Búsqueda | SciELO

Necesita ayuda?

Añadir un campo +

Historico de búsqueda

No se encontraron documentos para su búsqueda

Resultados: 517

Bioinformatics

Filtros

Colección + Opciones

Todos
Brasil

246
Colombia

66
Chile

52
México

34
Cuba

31
Perú

15
Argentina

14
Salud Pública

13
España

10
Sudáfrica

10
Costa Rica

5
Portugal

5
Bolivia

4
Uruguay

4
Ecuador

3

Mostrar todos...

Revista + Opciones

Todos
Genetics and Molecular Biology

54
Brazilian Journal of Medical and Biological Research

40
Memórias do Instituto Oswaldo Cruz

24
Biological Research

21
Brazilian Archives of Biology and Technology

14
Clinics

13
Electronic Journal of Biotechnology

12
Revista Colombiana de Biotecnología

9
Acta Biológica Colombiana

8
Brazilian Journal of Microbiology

7
Anais da Academia Brasileira de Ciências

6
International Journal of Morphology

6
Journal of Applied Oral Science

6
Revista mexicana de ingeniería biomédica

6
Biomédica

5

Mostrar todos...

Idioma + Opciones

Todos
Inglés

158
Español

150
Portugués

19

Año de publicación + Opciones

Todos
2024

51
2020

43
2023

40
2019

39
2022

39
2021

38
2011

29
2017

27
2014

24
2012

23
2016

22
2018

20
2013

19
2010

18
2015

17

Mostrar todos...

SciELO Áreas Temáticas + Opciones

Todos
Ciencias Biológicas

222
Ciencias de la Salud

217
Multidisciplinaria

62
Ciencias Agrícolas

52
Ingenierias

37
Ciencias Exactas y de la Tierra

31
Ciencias Sociales Aplicadas

11
Humanidades

8

WoS Áreas Temáticas + Opciones

Todos
Biología

168
Medicine

128
Biochemistry

59
Molecular

59
Genetics

57
Heredity

57
Multidisciplinary

56
Research

52
Sciences

52
Science

49
Experimental

47
General

44
Internal

44
Microbiología

42
Health

37

Mostrar todos...

WoS Indice de Citaciones + Opciones

Todos
Science Citation Index Expanded

321
Social Sciences Citation Index

28
Arts Humanities Citation Index

7

Citables y no citables + Opciones

Todos
Citable

501
No citable

15

Tipo de literatura + Opciones

Todos
Artículo

458
Artículo de revisión

28
Comunicación rápida

10
Editorial

8
Informe de caso

3
Otros

3
Artículo-comentario

2
Reseña de Libro

2
Resumen

1
Informe breve

1
Carta

1

Ordenar por

Página de 35 Próxima

Seleccionar esta página

Imprimir | Enviar por correo-e | Exportar |

Facebook
Twitter
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

0 Itens seleccionados

Listar itens
Limpiar lista

La preparación de los profesores en los contenidos químicos relacionados con la bioinformática
Facebook Twitter

Otras redes sociales
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

Métrica
- SciELO Analytics

Delgado Yanes, Nilda

; Ramos Bermúdez, Pablo Enmanuel

; González González, Cecilia de la Caridad

Serie Científica de la Universidad de las Ciencias Informáticas

Métricas del periódico
- Sobre o periódico
- SciELO Analytics

Mar 2025, Volumen 18 Nº 1 Paginas 81 - 94

Resumen: Es En | Texto: Es En | PDF: Es | PDF: En

RESUMEN La utilización de los entornos virtuales de aprendizaje en el proceso docente de la carrera Ingeniería en Bioinformática es una de las prioridades en la actualidad en la Universidad de las Ciencias Informáticas. La caracterización de los procesos formativos en varias disciplinas en el uso de las Tecnologías de la Información y las Comunicaciones, arrojó uno de los resultados del proyecto de investigación “Estrategia didáctica de innovación que potencie la utilización de los entornos virtuales de aprendizaje en el montaje de las asignaturas en la carrera de Ingeniería en Bioinformática ”, en el que se detectó inconsistencia en el uso del entorno virtual de aprendizaje, manifestada en la escasa preparación de docentes y en la carencia de la identificación de los nodos integradores que permiten darle un enfoque a la enseñanza de la Química que sirven de base a otras disciplinas de la carrera como la Biología y la Bioinformática. El objetivo de este trabajo fue diseñar un sistema de acciones que permitan la preparación de los profesores en los contenidos químicos, en función de los procesos formativos de la carrera de Ingeniería en Bioinformática. Los métodos que se utilizaron fueron: el analítico sintético, el histórico lógico, el análisis documental, la observación y la entrevista, además, se utilizaron algunas herramientas informáticas. Los resultados alcanzados se concretaron en un conjunto de acciones para la preparación de los profesores de la carrera en los contenidos químicos y el uso de las bases de datos biológicas, de gran actualidad en el proceso docente.

ABSTRACT The use of virtual learning environments in the teaching process of the Bioinformatics Engineering career is one of the current priorities at the University of Informatics Sciences. The characterization of the formative processes in several disciplines in the use of Information and Communication Technologies, showed one of the results of the research project “Didactic strategy of innovation that enhances the use of virtual learning environments in the assembly of subjects in the career of Bioinformatics Engineering”, in which inconsistency was detected in the use of the virtual learning environment, manifested in the poor preparation of teachers and in the lack of identification of the integrating nodes that allow giving an approach to the teaching of Chemistry that serve as a basis for other disciplines of the career such as Biology and Bioinformatics. The objective of this work was to design a system of actions that allow the preparation of teachers in chemical contents, according to the formative processes of the Bioinformatics Engineering career. The methods used were: synthetic analytical, historical-logical, documentary analysis, observation and interview, and some computer tools were also used. The results achieved resulted in a set of actions for the preparation of the professors of the career in chemical contents.

Study of the role of transmembrane emp24 domain-containing protein 2 in oral squamous cell carcinoma
Facebook Twitter

Otras redes sociales
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

Métrica
- SciELO Analytics
- Dimensions
- PlumX
- Altmetric

Zhao-wei, RUAN

; Xue-feng, JIAO Gao-tian, XIAO Jin-ling, CHEN Jun, LI Shu-ying, LV

Journal of Applied Oral Science

Métricas del periódico
- Sobre o periódico
- SciELO Analytics

2025, Volumen 33 elocation e20240305

Resumen: En | Texto: En | PDF: En

Abstract Objective This study aimed to investigate the role of transmembrane emp24 domain-containing protein 2 (TMED2) in oral squamous cell carcinoma (OSCC). Methodology A bioinformatics analysis was first conducted to explore TMED2 expression in OSCC and its relation with overall survival. The analysis results were further verified by assessing TMED2 expression levels in human normal oral keratinocyte cells and human OSCC cell lines using quantitative real-time polymerase chain reaction and the Western blot. Finally, the effects of TMED2 knockdown and overexpression on the expression levels of TMED2, ADP-ribosylation factor 1, extracellular signal-regulated kinase ½, and phospho-extracellular signal-regulated kinase ½ proteins were examined in cells using the Western blot. Results The GEPIA2 database showed that OSCC tissues expressed more TMED2 than normal tissues. At the cellular level, TMED2 expression significantly increased in SCC-4, HSC-3, and CAL-27 cells than in human normal oral keratinocyte cells. TMED2 knockdown reduced cell proliferation, increased the apoptosis rate in SCC-4 cells, and led to a higher proportion of cells in the G0/G1 phase and a lower proportion in the S phase. Conclusion TMED2 may promote OSCC cell proliferation and inhibit apoptosis, potentially by activation of the ADP-ribosylation factor 1/ extracellular signal-regulated kinase ½ signaling pathway.

https://doi.org/10.1590/1678-7757-2024-0305

Natural Products Diversity from Genus Aspergillus: A Bioinformatics Study for Insecticidal Activity against the Aedes aegypti Vector Aspergillus
Facebook Twitter

Otras redes sociales
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

Métrica
- SciELO Analytics
- Dimensions
- PlumX
- Altmetric

Araújo, Inana F. de

; Ramos, Ryan S. Matos, Mateus J. S. Santos, Cleydson B. R. dos Rameshrad, Maryam Souto, Raimundo N. P. Ferreira, Irlon M.

Journal of the Brazilian Chemical Society

Métricas del periódico
- Sobre o periódico
- SciELO Analytics

2025, Volumen 36 Nº 3 elocation e-20240161

Resumen: En | Texto: En | PDF: En

Computational predictive approaches present themselves as an attractive alternative in the search for new compounds that may present toxic or growth regulatory activity in Aedes aegypti. Aspergillus species is a producer of secondary metabolites with diverse biological activities. In this study, it was possible to evaluate the pharmacokinetic and toxicological properties in silico, as well as the prediction of the insecticidal biological activities of the juvenile hormone of natural substances produced by the genus Aspergillus. Initially, 187 molecules were cataloged from various species of Aspergillus spp., and only seven molecules of indole alkaloids were found to exhibit a toxic dose 50% (TD50) after conducting toxicity predictions. The molecular dynamic simulation trajectories were utilized to study parameters such as root mean square deviation, root mean square fluctuation, radius of gyration and intermolecular hydrogen bond to understand the behavior and stability of proposed compounds in the binding pocket of the target protein. The N-β-acetyltryptamine molecule showed a binding affinity value of –8.100 ± 0.200 kcal mol-1, which classifies the compound as a potential insecticidal agent against the Aedes aegypti vector. silico Initially 18 spp spp. 50 TD50 TD (TD50 predictions deviation fluctuation protein Nβacetyltryptamine N β acetyltryptamine 8100 8 100 –8.10 0200 0 200 0.20 mol1, mol1 mol 1, 1 mol-1 vector 5 TD5 (TD5 810 10 –8.1 020 20 0.2 mol- (TD 81 –8. 02 2 0. –8 –

https://doi.org/10.21577/0103-5053.20240161

Rápida propagación del genotipo emergente cosmopolita del virus dengue serotipo 2, y expansión del genotipo V de dengue serotipo 1 en el Perú
Facebook Twitter

Otras redes sociales
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

Métrica
- SciELO Analytics
- Dimensions
- PlumX
- Altmetric

Bailon, Henri

; Jimenez, Víctor

; Galarza, Marco

; Medrano, Princesa

; Mestanza, Orson

; Figueroa, Dana

; Lizarraga, Wendy

; Silva, Iris

; Sevilla, Luren

; Hurtado, Verónica

; Izarra, Vanessa

; Padilla, Carlos

; Barcena, Luis

; Caceres, Omar

; Merino, Susy

; Marcelo, Adolfo

; Ruiz, Nora

; Hapuarachchii, Hapuarachchige Chanditha

; Sánchez, César Cabezas

; García, María P.

Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública

Métricas del periódico
- Sobre o periódico
- SciELO Analytics

Dic 2024, Volumen 41 Nº 4 Paginas 375 - 384

Resumen: Es En | Texto: Es En | PDF: Es | PDF: En

RESUMEN Objetivos . En el presente estudio se evaluó la prevalencia y distribución del genotipo V del virus del dengue serotipo 1 (DENV-1) y del genotipo cosmopolita serotipo 2 (DENV-2) en Perú entre los años 2019 y 2022. Materiales y métodos. La región del gen de la envoltura (E) se amplificó a partir de 79 muestras de suero mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y se secuenció mediante tecnología de secuenciación de nueva generación (NGS). Las secuencias obtenidas se analizaron posteriormente mediante herramientas bioinformáticas. Resultados. El estudio generó secuencias del gen de la envoltura de los serotipos DENV-1 y DENV-2. Nuestro estudio reveló una rápida dispersión y amplia distribución del genotipo cosmopolita DENV-2 en diversas regiones del Perú en 2022, así como la propagación del genotipo V DENV-1 a nuevas regiones peruanas, junto con el genotipo cosmopolita DENV-2. Conclusiones. Nuestros hallazgos sugieren la urgente necesidad de fortalecer los sistemas de vigilancia epidemiológica y genómica para conocer y controlar la expansión de los genotipos circulantes del DENV en Perú. Esto permitirá una respuesta más rápida, a la vez que el monitoreo de su potencial diseminación a otros países de las Américas.

ABSTRACT Objectives. This study aimed to evaluate the prevalence and distribution of dengue virus genotype V serotype 1 (DENV-1) and cosmopolitan genotype serotype 2 (DENV-2) in Peru between 2019 and 2022. Materials and methods. The envelope (E) gene region was amplified from 79 serum samples by polymerase chain reaction (PCR) and sequenced by next-generation sequencing (NGS) technology. The obtained sequences were subsequently analyzed with bioinformatics tools. Results. The study generated envelope gene sequences of DENV-1 and DENV-2 serotypes. Our study revealed a rapid dispersal and wide distribution of the cosmopolitan DENV-2 genotype in several regions of Peru in 2022, as well as the spread of DENV-1 genotype V to new Peruvian regions, along with the cosmopolitan DENV-2 genotype. Conclusions. Our findings suggest the urgent need to strengthen epidemiological and genomic surveillance systems to understand and control the spread of circulating DENV genotypes in Peru. This will allow a more rapid response, as well as the monitoring of its potential dissemination to other countries in the Americas.

https://doi.org/10.17843/rpmesp.2024.414.13898

ANÁLISIS IN SILICO DE LA INTERACCIÓN ENTRE RIMEGEPANT Y HRAS COMO DIANA TERAPÉUTICA EN EL CÁNCER DE PULMÓN DE CÉLULAS NO PEQUEÑAS
Facebook Twitter

Otras redes sociales
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

Métrica
- SciELO Analytics
- Dimensions
- PlumX
- Altmetric

Jácome Campos, Fabricio

; González, Anthony Fernando

Perfiles

Métricas del periódico
- Sobre o periódico
- SciELO Analytics

Dic 2024, Volumen 1 Nº 32 Paginas 37 - 54

Resumen: En Es | Texto: En Es | PDF: En | PDF: Es

ABSTRACT Lung cancer accounts for 1,800,000 deaths worldwide. Lung neoplasms are divided into non-small cell lung cancer and small cell lung cancer. The first covers 80% of cases and is subdivided into adenocarcinoma, large cell carcinoma and squamous cell carcinoma. The aim of this study is to analyze a potential therapeutic molecular target in non-small cell lung cancer using an in silico approach. The methodology included a differential expression analysis using GEO2R, followed by a comparison of genes with databases such as Malacards, Harmonizome and KEGG. In addition, interaction networks were built using Cytoscape to identify interactions between cancer-related genes. Subsequently, DrugBank was used to identify a potential therapeutic target and the druggable site was recognized through DOGSiteScorer. The results indicate that the drug Rimegepant shows favorable pharmacokinetic and toxicity properties, suggesting that it could be a viable alternative for the development of drugs targeting the HRAS protein. This finding opens up new perspectives for the treatment of non-small cell lung cancer, improving its therapeutic approach.

RESUMEN El cáncer de pulmón ocasiona 1.800.000 muertes a nivel mundial. Las neoplasias pulmonares se dividen en cáncer de pulmón de células no pequeñas y cáncer de pulmón de células pequeñas. El primero abarca el 80% de los casos y se subdivide en adenocarcinoma, carcinoma de células grandes y carcinoma de células escamosas. El objetivo de este estudio es analizar una posible diana molecular terapéutica en el cáncer de pulmón de células no pequeñas mediante un enfoque in silico. La metodología incluyó un análisis de expresión diferencial utilizando GEO2R, seguido de una comparación de genes con bases de datos como Malacards, Harmonizome y KEGG. Además, se construyeron redes de interacción mediante Cytoscape para identificar las interacciones entre los genes relacionados con el cáncer. Posteriormente, se empleó DrugBank para identificar una posible diana terapéutica y se reconoció el sitio drogable a través de DOGSiteScorer. Los resultados indican que el fármaco Rimegepant muestra propiedades farmacocinéticas y de toxicidad favorables, lo que sugiere que podría ser una alternativa viable para el desarrollo de medicamentos dirigidos a la proteína HRAS. Este hallazgo abre nuevas perspectivas para el tratamiento del cáncer de pulmón de células no pequeñas, mejorando su abordaje terapéutico.

https://doi.org/10.47187/perf.v1i32.298

Rápida propagación del genotipo emergente cosmopolita del virus dengue serotipo 2, y expansión del genotipo V de dengue serotipo 1 en el Perú
Facebook Twitter

Otras redes sociales
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

Métrica
- SciELO Analytics
- Dimensions
- PlumX
- Altmetric

Bailon, Henri

; Jimenez, Víctor

; Galarza, Marco

; Medrano, Princesa

; Mestanza, Orson

; Figueroa, Dana

; Lizarraga, Wendy

; Silva, Iris

; Sevilla, Luren

; Hurtado, Verónica

; Izarra, Vanessa

; Padilla, Carlos

; Barcena, Luis

; Caceres, Omar

; Merino, Susy

; Marcelo, Adolfo

; Ruiz, Nora

; Chanditha Hapuarachchii, Hapuarachchige

; Cabezas Sánchez, César

; García, María P.

Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Publica

Métricas del periódico
- Sobre o periódico
- SciELO Analytics

Oct 2024, Volumen 41 Nº 4 Paginas 375 - 384

Resumen: Es En | Texto: Es En | PDF: Es | PDF: En

https://doi.org/10.17843/rpmesp.2024.414.13898

Secuenciación de nueva generación en falla medular pediátrica: una herramienta valiosa para un diagnóstico preciso
Facebook Twitter

Otras redes sociales
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

Métrica
- SciELO Analytics
- Dimensions
- PlumX
- Altmetric

Pacheco-Orozco, Rafael Adrián

; Devia, Angela

; Manzi, Eliana

; Franco, Alexis Antonio

; Pachajoa, Harry

; Medina Valencia, Diego

Andes pediatrica

Métricas del periódico
- Sobre o periódico
- SciELO Analytics

Oct 2024, Volumen 95 Nº 5 Paginas 525 - 532

Resumen: En Es | Texto: En Es | PDF: En | PDF: Es

Abstract: Inherited Bone Marrow Failure syndromes account for approximately 25% of cases of aplastic anemia in pediatric patients. Next-generation sequencing (NGS) technologies have allowed the diagnosis of an increasing number of hereditary causes of bone marrow failure. Objective: To determine the diagnostic yield and clinical concordance of NGS in the diagnosis of a cohort of pediatric patients with bone marrow failure. Patients and Method: Patients included were those aged between 0-17 years with a diagnosis of Bone Marrow Failure Syndrome according to the ICD-10 classification codes, who had undergone a genetic study between 2018 and 2022. The information was obtained from the electronic medical records system. Genomic DNA was isolated and quantified through the Qubit™ 3.0 fluorometer. Regions of interest were selected using a hybridization probe that included the intronic and exonic regions adjacent to the genes included in the panel. Clonal amplification and paired-end sequencing of the selected regions were performed using the Illumina MiSeq™ system. Bioinformatics analysis was performed in alignment with the reference genome (GRCh38). Variants classified as probably pathogenic or pathogenic were confirmed through Sanger sequencing. Results: Out of 18 patients included, a genetic diagnosis was achieved through NGS in 5 (27.8%) of them: two cases of Fanconi Anemia, two cases of Dyskeratosis Congenita, and one case of TP53- associated bone marrow failure. Clinical concordance was 100%. Two novel variants were found in the FANCA and PARN genes as causing disease. Conclusions: The use of NGS in patients with bone marrow failure identified the etiology in close to a third of patients of our cohort, with higher yield in patients with a clear clinical diagnosis and syndromic features.

Resumen: Los síndromes hereditarios de falla medular representan aproximadamente el 25% de los casos de anemia aplásica en la población pediátrica. Las tecnologías de Secuenciación de Nueva Generación (NGS) han permitido el diagnóstico de un número cada vez mayor de etiologías hereditarias de falla medular. Objetivo: Determinar el rendimiento y la concordancia clínica de la NGS en el diagnóstico de una cohorte de pacientes con falla medular. Pacientes y Método: Se incluyeron pacientes entre 0 y 17 años con diagnóstico de Síndrome de Falla Medular de acuerdo con los códigos de la clasificación CIE-10, a quienes se les hubiera realizado estudio genético entre 2018 y 2022. La información fue obtenida a partir del sistema de historias clínicas electrónicas. Se aisló ADN genómico y se cuantificó a través del fluorómetro Qubit®3.0. Las regiones de interés fueron seleccionadas utilizando una sonda de hibridización que incluía las regiones intrónicas y exónicas adyacentes a los genes incluidos en el panel. Se realizó amplificación clonal y secuenciación de extremos apareados de las regiones seleccionadas a través de la plataforma Illumina MiSeq. El análisis bioinformático se realizó en alineamiento con el genoma de referencia (GRCh38). Las variantes clasificadas como probablemente patogénicas o patogénicas fueron confirmadas a través de secuenciación Sanger. Resultados: De los 18 pacientes incluidos, se encontró un diagnóstico genético a través de NGS en 5 (27,8%): dos casos de anemia de Fanconi, dos casos de Disqueratosis Congénita y un caso de falla medular asociada a una variante patogénica en el gen TP53. La concordancia clínica fue del 100%. Se encontraron dos variantes no reportadas en los genes FANCA y PARN como causantes de enfermedad. Conclusiones: El uso de NGS en pacientes con falla medular identificó la etiología de cerca de un tercio de los pacientes de nuestra cohorte, con mayor rendimiento en los pacientes con diagnóstico clínico claro y otras características sindrómicas.

https://doi.org/10.32641/andespediatr.v95i5.5066

Caracterización de serovares no tifoideos de Salmonella enterica de origen humano y aviar mediante Electroforesis en Gel de Campo Pulsado (PFGE) de Lima, Perú
Facebook Twitter

Otras redes sociales
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

Métrica
- SciELO Analytics
- Dimensions
- PlumX
- Altmetric

Sedano Sánchez, André F.

; Gavilán Chávez, Ronnie G.

; Siuce, Juan

; Fernández-Castro, Paul

; Calle Espinoza, Sonia Y.

Revista de Investigaciones Veterinarias del Perú

Métricas del periódico
- Sobre o periódico
- SciELO Analytics

Sep 2024, Volumen 35 Nº 5 elocation e29291

Resumen: Es En | Texto: Es En | PDF: Es | PDF: En

RESUMEN En el Perú se vienen reportando serovares de Salmonella no tifoidea (SNT) en casos humanos que estarían relacionados a los hallados en huevos comerciales, carcasas de broilers y subproductos. El presente estudio tuvo como objetivo determinar mediante el porcentaje de similaridad de los perfiles genéticos de los serovares de SNT aislados de humanos y productos aviares mediante la Electroforesis en Gel de Campo Pulsado (PFGE). Se obtuvieron 49 aislados bacterianos de serovares de SNT de casos clínicos humanos y productos aviares (huevos, carcasa de broilers, vísceras, cama de ave), que se analizaron mediante PFGE. Con el programa bioinformático Bionumerics v. 7.0 se generó un dendrograma que muestra la relación XbaI - perfiles PFGE. El análisis de las bandas generadas se realizó mediante el uso del Método de grupo de pares no ponderados con media aritmética (UPGM) para evaluar la diversidad genética de los aislados. Se estableció como valor de corte 90% de similaridad entre los pulsotipos para establecer posibles relaciones. Se encontró que algunos aislados de origen humano y aviar de Salmonella Typhimurium, Kentucky e Infantis poseen pulsotipos idénticos lo que indica que los aislados corresponden a un mismo clon circulando entre humanos y productos aviares.

ABSTRACT In Peru, non-typhoidal Salmonella (NTS) serovars have been reported in human cases that could be related to those found in commercial eggs, broiler carcasses and byproducts. The present study aimed to determine the percentage the genetic profiles similarity of NTS serovars isolated from humans and poultry products using Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE). Forty-nine bacterial isolates of NTS serovars were obtained from human clinical cases and poultry products (eggs, broiler carcasses, viscera, poultry litter), which were analysed by PFGE. A dendrogram showing the XbaI - PFGE profiles relationship was generated using the Bionumerics v. 7.0 bioinformatics program. The analysis of the generated bands was performed using the Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGM) to evaluate the genetic diversity of the isolates. A cut-off value of 90% similarity between the pulsotypes was used to establish possible relationships. It was found that some isolates of Salmonella Typhimurium, Kentucky and Infantis from human and avian origin have identical pulsotypes, indicating that the isolates correspond to the same clone circulating between humans and avian products.

https://doi.org/10.15381/rivep.v35i5.29291

Optimización del proceso de enseñanza-aprendizaje en Ingeniería Bioinformática mediante software de gestión del conocimiento
Facebook Twitter

Otras redes sociales
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

Métrica
- SciELO Analytics

Sánchez Soto, Antonio Elias

; Suárez Jorge, Alinoet

Serie Científica de la Universidad de las Ciencias Informáticas

Métricas del periódico
- Sobre o periódico
- SciELO Analytics

Sep 2024, Volumen 17 Nº 9 Paginas 157 - 177

Resumen: Es En | Texto: Es En | PDF: Es | PDF: En

Resumen La Ingeniería en Bioinformática es un campo especializado que fusiona la informática y la biología, centrándose en el análisis de datos biológicos complejos. Esta disciplina interdisciplinaria requiere una sólida comprensión de las ciencias computacionales y biológicas para abordar problemas en áreas como la genómica, proteómica y biología de sistemas. Para dominar eficazmente esta carrera, es fundamental emplear metodologías que faciliten la gestión de la información y el conocimiento. Estas metodologías permiten identificar y aprovechar las conexiones entre áreas de estudio aparentemente disímiles, lo que potencia el aprendizaje integral y la resolución de problemas complejos en bioinformática. En este trabajo se exploran enfoques como el Zettelkasten y la filosofía del segundo cerebro para mejorar el proceso de enseñanza-aprendizaje. Mediante un análisis crítico de estos métodos, se seleccionan los aspectos más efectivos para crear una metodología de estudio innovadora y adaptada a las necesidades de la Ingeniería en Bioinformática. Además, se llevan a cabo comparaciones detalladas entre diferentes softwares relacionados, con el objetivo de identificar el más adecuado y eficiente para respaldar el proceso de enseñanza-aprendizaje. Una vez definidos la metodología y el software óptimos, se establece un plan detallado de acción y se presenta un ejemplo práctico centrado en el lenguaje de programación R, fundamental para el trabajo cotidiano de un bioinformático.

Abstract Bioinformatics Engineering is a specialized field that merges computer science and biology, focusing on the analysis of complex biological data. This interdisciplinary discipline requires a strong understanding of computational and biological sciences to address problems in areas such as genomics, proteomics, and systems biology. To effectively master this career, it is essential to use methodologies that facilitate information and knowledge management. These methodologies allow us to identify and take advantage of connections between apparently dissimilar areas of study, which enhances comprehensive learning and the resolution of complex problems in bioinformatics. This work explores approaches such as the Zettelkasten and the second brain philosophy to improve the teaching-learning process. Through a critical analysis of these methods, the most effective aspects are selected to create an innovative study methodology adapted to the needs of Bioinformatics Engineering. Furthermore, detailed comparisons are carried out between different related software, with the aim of identifying the most suitable and efficient one to support the teaching and learning process. Once the optimal methodology and software have been defined, a detailed action plan is established and a practical example is presented focused on the R programming language, essential for the daily work of a bioinformatician.

10.

Biodiversity data at your fingertips: The Freshwater Biodiversity Information System
Facebook Twitter

Otras redes sociales
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

Métrica
- SciELO Analytics
- Dimensions
- PlumX
- Altmetric

Dallas, Helen Shelton, Jeremy

South African Journal of Science

Métricas del periódico
- Sobre o periódico
- SciELO Analytics

Ago 2024, Volumen 120 Nº 7-8 Paginas 1 - 3

Resumen: En | Texto: En | PDF: En

SIGNIFICANCE: The Freshwater Biodiversity Information System (FBIS) is a powerful, open-access platform for hosting, sharing, and analysing freshwater biodiversity data for South Africa. Platform design and functionality were strongly informed by the requirements of key data end-users and decision-makers. The platform has over 790 000 occurrence records, which are freely available to data-users and are now being converted into impact through incorporation in national decision-support tools. With better data comes better decisions, and access to a data repository like FBIS means that the monitoring, management and conservation of our freshwater ecosystems can be improved, for the long-term betterment of both people and biodiversity.

https://doi.org/10.17159/sajs.2024/18705

11.

Balancing pH for enhanced bacterial community performance in microbial fuel cells: implications for bio-electricity generation and pollutant reduction
Facebook Twitter

Otras redes sociales
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

Métrica
- SciELO Analytics
- Dimensions
- PlumX
- Altmetric

Khanaum, Mosammat Mustari Rahman, Shafiqur Borhan, Md. Saidul Bergholz, Peter

Water SA

Métricas del periódico
- Sobre o periódico
- SciELO Analytics

Jul 2024, Volumen 50 Nº 3 Paginas 282 - 292

Resumen: En | Texto: En | PDF: En

Microbial fuel cells (MFCs) represent a promising technology to generate bio-electricity and synchronously reduce wastewater pollutants. The presence of exoelectrogens in wastewater is critical for bio-electricity and pollutant reduction, but the performance of exoelectrogens at different pH levels remains unknown. This study aims to bridge this gap by offering an integrated approach to understanding the performance of exoelectrogens under varying substrate pH, particularly in bio-electricity generation and pollutant reduction in sugarbeet processing wastewater (SBWW). Three pH levels (ranging from acidic to alkaline) were studied and MFC's electricity output was measured. Later, current density, power density, and coulombic efficiency (CE) were calculated. Both pre- and post-experiment substrate samples were analysed with inductively coupled plasma (ICP). Furthermore, 16S rRNA gene analysis, DNA amplification, sequencing library preparation, and bioinformatics workflows on post-experiment samples of the substrate and anode samples were conducted. A diverse community of microorganisms was identified, especially Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, and Deltaproteobacteria (Geobacter). Bacteroidetes and Desulfovibrio were the major exoelectrogens responsible for electricity generation. Among the three pH levels tested, the most alkaline pH level (9.5±0.1) outperformed the others, achieving a 54% higher power density, 21% greater current density, and a 40% higher CE compared to the acidic pH level (6.5±0.1). Around 50-99% of pollutants were removed from the SBWW. The study revealed that Gammaproteobacteria thrive and perform better in alkaline environment.

https://doi.org/10.17159/wsa/2024.v50.i3.4107

12.

Comportamiento de la proteína antiapoptótica BCL2 en modelos celulares de cáncer de pulmón de células no pequeñas frente a tratamientos con inhibidores ALK y su potencial inhibición dual BCL2-ALK
Facebook Twitter

Otras redes sociales
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

Métrica
- SciELO Analytics
- Dimensions
- PlumX
- Altmetric

Zapata-Dongo, Richard

; Fontana, Diletta

; Mologni, Luca

; Faya-Castillo, Juan

; Silva-Torres, Francesca

; Moy-Diaz, Brenda

; Infante-Varillas, Stefany

Horizonte Médico (Lima)

Métricas del periódico
- Sobre o periódico
- SciELO Analytics

Jul 2024, Volumen 24 Nº 3 elocation e2520

Resumen: Es En | Texto: Es En | PDF: Es | PDF: En

RESUMEN Objetivo: Describir el comportamiento de la proteína BCL2 en modelos celulares de cáncer de pulmón de células no pequeñas frente a tratamientos con inhibidores de la tirosina proteína quinasa (crizotinib y alectinib) de ALK (quinasa de linfoma anaplásico) y su potencial inhibición dual BCL2-ALK. Materiales y métodos: Se utilizaron tres modelos celulares de cáncer de pulmón de células no pequeñas: Ba/f3 EML4-ALKWT, Ba/f3 EML4-ALKL1196M y Ba/f3 EML4-ALKG1202R, generados por mutagénesis dirigida. Estos fueron tratados a dosis-respuesta con crizotinib y alectinib, asimismo, se realizó un ensayo de apoptosis para corroborar la susceptibilidad farmacológica. Seguidamente, se procedió a medir la expresión de la proteína BCL2 en tres condiciones de tratamiento (sin tratamiento, 100 nM crizotinib y 50 nM alectinib). Finalmente, se realizó una búsqueda de los ligandos de BCL2 y ALK para la simulación del acoplamiento molecular y cálculo de energía de interacción medido en kcal/mol en el programa YASARA™. Resultados: Se evidenció que el modelo WT mostró sensibilidad a crizotinib y alectinib, con porcentajes de apoptosis de 23 % y 74 %, respectivamente; G1202R, resistencia a ambos fármacos (apoptosis: 5 %); y L1196M, resistencia al crizotinib (apoptosis: 12 %) y sensibilidad al alectinib (apoptosis: 25 %). La expresión de BCL2 reveló sobreexpresión en los modelos WT y G1202R, mientras L1196M evidenció una expresión cercana a la basal. Los hallazgos bioinformáticos apuntaron a ABT-199 (perteneciente a la biblioteca de moléculas pequeñas) como el mejor candidato para inhibir BCL2, mientras que su interacción con ALKL1196M reveló energías de interacción superiores a las obtenidas con el crizotinib y el alectinib. Conclusiones: Los modelos celulares mostraron la susceptibilidad farmacológica descrita según la literatura. La expresión de BCL2 durante los tratamientos mantuvo sobreexpresados a WT y G1202R, mientras L1196M no mostró variación. Finalmente, los hallazgos bioinformáticos sugieren a ABT-199 como potencial acción dual de inhibición por exhibir una mayor energía de interacción con ALK.

ABSTRACT Objective: To describe the behavior of the BCL-2 protein in non-small-cell lung cancer cell models in response to treatment with ALK (anaplastic lymphoma kinase) protein tyrosine kinase inhibitors (crizotinib and alectinib) and their potential dual BCL-2-ALK inhibition. Materials and methods: Three non-small-cell-lung cancer cell models were used: Ba/f3 EML4-ALKWT, Ba/f3 EML4-ALKL1196M and Ba/f3 EML4-ALKG1202R, generated by site-directed mutagenesis. These were treated with crizotinib and alectinib in a dose-responsive manner, and an apoptosis assay was also conducted to confirm pharmacological susceptibility. Subsequently, BCL-2 protein expression was measured under three treatment conditions (no treatment, 100 nM crizotinib and 50 nM alectinib). Finally, a search for BCL-2 and ALK ligands was performed for molecular docking simulation and interaction energy calculation, measured in kcal/mol in the YASARA™ program. Results: The WT model evidenced sensitivity to crizotinib and alectinib, with apoptosis percentages of 23 % and 74 %, respectively; G1202R showed resistance to both drugs (apoptosis: 5 %), and L1196M resistance to crizotinib (apoptosis: 12 %) and sensitivity to alectinib (apoptosis: 25 %). BCL-2 expression revealed overexpression in the WT and G1202R models, while L1196M showed expression close to baseline. Finally, bioinformatics findings identified ABT-199 (which is part of small molecule libraries) as the best candidate to inhibit BCL-2, while its interaction with ALKL1196M revealed interaction energies higher than those obtained in the interaction with crizotinib and alectinib. Conclusions: The cell models exhibited the pharmacological susceptibility described in the literature, BCL-2 expression during treatments remained overexpressed in WT and G1202R, while L1196M showed no variation. Finally, bioinformatics findings suggest ABT-199 as a potential dual action inhibitor due to its higher interaction energy with ALK.

https://doi.org/10.24265/horizmed.2024.v24n3.12

13.

A computational analysis revealed BES1 transcription factor and β-amylase as crosstalk elements in Upland cotton species (Gossypium sp.)
Facebook Twitter

Otras redes sociales
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

Métrica
- SciELO Analytics
- Dimensions
- PlumX
- Altmetric

Villamar-Torres, Ronald Oswaldo

; Mestanza Uquillas, Camilo Alexander

; Chévez-Vera, Héctor David

; Heredia-Pinos, Marcos Raúl

; Viot, Christopher Robin

; Jazayeri, Seyed Mehdi

Scientia Agropecuaria

Métricas del periódico
- Sobre o periódico
- SciELO Analytics

Jul 2024, Volumen 15 Nº 3 Paginas 449 - 460

Resumen: En | Texto: En | PDF: En

Abstract Cotton is a resilient and multipurpose crop, meeting major of the world’s textile needs while also yielding byproducts like edible oil and animal feed. Starch plays a crucial role in cotton fabric production. It enhances fabric strength by forming a protective film around cotton fibers, making them more resistant to wear and tear. BES1 (brassinosteroid insensitive 1) is a key regulator in brassinosteroid signaling. It controls thousands of target genes involved in development processes. Interestingly, two β-amylase proteins (BAM7 and BAM8) are part of the BES1 family, despite their primary function as β-amylases. β-Amylase (BAM) and BES1 are two gene families with functional and regulatory roles in controlling shoot growth and development by mediating brassinosteroid effects. They share similar domains and participate in various biological processes, tolerance and responses to stresses like salt and drought. In a computational analysis comparing Arabidopsis and Gossypium species, BAM and BES1 were characterized. BES1 genes were grouped into four clusters based on the comparison of the two species. Two clusters corresponded to BAM7 and BAM8, while the other two clusters were associated with BES1. The conserved nucleotide domain sequence is GCTGGATGG. Short tandem repeats include TG and TTG, which can serve as molecular markers. BES1 is specifically linked to cellulose and fiber production and holds promise as a candidate for plant selection and breeding in Gossypium (cotton).

https://doi.org/10.17268/sci.agropecu.2024.033

14.

Caracterización de las tecnologías de secuenciación genética de segunda y tercera generación
Facebook Twitter

Otras redes sociales
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

Métrica
- SciELO Analytics
- Dimensions
- PlumX
- Altmetric

Rojas-Villalta, Dorian

; Benavides-Villegas, Daniela

; Angulo-Hidalgo, Belén

; Muñoz-Solórzano, Luis

; Consumi-Tubito, Chiara

Revista Tecnología en Marcha

Métricas del periódico
- Sobre o periódico
- SciELO Analytics

Jun 2024, Volumen 37 Nº 2 Paginas 70 - 81

Resumen: Es En | Texto: Es En | PDF: Es | PDF: En

Resumen El avance en la secuenciación de material genético ha favorecido el estudio de nuevas áreas de investigación relacionadas a la genómica, transcriptómica y demás ciencias -ómicas. Esto creó la necesidad de desarrollar nuevas tecnologías más accesibles y eficientes, como las tecnologías de segunda y tercera generación. Por ello, esta revisión caracterizó las principales metodologías de secuenciación de segunda y tercera generación. Las tecnologías de segunda generación se ven representadas por la secuenciación por síntesis fragmentos cortos con alta calidad y precisión. En la tercera generación se especializan en lecturas largas secuenciadas por nanoporos y secuenciación de una sola molécula en tiempo real. Las empresas Illumina y PacBio poseen una mayor calidad y precisión en las lecturas, en comparación a Oxford Nanopore Technologies (ONT). Sin embargo, las lecturas de ONT solucionan problemas del ensamblaje genómico propios de lecturas cortas. Todas las tecnologías analizadas poseen secuenciadores para proyectos de producción a escala; Illumina y ONT también poseen secuenciadores sobremesa, y solamente la última presenta dispositivos portátiles. Con respecto a la accesibilidad, los países centroamericanos poseen poca cobertura por parte de estas empresas, siendo Illumina la única con una distribuidora radicada en la región. Cada tecnología de secuenciación posee ventajas y desventajas asociadas, lo cual impulsa a su uso en conjunto, lo que permite análisis más convenientes y completos. Por lo cual el desarrollo de nuevos programas bioinformáticos para la mejora del análisis corresponde a consideraciones que deben ser abordadas con la intención de fortalecer el uso de las técnicas de secuenciación.

Abstract The progress in genetic material sequencing enhanced diverse research opportunities related to genomics, transcriptomics and other -omics areas. A need in the development of more accessible and efficient techniques resulted in the second- (NGS) and third-generation technologies (TGS). In this paper we aimed to characterize the main sequencing methods of second- and third-generation. NGS technology is based on the sequencing by biosynthesis of short fragments with high quality and precision, while TGS are specialized in long fragment sequencing by nanopores and single-molecule, real-time technologies. Illumina and PacBio have more precise and high-quality data, compared to Oxford Nanopore Technologies (ONT). However, nanopores long reads address errors in genome assembly, commonly associated with small lectures. All analyzed technologies have production-scale sequencers, but only ONT and Illumina developed benchtop products. ONT also presents portable sequencers for small projects. Latinoamerican countries have less coverage and technical support of sequencing technologies, and only Illumina is sited in this region. Each sequencing technology have advantages and limitations regarding their techniques and their coupled use is promoted to make a deeper analysis of the data, therefore the development of new bioinformatics programs remain as one of the principal obstacles to overcome to enhance the application of these technologies.

https://doi.org/10.18845/tm.v37i2.6494

15.

Gastric cancer and the omics
Facebook Twitter

Otras redes sociales
Google+
LinkedIn
Reddit
StambleUpon
CiteULike
Mendeley
Otras redes

Métrica
- SciELO Analytics
- Dimensions
- PlumX
- Altmetric

Dwivedi, Sanyog Montaño-Estrada, Luis F. Rendón-Huerta, Erika P.

Gaceta mexicana de oncología

Métricas del periódico
- Sobre o periódico
- SciELO Analytics

Jun 2024, Volumen 23 Nº 2 Paginas 84 - 91

Resumen: Es En | Texto: Es En | PDF: Es | PDF: En

Resumen El cáncer gástrico es un proceso fatal cuyos factores de riesgo incluyen la infección por Helicobacter pylori, la anemia perniciosa, la ingesta de compuestos nitrosos, el abuso de alcohol, el tabaquismo y el sexo masculino. El seguimiento endoscópico ha definido la progresión histológica de lesiones premalignas a lesiones malignas. Sin embargo, los tumores gástricos exhiben diferentes y muy variadas variaciones histológicas, comportamientos clínicos y respuestas a tratamiento. Esta gran heterogeneidad intrapaciente e interpaciente ha obligado a la búsqueda de principios reguladores que gobiernen la evolución del cáncer gástrico. Los programas avanzados de bioinformática, la tecnología de microarreglos de ADN y la genómica funcional han ayudado a integrar la estructura, función y dinámica de moléculas biológicas expresadas o secretadas por las células epiteliales cancerosas que han modificado la clasificación del cáncer gástrico.

Abstract Gastric cancer is a fatal process whose risk factors include infection by Helicobacter pylori, pernicious anemia, nitroso compounds, alcohol abuse, cigarette smoking, and male gender. Endoscopic surveillance has defined the histological progression of premalignant to malignant lesions. Nevertheless, gastric tumors exhibit distinct histologic variations, clinical behaviors, and treatment responses. This “intra and interpatient heterogeneity” has obliged us to search for key principles governing gastric cancer evolution. Advanced bioinformatics programs, DNA microarray technology, and functional genomics have helped to integrate the structure, function, and dynamics of biological molecules expressed or secreted by cancer epithelial cells that have modified the classification of gastric cancer.

https://doi.org/10.24875/j.gamo.24000105

Mostrar

itens por página

Página de 35 Próxima

Seleccione uno o más resultados

Todos Ordem alfabética

Resultados

Gráfico comparativo Descargar CSV

Visualizar estadísticas de

Enviar resultado

E-mail do(s) destinatário(s)*

Utilize ; (punto y coma) para más de un correo.

Enviar por correo-e

Esta página

Registros seleccionados

Todas las referencias (max. 300)

Su email

Asunto

Comentarios

Formato de exportación:

RIS (para EndNote, ProCite, Reference Manager, RefWorks, Citavi, etc.)

BibTeX

Citación

CSV (para Excel, etc)

Exportar:

Esta página

Itens seleccionados

Todas las referencias (max. 2000)

Sem resultados

No se encontraron documentos para su búsqueda

Glosario y ayuda para la búsqueda

Ud. puede enriquecer su búsqueda de una forma muy sencilla. Use los índices de búsqueda combinados con los conectores (AND u OR) para especificar su busca.

Por ejemplo, si desea buscar artículos acerca de
casos de dengue en el Brasil en 2015, use:
ti:dengue and publication_year:2015 and aff_country:Brasil

A continuación se muestra la lista completa de los índices de búsqueda que se pueden utilizar:

Cód. del Índice	Elemento
ti	título del articulo
au	autor
kw	palabras clave del artículo
subject	asunto (palabras del título, resumen y palabras clave)
ab	resumen
ta	título abreviado de la revista (ej. Cad. Saúde Pública)
journal_title	título completo de la revista (ej. Cadernos de Saúde Pública)
la	código de idioma de publicación (ej. pt - Portugués, es - Español)
type	tipo de documento
pid	identificador de la publicación
publication_year	año de publicación del artículo
sponsor	financiador
aff_country	código del país de la afiliación del autor
aff_institution	institución de filiación del autor
volume	volumen del artículo
issue	número del artículo
elocation	elocation
doi	número DOI
issn	ISSN de la revista
in	código de la colección SciELO (ej. scl - Brasil, col - Colômbia)
use_license	código de licencia de uso del artículo

SciELO - Scientific Electronic Library Online
Rua Dr. Diogo de Faria, 1087 – 9º andar – Vila Clementino 04037-003 São Paulo/SP - Brasil
Email: scielo@scielo.org

Todo el contenido de este sitio www.scielo.br, excepto dónde está identificado, está bajo una Licencia de Atribución Creative Commons.
sepa más »