruencias con la clasificación genérica previa, que había sido hecho con base en caracteres del plumaje muy sujetos a homoplasia, especialmente en la tribu más grande, Trochillini. Una reorganización de los géneros logró llevar su clasificación genérica a la concordancia con la filogenia, pero debido a la ausencia de datos genéticos, dos especies permanecieron sin clasificar. Una de estas fue el colibrí de manglar Amazilia boucardi, una especie endémica de Costa Rica, considerada como amenazada en la lista roja de la UICN. Objetivo: Obtener evidencia molecular para esclarecer las relaciones genéricas de A. boucardi. Métodos: Se aisló ADN de tejidos de esta especie y se amplificaron 4 fragmentos de ADN del núcleo y 5 de la mitocondria, y se compararon con fragmentos homólogos de 56 especies en la tribu Trochillini, generando árboles filogenéticos con métodos de máxima verosimilitud y bayesiano. Resultados: Los análisis filogénticos obtenidos confirmaron la ubicación de boucardi en Trochilini y definitivamente la excluyó del género Amazilia, pero la ubicó con un alto grado de confianza en el género Chrysuronia Bonaparte, 1850, dentro los cuales su pariente más cercano es C. coeruleogularis, que también habita manglares. Conclusiones: Nuestros datos genéticos basados en regiones nucleares y mitocondriales indican claramente la relación entre A. boucardi and L. coeruleogularis. Es más, lo anterior se sustenta por su distribución en los manglares de la costa Pacífica de Costa Rica y oeste de Panamá. Por lo tanto, sugerimos excluir a A. boucardi como “incertae sedis”.

Abstract Introduction: A recent revision of the generic classification of the Trochilidae based on DNA sequences revealed many inconsistencies with the current generic classification, largely based on plumage characters subject to homoplasy, especially in the Trochilini, the largest tribe. A thorough generic reorganization brought the classification into accord with the phylogeny, but due to lack of genetic data, two species remained unclassified. One of these was the Mangrove Hummingbird, “Amazilia” boucardi, endemic to Costa Rica and included in the IUCN red list of threatened species. Objective: To obtain molecular evidence to clarify the generic relationships of “A.” boucardi. Methods: We isolated DNA from tissues of this species and amplified 4 nuclear and 4 mitochondrial fragments and compared these with homologous fragments from 56 species in the Trochilini, constructing phylogenetic trees with maximum likelihood and Bayesian methods. Results: Our phylogenetic analyses confirmed the placement of boucardi in the Trochilini and definitely excluded it from Amazilia but placed it with high confidence in the genus Chrysuronia Bonaparte, 1850, within which its closest relative is C. coeruleogularis, which also inhabits mangroves. Conclusions: Our genetic data based on nuclear and mitochondrial regions clearly indicate the relationship of A. boucardi and L. coeruleogularis. Moreover, it is also supported by their habitat distribution in the mangroves of the Pacific coast of Costa Rica and Western Panama. Therefore, we suggested to exclude A. boucardi as “incertae sedis”.