Abstract Introduction: Chacón-Monge et al. (2024) sought to test the accuracy of DNA barcoding for species identification in Pacific Central American shallow water echinoderms. They used cytochrome c oxidase I (COI) sequences derived from new material collected as part of the BioMar-ACG project in Costa Rica. Using their set of 348 echinoderm sequences, they compared species identification results from two online platforms: the National Center for Biotechnology Information (NCBI) GenBank using the nucleotide Basic Local Alignment Search Tool (BLASTn), and the Barcode of Life Data Systems (BOLD) Identification Engine. Objective: The present article is a response to their results and conclusions. Methods: We reinterpreted the results from the authors’ Appendix 2 to enable an objective comparison between the BOLD Identification Engine and BLASTn in GenBank. Results: While the authors found that both platforms were limited by the number of reference sequences available in their respective databases, they concluded that GenBank outperformed BOLD for identification; however, we identify several methodological flaws in their analysis. These include pseudoreplication amongst query sequences, contaminated sequences stemming from sampling errors, and a lack of standardization when interpreting results from the two platforms. Their assessment of the BOLD Identification Engine was also limited by improper selection of a reference database. Conclusion: Addressing these errors, we reinterpret their results and demonstrate that there is no difference in performance between the two platforms.

Resumen Introducción: Chacón-Monge et al. (2024) intentaron probar la precisión de los códigos de barras de ADN para identificar especies de equinodermos de aguas poco profundas del Pacífico Centroamericano. Para ello, utilizaron secuencias de citocromo c oxidasa I (COI) provenientes de material recolectado recientemente como parte del proyecto BioMar-ACG en Costa Rica. Utilizando 348 secuencias de equinodermos, compararon los resultados de identificación de especies de dos plataformas en línea: GenBank del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) empleando la herramienta de búsqueda de alineación local básica de nucleótidos (BLASTn) y la herramienta de identificación del Sistema de Datos del Código de Barras de la Vida (BOLD). Objetivo: El presente artículo es una respuesta a sus resultados y conclusiones. Métodos: Reinterpretamos los resultados presentados por los autores en Apéndice 2 para comparar objetivamente el sistema de identificación de BOLD y el de BLASTn en GenBank. Resultados: Si bien los autores encontraron que ambas plataformas estaban limitadas por la cantidad de secuencias de referencia disponibles en sus bases de datos, concluyeron que GenBank superó a BOLD en la identificación de especies; sin embargo, notamos varias fallas metodológicas en su análisis. Estas incluyeron la pseudorreplicación entre las secuencias consultadas, el uso de secuencias contaminadas derivadas de errores de muestreo y falta de estandarización al interpretar los resultados de las dos plataformas. Su evaluación del sistema de identificación de BOLD se vio limitada por la selección inadecuada de una base de datos de referencia. Conclusión: Teniendo en cuenta estos errores, reinterpretamos sus resultados y demostramos que no existe una diferencia significativa en el rendimiento de ambas plataformas.

SUMMARY: Formaldehyde induces oxidative damage in hippocampal tissue and blood serum by suppressing antioxidant defenses and increasing lipid peroxidation. This results in damage to DNA, proteins, and lipids within cells, disrupting neuronal functions, and may even lead to cell death (apoptosis). Apoptosis occurs as a cellular response triggered by formaldehyde through various mechanisms, including mitochondrial dysfunction, oxidative stress, and DNA damage. Arbutus unedo L. (AUL), which is rich in antioxidants, represents a potential countermeasure. The aim of our study is to investigate the immunohistochemical and biochemical effects of AUL fruit extract (AUE) on apoptosis and oxidative stress induced by FA exposure in the rat hippocampus. The rats were divided into four groups: the experimental group (EG) received 20 mg/kg AUE by oral gavage and 10 ppm FA inhalation; the formaldehyde group (FG) received 10 ppm FA inhalation only; the sham group (SG) received 10 mg/kg AUE by oral gavage; and the control group (CG) underwent routine observation. Hippocampal tissue was isolated after blood sampling. A number of physical changes, such as yellowing of feathers and tail spots, were observed in FA-exposed groups. The biochemical analysis showed significant differences in brain-derived neurotrophic factor (BDNF), malondialdehyde (MDA), GSH (Glutathione) and nitric oxide (NO) levels between the groups. The AUE-treated groups had reduced MDA levels, suggesting a potential reduction in oxidative stress, along with lower apoptotic cell rates in caspase-3 assessments. The FG rats had lower BDNF levels than CG. The SG had the fewest apoptotic cells. All these findings indicate AUE's potential to mitigate neuron damage and reduce oxidative stress.

RESUMEN: El formaldehído induce daño oxidativo en el tejido del hipocampo y del plasma sanguíneo al suprimir las defensas antioxidantes y aumentar la peroxidación lipídica. Esto provoca daños en el ADN, las proteínas y los lípidos dentro de las células, alterando las funciones neuronales e incluso puede provocar la muerte celular (apoptosis). La apoptosis se produce como una respuesta celular desencadenada por el formaldehído a través de diversos mecanismos, incluida la disfunción mitocondrial, el estrés oxidativo y el daño del ADN. Arbutus unedo L. (AUL), rico en antioxidantes, representa una posible contramedida. El objetivo de nuestro estudio fue investigar los efectos inmunohistoquímicos y bioquímicos del extracto de fruta AUL (AUE) sobre la apoptosis y el estrés oxidativo inducido por la exposición a FA en el hipocampo de rata. Las ratas se dividieron en cuatro grupos: el grupo experimental (GE) recibió 20 mg/kg de AUE por sonda oral y 10 ppm de FA por inhalación; el grupo de formaldehído (GF) recibió sólo una inhalación de 10 ppm de FA; el grupo simulado (GS) recibió 10 mg/kg de AUE mediante sonda oral; y el grupo control (GC) se sometió a observación de rutina. Se aisló tejido del hipocampo después de una muestra de sangre. En los grupos expuestos a FA se observaron una serie de cambios físicos, como coloración amarillenta del pelaje y manchas en la cola. El análisis bioquímico mostró diferencias significativas en los niveles de factor neurotrófico derivado del cerebro (BDNF), malondialdehído (MDA), GSH (glutatión) y óxido nítrico (NO) entre los grupos. Los grupos tratados con AUE tenían niveles reducidos de MDA, lo que sugiere una reducción potencial del estrés oxidativo, junto con tasas de células apoptóticas más bajas en las evaluaciones de caspasa-3. Las ratas GF tenían niveles de BDNF más bajos que GC. El GS tenía la menor cantidad de células apoptóticas. Todos estos hallazgos indican el potencial del AUE para mitigar el daño neuronal y reducir el estrés oxidativo.

Abstract This paper presents the first results on the maternal continental origin of the main localities in the province of Tierra del Fuego (TDF): Río Grande (RG) and Ushuaia (USH), by typing of mitochondrial haplogroups (Hg) in 333 participants. The estimation of Hg was carried out using PCR-APLP and sequencing of the HV1 region, evidencing a significant frequency of maternal Hg of American origin at the provincial level (64.9%). At the local level, a higher proportion of autochthonous lineages was observed in RG (75.1%) compared to USH (57.5%). From the genealogical information of the participants, it was verified that the most frequent geographical origin of both participants and ancestors is the Central region of Argentina. The differences observed between the two localities, which are only 200 km away, in a province with low demographic density, once again highlight the importance of knowing the genealogical information of the participants, as well as the founding history and economic activities of each locality that have motivated the arrival of migrants, to achieve a better contextualization and understanding of the current genetic composition of the province of TDF. Rev Arg Antrop Biol 26(1), 071, 2024. https://doi.org/10.24215/18536387e071

Resumen En este trabajo se presentan los primeros resultados sobre el origen continental materno de las principales localidades de la provincia de Tierra del Fuego (TDF): Río Grande (RG) y Ushuaia (USH), mediante la tipificación de haplogrupos mitocondriales (Hg) de 333 participantes. La estimación de los Hg se realizó mediante PCR-APLP y secuenciación de la región HV1, evidenciando una significativa frecuencia de Hg maternos de origen americano a nivel provincial (64,9%). A nivel local, se observó una mayor proporción de linajes autóctonos en RG (75,1%) respecto de USH (57,5%). A partir de la información genealógica de los participantes, se evidenció que el origen geográfico más frecuente tanto de los participantes como de los ancestros, es la región Centro de Argentina. Las diferencias observadas entre dos localidades que distan a sólo 200 km, en una provincia de baja densidad demográfica, ponen en evidencia una vez más la importancia de conocer la información genealógica de los participantes, así como la historia fundacional y las actividades económicas de cada localidad que han motivado la llegada de migrantes, para una adecuada contextualización y comprensión de la actual composición genética de la provincia de TDF. Rev Arg Antrop Biol 26(1), 071, 2024. https://doi.org/10.24215/18536387e071

Abstract Introduction: Molecular divergence thresholds have been proposed to distinguish recently separated evolutive units, often displaying more accurate putative species assignments in taxonomic research compared to traditional morphological approaches. This makes DNA barcoding an attractive identification tool for a variety of marine invertebrates, especially for cryptic species complexes. Although GenBank and the Barcode of Life Data System (BOLD) are the major sequence repositories worldwide, very few have tested their performance in the identification of echinoderm sequences. Objective: We use COI echinoderm sequences from local samples and the molecular identification platforms from GenBank and BOLD, in order to test their accuracy and reliability in the DNA barcoding identification for Central American shallow water echinoderms, at genus and species level. Methods: We conducted sampling, tissue extraction, COI amplification, sequencing, and taxonomic identification for 475 specimens. The 348 obtained sequences were individually enquired with BLAST in GenBank as well as using the Identification System (IDS) in BOLD. Query sequences were classified depending on the best match result. McNemar’s chi-squared, Kruskal-Wallis’s and Mann-Whitney’s U tests were performed to prove differences between the results from both databases. Additionally, we recorded an updated list of species reported for the shallow waters of the Central American Pacific. Results: We found 324 echinoderm species reported for Central American Pacific shallow waters. Only 118 and 110 were present in GenBank and BOLD databases respectively. We proposed 325 solved morphology-based identities and 21 provisional identifications in 50 putative taxa. GenBank retrieved 348 molecular-based identifications in 58 species, including twelve provisional identifications in tree taxa. BOLD recovered 170 COI identifications in 23 species with one provisional identification. Nevertheless, 178 sequences retrieved unmatched terms (in 34 morphology-based taxa). Only 86 sequences (25 %) were retrieved as correct identifications and 128 (37 %) as identification errors in both platforms. We include 84 sequences for eleven species not represented in GenBank and 65 sequences for ten species in BOLD Echinoderm COI databases. The identification accuracy using BLAST (175 correct and 152 incorrect identifications) was greater than with IDS engine (110 correct and 218 identification errors), therefore GenBank outperforms BOLD (Kruskal-Wallis = 41.625, df = 1, p < 0.001). Conclusions: Additional echinoderm sample references are needed to improve the utility of the evaluated DNA barcoding identification tools. Identification discordances in both databases may obey specific parameters used in each search algorithm engine and the available sequences. We recommend the use of barcoding as a complementary identification source for Central American Pacific shallow water echinoderm species.

Resumen Introducción: Se han propuesto los umbrales de divergencia molecular para distinguir unidades evolutivas recientemente separadas, que a menudo muestran asignaciones de especies putativas más precisas en la investigación taxonómica en comparación con los enfoques morfológicos tradicionales. Esto hace que los Códigos de Barras de ADN sean una herramienta de identificación atractiva para una variedad de invertebrados marinos, especialmente para complejos de especies crípticas. Aunque GenBank y Barcode of Life Data System (BOLD) son los principales repositorios de secuencias en todo el mundo, muy pocos han probado su desempeño en la identificación de secuencias de equinodermos. Objetivo: Utilizamos secuencias de equinodermos COI de muestras locales y las plataformas de identificación molecular de GenBank y BOLD, para probar su precisión y confiabilidad en la implementación de códigos de barras de ADN para equinodermos de aguas someras de Centroamérica, a nivel de género y especie. Métodos: Realizamos muestreo, extracción de tejido, amplificación de COI, secuenciación e identificación taxonómica de 475 especímenes. Las 348 secuencias obtenidas fueron consultadas individualmente con BLAST en GenBank así como utilizando el Sistema de Identificación (IDS) en BOLD. Las secuencias consultadas se clasificaron según el mejor resultado de coincidencia. Se realizaron las pruebas chi-cuadrado de McNemar, Kruskal-Wallis y U de Mann-Whitney para comprobar diferencias entre los resultados de ambas bases de datos. Además, registramos una lista actualizada de especies reportadas para las aguas someras del Pacífico Centroamericano. Resultados: Encontramos 324 especies de equinodermos reportadas para aguas someras (< 200 m) del Pacífico centroamericano. Sólo 118 y 110 estaban presentes en las bases de datos GenBank y BOLD respectivamente. Propusimos 325 identidades resueltas basadas en morfología y 21 identificaciones provisionales en 50 taxones putativos. GenBank recuperó 348 identificaciones de base molecular en 58 especies, incluidas doce identificaciones provisionales en tres taxones. BOLD recuperó 170 identificaciones de COI en 23 especies con una identificación provisional. Sin embargo, 178 secuencias recuperaron términos no coincidentes (en 34 taxones basados en morfología). Sólo 86 secuencias (25 %) se recuperaron como identificaciones correctas y 128 (37 %) como errores de identificación en ambas plataformas. Incluimos 84 secuencias para once especies no representadas en GenBank y 65 secuencias para diez especies ausentes en las bases de datos BOLD Echinoderm COI. La precisión de la identificación usando BLAST (175 identificaciones correctas y 152 incorrectas) fue mayor que con el motor IDS (110 correctas y 218 errores de identificación), por lo tanto, GenBank supera a BOLD (Kruskal-Wallis = 41.625, df = 1, p < 0.001). Conclusiones: Se necesitan muestras adicionales de equinodermos de referencia para mejorar la utilidad de las herramientas de identificación de códigos de barras de ADN evaluadas. Las discordancias de identificación en ambas bases de datos pueden obedecer a parámetros específicos utilizados en cada algoritmo de búsqueda y a las secuencias disponibles. Recomendamos el uso de códigos de barras como fuente de identificación complementaria para las especies de equinodermos de aguas someras del Pacífico centroamericano.

Abstract Introduction: Echinoderms, an integral component of marine ecosystems worldwide, have captivated scientific interest for centuries. Despite this longstanding attention, comprehending key facets such as trophic relationships, diet composition, and host-microbiota relationships still represents a challenge using traditional techniques. Recent years, however, have witnessed a transformative shift, thanks to the emergence of advanced molecular techniques, offering new approaches to strengthen ecological studies in echinoderms. Objective: Explore how recent advancements in molecular tools have impacted ecological research on echinoderms. Specifically, we aim to investigate the potential of these tools to shed light on trophic interactions, diet composition, and the characterization of gut microbial communities in these organisms. Methods: Available literature was used to clarify how novel molecular techniques can improve ecological studies. The focus is diet, trophic relationships, and gut microbiota. Results: Traditionally, studies of stomach contents using compound microscopy have provided an idea of ingested material; nevertheless, sometimes a simple magnified visualization of dietary content does not allow exhaustive identification of the entire food spectrum, as it is limited due to the rapid digestion and maceration of food items within the echinoderm’s digestive tract. The use of DNA-metabarcoding, targeting specific DNA regions, such as the mitochondrial COI gene, has allowed us to enhance the accuracy and precision of diet characterization by enabling the identification of prey items down to the species or even genetic variant level, providing valuable insights into specific dietary preferences. Another approach is the use of stable isotopes, particularly carbon and nitrogen, which provide a powerful tool to trace the origin and flow of nutrients through food webs. By analyzing the isotopic signatures in muscular tissues and food items, we can discern the sources of their primary food items and gain insights into their trophic position within the ecosystem. Lastly, a third new technique used to elucidate the characterization of the prokaryotic community is 16S rRNA sequencing. This method allows us to explore the composition and dynamics of the digestive tract microbial communities. Conclusions: This is a promising era for ecological research on echinoderms, where advances of molecular tools have enabled an unprecedented level of detail, resolving longstanding challenges in comprehending their trophic interactions, diet composition, and host-microbiota relationships, and opening new avenues of investigation in ecological studies.

Resumen Introducción: Los equinodermos, un componente integral de los ecosistemas marinos en todo el mundo, han captado el interés científico durante siglos. A pesar de esta prolongada atención, el comprender facetas clave como las relaciones tróficas, la composición de la dieta y las relaciones huésped-microbiota todavía representa un desafío utilizando técnicas tradicionales. Sin embargo, los últimos años han sido testigos de un cambio transformador, gracias a la aparición de técnicas moleculares avanzadas, que ofrecen nuevos enfoques para fortalecer los estudios ecológicos en equinodermos. Objetivo: Explorar cómo los avances recientes en herramientas moleculares han impactado la investigación ecológica sobre equinodermos. Específicamente, nuestro objetivo es investigar el potencial de estas herramientas para arrojar luz sobre las interacciones tróficas, la composición de la dieta y la caracterización de las comunidades microbianas intestinales en estos organismos. Métodos: Se utilizó la literatura disponible para aclarar cómo las nuevas técnicas moleculares pueden mejorar los estudios ecológicos. La atención se centra en la dieta, las relaciones tróficas y la microbiota intestinal. Resultados: Tradicionalmente, los estudios del contenido estomacal mediante microscopía compuesta han proporcionado una idea del material ingerido; Sin embargo, a veces una simple visualización ampliada del contenido dietético no permite una identificación exhaustiva de todo el espectro alimentario, ya que está limitado debido a la rápida digestión y maceración de los alimentos dentro del tracto digestivo del equinodermo. El uso de metabarcoding de ADN, dirigidos a regiones específicas del ADN, como el gen COI mitocondrial, nos ha permitido mejorar la exactitud y precisión de la caracterización de la dieta al permitir la identificación de presas hasta el nivel de especie o incluso de variante genética, lo que proporciona valiosos resultados sobre preferencias dietéticas específicas. Otro enfoque es el uso de isótopos estables, en particular carbono y nitrógeno, que proporcionan una poderosa herramienta para rastrear el origen y el flujo de nutrientes a través de las redes alimentarias. Al analizar las firmas isotópicas en los tejidos musculares y los alimentos, podemos discernir las fuentes de sus alimentos primarios y obtener información sobre su posición trófica dentro del ecosistema. Por último, una tercera técnica nueva utilizada para dilucidar la caracterización de la comunidad procariótica es la secuenciación del ARNr 16S. Este método nos permite explorar la composición y dinámica de las comunidades microbianas del tracto digestivo. Conclusiones: Esta es una era prometedora para la investigación ecológica sobre equinodermos, donde los avances de las herramientas moleculares han permitido un nivel de detalle sin precedentes, resolviendo desafíos de larga data en la comprensión de sus interacciones tróficas, composición de la dieta y relaciones huésped-microbiota, y abriendo nuevas vías de investigación. en estudios ecológicos.

Abstract Mexico is one of the world’s foremost producers and exporters of bees’ honey (Apis mellifera L.), and the state of Jalisco is one of the top three honey producers in Mexico. However, the Mexican beekeeping industry is affected by the high defensive behavior and lower honey production of Africanized honey bees compared to European bees. The objective of this study was to determine the African or European ancestry of honey bee colonies in six regions of temperate and subtropical climates in the state of Jalisco, Mexico, using morphometric and mitochondrial DNA analyses. More than 50% of the colonies in Jalisco had African mitotype and morphotype (59.0% and 62.5%, respectively). The frequency of africanization of the studied colonies was significantly higher (p < 0.05) in regions of low altitude and in subtropical climates, such as the Southeast and Southwest regions, than in regions of higher elevation and in temperate climates, such as Los Altos. There was a significant correlation between the forewing length of the bees and the altitude at which their colonies were located (r = 0.51, p< 0.01), indicating that the lower the altitude, the higher the degree of africanization of the bees. Future studies are warranted to determine if the degree of africanization of honey bee colonies increases or remains in equilibrium. These studies will make it posible to design mitigation strategies against the negative effects of the africanization of honey bees.

Resumen México es de los principales productores y exportadores de miel de abejas (Apis mellifera L.) a nivel mundial y el estado de Jalisco se encuentra entre los tres primeros productores a nivel nacional. Sin embargo, la apicultura mexicana es afectada por el alto comportamiento defensivo y menor productividad de las abejas africanizadas en comparación con abejas europeas. El objetivo de este estudio fue determinar la ancestría africana o europea de colonias de abejas melíferas en seis regiones de clima templado y subtropical en el estado de Jalisco, México, mediante análisis morfométricos y de ADN mitocondrial. Más del 50% de las colonias de abejas de Jalisco tuvieron mitotipo y morfotipo africano (59.0 y 62.5%, respectivamente). La frecuencia de africanización de las colonias fue significativamente mayor (p < 0.05) en regiones de baja altitud y climas subtropicales (regiones Sureste y Suroeste), que en regiones de mayor elevación y en climas templados (región de los Altos). Hubo correlación significativa entre la longitud del ala de las abejas y la altitud a la que se encontraban las colonias (r = 0.51, p < 0.01); esto indica que a menor altitud hay un mayor grado de africanización de las abejas. Se recomiendan realizar estudios para determinar si el grado de africanización de las colonias de abejas aumenta o se mantiene en equilibrio, lo que permitirá diseñar estrategias de amortiguamiento de los efectos negativos de la africanización de las abejas melíferas.

Resumen El grupo de especies Stenopelmatus talpa (Stenopelmatidae) agrupa a ortópteros similares en apariencia a grillos que se encuentran distribuidos en la provincia morfotectónica del Eje Neovolcánico Transversal (ENT) y áreas adyacentes en el centro de México. A pesar de esfuerzos recientes, la taxonomía y las relaciones evolutivas de los miembros de este complejo aún están lejos de conocerse por completo. En este trabajo se caracteriza el genoma mitocondrial de 14 ejemplares del grupo de especies S. talpa y se evalúan sus límites de especie utilizando el marcador mitocondrial cox1. Con base en la secuencia completa del genoma mitocondrial se reconstruyeron las relaciones filogenéticas del grupo y se hicieron inferencias sobre su historia biogeográfica. Se delimitaron un total de 9 especies con base en un criterio de 2% de divergencia, las cuales fueron consistentes con nuestra reconstrucción filogenética. Las relaciones obtenidas para el grupo de especies S. talpa fueron similares, aunque con estimaciones de tiempos de divergencia más recientes a las obtenidas en un estudio filogenético anterior, lo que sugiere que su origen y subsecuente diversificación en el ENT siguió un patrón este-centro, ocurriendo el evento de divergencia más temprano entre el Plioceno tardío y el Pleistoceno temprano.

Abstract The Stenopelmatus talpa species-group (Stenopelmatidae) comprises cricket-like orthopterans distributed across the Trans-Mexican Volcanic Belt (TMVB) morphotectonic province and adjacent areas in central Mexico. Despite recent efforts, the taxonomy and evolutionary relationships for members of this complex still are far from completely known. Here we generated and characterized the mitochondrial (mt) genome of 14 specimens of the S. talpa species- group and evaluated its species limits with the cox1 barcoding locus. Moreover, based on the mt genome DNA sequence data, we also reconstructed its phylogenetic relationships and made inferences about its biogeographic history based on a relaxed molecular clock analysis. A total of 9 species were delimited using a 2% pairwise distance criterion, which were consistent with our best estimate of phylogeny. The relationships recovered for the S. talpa species-group were similar although with more recent divergence time estimates than those obtained in a previous phylogenetic study, suggesting that its origin and subsequent diversification in the TMVB followed an east-central pattern, with its earliest divergence occurring during the late Pliocene to early Pleistocene.

Resumen Introducción: Existe poca evidencia de la diversidad genética y los procesos de hibridación dentro de las poblaciones de Crocodylus acutus y C. moreletii. Objetivo: Evaluar la diversidad genética y algunas relaciones filogenéticas en poblaciones silvestres y cautivas de C. acutus y C. moreletii utilizando el Sistema de Código de Barras de la vida (COX1, subunidad I del gen del citocromo C oxidasa). Métodos: Se muestrearon 28 individuos fenotípicamente similares a C. acutus ubicados en los estados de Guerrero, Oaxaca y Quintana Roo, así como animales pertenecientes a C. moreletii ubicados en los estados de Tabasco, Campeche y Quintana Roo. Se utilizaron 641 pares de bases de la secuencia de nucleótidos de la subunidad I del gen del citocromo C oxidasa para obtener el haplotipo y la diversidad de nucleótidos por población, y se realizó un análisis filogenético y de redes. Resultados: Se encontró evidencia de hibridación al observar haplotipos de C. moreletti en animales determinados fenotípicamente como C. acutus, así como haplotipos de C. acutus en animales clasificados como C. moreletti. Se observó una baja diversidad haplotípica para C. acutus (0.455 ± 0.123) y para C. moreletii (0.505 ± 0.158). Se obtuvo un árbol filogenético en el que las secuencias propias de C. acutus y C. moreletii se agruparon en dos grandes y bien definidos clados. Los organismos identificados fenotípicamente como C. acutus pero con genes de C. moreletii se separaron en un clado diferente dentro del clado de C. moreletii. Conclusiones: Existen individuos reproductores con haplotipos diferentes a los de la especie. Este estudio aporta un pequeño pero significativo avance en el conocimiento genético tanto de las especies de cocodrilos como del uso de marcadores mitocondriales, que, en este caso, el gen COX1 permitió la detección de organismos híbridos en poblaciones silvestres y cautivas. Los esfuerzos de conservación para ambas especies de cocodrilos deben evitar el cruce de ambas especies amenazadas y deben requerir la identificación genética de poblaciones puras, para diseñar estrategias de conservación efectivas considerando la posibilidad de hibridación natural en áreas de simpatría.

Abstract Introduction: There is low evidence of genetic diversity and hybridization processes within Crocodylus acutus and C. moreletii populations. Objetive: To evaluate genetic diversity and some phylogenetic relationships in wild and captive populations of C. acutus and C. moreletii using the Barcode of Life Data System (COX1, cytochrome C oxidase subunit 1 gene). Methods: 28 individuals phenotypically like C. acutus located in the state of Guerrero, Oaxaca and Quintana Roo were sampled, as well as animals belonging to C. moreletii located in the states of Tabasco, Campeche, and Quintana Roo. 641 base pairs of nucleotide sequence from COX1 were used to obtain the haplotype and nucleotide diversity per population, and a phylogenetic and network analysis was performed. Results: Evidence of hybridization was found by observing C. moreletti haplotypes in animals phenotypically determined as C. acutus, as well as C. acutus haplotypes in animals classified as C. moreletti. Low haplotypic diversity was observed for C. acutus (0.455 ± 0.123) and for C. moreletii (0.505 ± 0.158). A phylogenetic tree was obtained in which the sequences of C. acutus and C. moreletii were grouped into two well-defined clades. Organisms identified phenotypically as C. acutus but with C. moreletii genes were separated into a different clade within the clade of C. moreletii. Conclusions: There are reproductive individuals with haplotypes different from those of the species. This study provides a small but significant advance in the genetic knowledge of both crocodile species and the use of mitochondrial markers, which in this case, the COX1 gene allowed the detection of hybrid organisms in wild and captive populations. Conservation efforts for both species of crocodiles should prevent the crossing of both threatened species and should require the genetic identification of pure populations, to design effective conservation strategies considering the possibility of natural hybridization in areas of sympatry.

Resumen Se identificaron nuevos haplotipos de Diaphorina citri también conocido como el psílido asiático de los cítricos, denominados DcitACC-1, DcitACC-2 y DcitACC-3. Los estudios se basaron en la amplificación de ADN del gen COI mitocondrial y se utilizaron individuos de diferentes zonas citrícolas del país, en algunas zonas productoras del país no se han realizado muestreos con anterioridad, específicamente en los municipios de Acatlán de Pérez, Oaxaca, Misantla y Tantoyuca, Veracruz y Huejutla, Hidalgo, por lo que se procedió a colectar insectos adultos sin distinción de género. El número de individuos de cada sitio colectado dependió de la disponibilidad de insectos en el lugar. Se obtuvieron en total 60 individuos colectados. La amplificación del ADN se realizó con los iniciadores específicos DCITRI COI-L y DCITRI COI-R, el producto de la reacción PCR se secuenció en el Instituto Potosino de Investigación Científica y Tecnológica, AC (IPICYT). Las secuencias obtenidas se compararon con las reportadas en el Genebank y se determinó que existe una línea matriz que corresponde a los haplotipos Dcit-01 y Dcit-04 con número de identificación FJ190300 y FJ190306 (Boykin, 2007). Se obtuvieron 22 secuencias que se analizaron con los programas Oligo analizer y Clustal Omega y se identificaron 11 secuencias iguales a los haplotipos Dcit-01 y Dcit-04. Los resultados mostraron 13 secuencias con diferencias en tres nucleótidos específicos: 61, 253 y 636, mismos que son reportados en este trabajo como nuevos haplotipos.

Abstract New haplotypes of Diaphorina citri, also known as the Asian citrus psyllid, were identified, called DcitACC-1, DcitACC-2, and DcitACC-3. The studies were based on the amplification of DNA of the mitochondrial COI gene and individuals from different citrus areas of the country were used, in some producing areas of the country no samplings have been carried out before, specifically in the municipalities of Acatlán de Pérez, Oaxaca, Misantla and Tantoyuca, Veracruz, and Huejutla, Hidalgo , so adult insects were collected without distinction of gender. The number of individuals collected from each site depended on the availability of insects at the site. A total of 60 individuals were collected. DNA amplification was performed with the specific primers DCITRI COI-L and DCITRI COI-R, the product of the PCR reaction was sequenced at the Institute for Scientific and Technological Research of San Luis Potosí (IPICYT, for its acronym in Spanish). The sequences obtained were compared with those reported in Genbank and it was determined that there is a matrix line corresponding to haplotypes Dcit-01 and Dcit-04 with identification numbers FJ190300 and FJ190 306 (Boykin, 2007). Twenty-two sequences were obtained, which were analyzed with the Oligo analyzer and Clustal Omega programs and 11 sequences equal to haplotypes Dcit-01 and Dcit-04 were identified. The results showed 13 sequences with differences in three specific nucleotides: 61, 253 and 636, which are reported in this work as new haplotypes.

Abstract Tetrahydroquinoline derivatives are interesting structures exhibiting a wide range of biological activities, including antitumor effects. In this investigation, the effect of the synthesized tetrahydroquinolines JS-56 and JS-92 on apoptosis, intracellular Ca2+ concentration ([Ca2+]i), and the sarco(endo)plasmic reticulum Ca2+-ATPase (SERCA) activity was determined on MCF-7 breast cancer cells. Colorimetric assays were used to assess MCF-7 cells viability and SERCA activity. Fura-2 and rhodamine 123 were used to measure the intracellular Ca2+ concentration and the mitochondrial electrochemical potential, respec tively. TUNEL assay was used to analyze DNA fragmentation, while caspase activity and NF-κB-dependent gene expression were assessed by luminescence. In silico models were used for molecular docking analysis. These compounds increase intracellular Ca2+ concentration; the main contribution is the Ca2+ entry from the extracellular milieu. Both JS-56 and JS-92 inhibit the activity of SERCA and dissipate the mitochondrial electrochemical potential through processes dependent and independent of the Ca2+ uptake by this organelle. Furthermore, JS-56 and JS-92 generate cytotoxicity in MCF-7 cells. The effect of JS-92 is higher than JS-56. Both compounds activate caspases 7 and 9, cause DNA fragmentation, and potentiate the effect of phorbol 12-myristate-13-acetate on NF-κB-dependent gene expression. Molecular docking analysis suggests that both compounds have a high interaction for SERCA, similar to thapsigargin. Both tetrahydroquinoline derivatives induced cell death through a combination of apoptotic events, increase [Ca2+]i, and inhibit SERCA activity by direct interaction.

Resumen Los derivados de tetrahidroquinolina son estructuras interesantes que exhiben una amplia gama de actividades biológicas, incluyendo efectos antitumorales. Se determinó el efecto de las tetrahidroquinolinas sintetizadas JS-56 y JS-92 sobre la apoptosis, concentración intracelular de Ca2+ ([Ca2+]i) y la actividad Ca2+-ATPasa del retículo sarco(endo)plásmico (SERCA) en células de cáncer de mama MCF-7. Se usaron ensayos colorimétricos para evaluar la viabilidad de las células MCF-7 y la actividad SERCA. Se emplearon Fura-2 y rodamina 123 para medir la concentración de Ca2+ intracelular y el potencial electroquímico mitocondrial, respectivamente. El ensayo TUNEL se utilizó para analizar la fragmentación del ADN, mientras que la actividad de caspasas y la expresión génica dependiente de NF-κB se evaluaron mediante luminiscencia. Modelos in silico permitieron el análisis del acoplamiento molecular. Estos compuestos aumentan la concentración de Ca2+ intracelular; la principal contribución es la entrada de Ca2+ desde el medio extracelular. Tanto JS-56 como JS-92 inhiben la actividad de SERCA y disipan el potencial electroquímico mitocondrial a través de procesos dependientes e independientes de la captación de Ca2+ por este orgánulo. Además, JS-56 y JS-92 generan citotoxicidad en células MCF-7. El efecto de JS-92 es mayor que JS-56. Ambos compuestos activan las caspasas 7 y 9, provocan la fragmentación del ADN y potencian el efecto del 12-miristato-13-acetato de forbol en la expresión génica dependiente de NF-κB. El análisis de acoplamiento molecular sugiere que ambos compuestos tienen una alta interacción con SERCA, similar a la tapsigargina. Ambos derivados de tetrahidroquinolina indujeron la muerte celular a través de una combinación de eventos apoptóticos, aumento de [Ca2+]i e inhibición de la actividad SERCA por interacción directa.

Resumen El Nordeste argentino se caracteriza por la presencia de diversidad étnica, cultural y lingüística; y por una historia de movimientos poblacionales ligada a variaciones geopolíticas. El objetivo de este trabajo es presentar los primeros resultados de una investigación, estructurada en tres ejes (local, regional y sudamericano), que busca explorar la historia poblacional de la región a través de la caracterización de los linajes maternos y paternos de las ciudades de Corrientes (CRR, N=151) y Formosa (FOR, N=274). Se detallan las técnicas y métodos de análisis, así como las preguntas de investigación abordadas en cada eje, y se presentan los resultados del primer eje. Se estimaron los aportes de origen nativo americano, del oeste de Eurasia y de África subsahariana. Se obtuvieron frecuencias mayoritarias de linajes nativos americanos por vía materna (FOR=85%, CRR=89,4%). Los linajes euroasiáticos (FOR=9,93%, CRR=12,41%) y africanos (FOR=2,55%, CRR=0,66%) también están presentes. Por otra parte, más del 80% de los linajes paternos resultaron de origen euroasiático, de los cuales el 55% corresponde al haplogrupo R1 (FOR=55,2%, CRR=54,7%). La fracción nativa de los linajes paternos aportó las frecuencias más bajas documentadas para Argentina (FOR= 4,9%; CRR=3,2%). Los datos moleculares se compararon con datos genealógicos y se contextualizaron con la información histórica

Abstract Northeast Argentina is characterized by the presence of ethnic, cultural and linguistic diversity; and by a history of population movements linked to geopolitical variations. The aim of this paper is to present a research design, structured in three analytical axes (local, regional and South American), to explore the population history of the region through the characterization of maternal and paternal lineages of the cities of Corrientes (CRR N=151) and Formosa (FOR N=274). Analysis techniques and methods were detailed, the research questions addressed in each axis were outlined and the results of the first axis were presented. Genetic contributions of Native American, western Eurasia, and sub-Saharan Africa origin were estimated. Majority frequencies of Native American lineages were obtained through the maternal line (FOR=85%, CRR=89,4%). The Eurasian (FOR=9,93%, CRR=12,41%) and African (FOR=2,55%, CRR=0,66%) lineages were also present. On the other hand, more than 80% of the paternal lineages were of Eurasian origin, with 55% corresponding to R1 (FOR=55,2%, CRR=54,7%). The native American fraction (FOR= 4,9%; CRR=3,2%), provided the lowest frequencies documented for Argentina. Molecular data were compared with genealogical data and contextualized with historical evidence

Abstract Recently, several studies on the Uruguayan population have shown that it is formed by unequal contributions from Europeans, Africans, Native Americans, and others. The native component is larger when maternal contribution is analyzed, but its ethnic/geographic origin remains unclear, as it is also unclear how and when these groups arrived. To contribute to the knowledge about prehistoric and historic peopling of the territory and its relations with other populations, 32 complete mitochondrial genomes (mitogenomes) were obtained by next generation sequencing. They belong to present inhabitants of the country, whose hypervariable regions were previously analyzed and whose identified haplogroups belonged to one of the four main haplogroups of Native American origin. Seven new subhaplogroups (A2be, A2bf, B2an, C1d1h, C1b30, C1b31 and D1x) were determined, another was redenominated (C1d1d - present C1d1g), and the criteria to assign B2b6 and D1g5 were reviewed. The age of the new subhaplogroups was estimated between 4.554 and 11.985 years, while the age of C1d1g was estimated in 20.736 years. Some sequences could be related to different ethnic groups, or to several geographic regions such as Amazonia, Chaco, Pampa or Andes. The new subhaplogroup assignations, together with their geographic distribution and chronology, are discussed in relation to the general panorama of South America.

Resumen Recientemente, diversos estudios sobre la población uruguaya han demostrado que está conformada por desiguales aportes de europeos, africanos y pueblos originarios, entre otros. El aporte indígena es mayor cuando se analiza la contribución por línea materna, aunque su origen étnico/geográfico no es claro, ni tampoco cuándo ni cómo llegaron los distintos grupos. Para aportar al conocimiento del poblamiento prehistórico e histórico del territorio y sus relaciones con otras poblaciones se analizan, por secuenciación masiva, 32 genomas mitocondriales completos (mitogenomas) de habitantes actuales del país, identificados previamente por sus regiones hipervariables como correspondientes a los cuatro haplogrupos principales de origen americano. Se determinaron siete nuevos subhaplogrupos (A2be, A2bf, B2an, C1d1h, C1b30, C1b31 y D1x), otro se redenominó (C1d1d - actual C1d1g) y se plantea la revisión de los criterios de asignación de B2b6 y D1g5. Se estimó la antigüedad de los subhaplogrupos nuevos, que varía entre 4554 y 11985 años, con la excepción de C1d1g, cuya edad fue estimada en 20736 años. Algunas secuencias pudieron ser vinculadas a distintos grupos étnicos o a diversas regiones geográficas, como Amazonia, Chaco, Pampa, o Andes. Se discuten las nuevas asignaciones de subhaplogrupos y las de algunos previamente definidos, así como su distribución geográfica y antigüedad, con relación al panorama general de América del Sur.

ABSTRACT Morphological identifications complemented with molecular analysis are important for the delimitation of cryptic species. This document contains annotations on the molecular identification of the parasitic nemertine Carcinonemertes conanobrieni in the Caribbean spiny lobsters Panulirus argus. The collected nemerteans were found parasitizing ovigerous lobsters from the Gulf of Salamanca (Puebloviejo), Colombia. DNA was extracted from a specimen and a fragment of the mitochondrial gene Cytochrome Oxidase I (COI) was amplified using Folmer’s universal primers, the sequence was edited with ProSeq 3.5 and aligned with all the C. conanobrieni sequences available in GenBank. A sequence of 488 base pairs corresponding to the section of the genetic barcode of the COI gene was obtained, the matrix of genetic distances showed little variation when comparing the obtained sequence with those available in the GenBank database. These results confirm the presence of this nemertean in the Panulirus argus lobsters in Colombia providing valuable information for the correct identification and detection of this parasitic species in the country, thus facilitating its monitoring.

RESUMEN Las identificaciones morfológicas, complementadas con análisis moleculares son importantes para la delimitación de especies crípticas. Este documento contiene anotaciones sobre la identificación molecular del nemertino parásito Carcinonemertes conanobrieni en langostas espinosas del Caribe Panulirus argus. Los nemertinos recolectados se encontraron parasitando langostas ovadas del golfo de Salamanca (Puebloviejo), Colombia. Se extrajo ADN de un individuo y se amplificó un fragmento del gen mitocondrial Citocromo Oxidasa I (COI) utilizando los primers universales de Folmer, la secuencia obtenida se editó con ProSeq 3,5 y alineó con todas las secuencias de C. conanobrieni disponibles en GenBank. Se obtuvo una secuencia de 488 pares de bases correspondientes a la sección del código de barras genético del gen COI, la matriz de distancias genéticas mostró poca variación al comparar la secuencia obtenida con las disponibles en la base de datos GenBank. Estos resultados confirman la presencia de este nemertino en las langostas Panulirus argus en Colombia, y aportan valiosa información para la correcta identificación y detección de esta especie parasita en el país, facilitando así su monitoreo.

Abstract Beekeeping generates currencies for Mexico, however, Tabasco ranks 25th in national production. The municipality of Comalcalco has agroecological resources with beekeeping potential. In order to analyze the socioeconomic and technical aspects of beekeeping, 11 beekeepers were interviewed, classifying them into four strata. The apiaries were georeferenced for geoprocessing. Africanization was determined by mtDNA in drones. The average age of the beekeepers was 48 years, with 8 years of experience, detecting that beekeeping is not their main economic activity. Honey yield was 46.2 kg Colony−1 higher than the state average (37 kg Colony−1). The mtDNA analysis identified 100% Africanization, possibly due to the fact that the annual replacement of queen bees of European origin does not take place. Four contrasting agroecosystems were identified. The results found indicate that it is necessary to implement strategies for the sustainable use of beekeeping and generational germplasm in the entity.

Resumen La apicultura genera divisas para México, sin embargo, Tabasco ocupa el 25vo lugar en producción a nivel nacional. El municipio de Comalcalco, posee recursos agroecológicos con potencial apícola. Con el objetivo de analizar los aspectos socioeconómicos y técnicos de la apicultura, se entrevistaron 11 apicultores, clasificándolos en cuatro estratos. Los apiarios fueron georreferenciados para geoprocesamiento. Se determinó la africanización mediante ADNmt en zánganos. La edad promedio de los apicultores fue 48 años, con 8 años de experiencia, detectando que la apicultura no es su principal actividad económica. El rendimiento de miel fue de 46.2 kg Colonia−1 mayor al promedio estatal (37 kg Colonia−1). El análisis del ADNmt identificó 100% de africanización, posiblemente debido a que el cambio anual de abejas reinas de origen europeo no se realiza. Se identificaron cuatro agroecosistemas contrastantes. Los resultados encontrados indican que se requiere implementar estrategias para el aprovechamiento sustentable del germoplasma apícola y generacional en la entidad.

ABSTRACT Autism spectrum disorder (ASD) is a group of neurodevelopmental disorders, impaired social interaction, language, and communication, which has increased worldwide in recent years. The deterioration of this condition occurs mainly at the brain level, currently it has been postulated that mitochondrial dysfunction, increased oxidative stress and decreased antioxidant defense leads to an imbalance in the ability to counteract the harmful effects of oxidative stress, such as oxidative degradation of lipids, proteins, and DNA that can cause damage to brain tissue, leading to the clinical symptoms and behaviors of ASD. Mitochondrial dysfunction can occur due to abnormalities in the electron transport chain, which induces and increases oxidative stress. On the other hand, the brain is extremely vulnerable to oxidative stress, due to its high oxygen consumption, its limited antioxidant capacity, and higher amounts of fatty acids and iron. This increased susceptibility of the brain to oxidative damage highlights the importance of understanding the role of oxidative stress in the clinical manifestations of ASD. Several studies have observed an increase in oxidative stress markers and a decrease in antioxidant enzymes in autism. Therefore, improving the oxidative state and maintaining the redox balance could improve the clinical manifestations of autism. The present study aims to carry out a narrative review on oxidative stress and mitochondrial dysfunction associated with ASD.

RESUMEN El trastorno del espectro autista (TEA) es un conjunto de alteraciones del desarrollo neurológico, deterioro de la interacción social, lenguaje y comunicación, el cual ha aumentado a nivel mundial en los últimos años. El deterioro de esta condición ocurre principalmente a nivel cerebral y actualmente se ha postulado que la disfunción mitocondrial (DM), el aumento del estrés oxidativo y la disminución de la defensa antioxidante conducen a un desequilibrio en la capacidad de contrarrestar los efectos nocivos del estrés oxidativo, como degradación oxidativa de lípidos, proteínas y ADN que puede causar daño en el tejido cerebral, lo que conduce a síntomas clínicos y comportamientos del TEA. La disfunción mitocondrial principalmente puede ocurrir debido a anomalías en la cadena transportadora de electrones, que a su vez induce y aumenta el estrés oxidativo. Por otro lado, el cerebro es sumamente vulnerable al estrés oxidativo, por su alto consumo de oxígeno, su limitada capacidad antioxidante, mayor cantidad de ácidos grasos y hierro. Esta mayor susceptibilidad del cerebro al daño oxidativo destaca la importancia de comprender el papel del estrés oxidativo en las manifestaciones clínicas del TEA. Diversos estudios han observado un aumento de los marcadores de estrés oxidativo y una disminución en las enzimas antioxidantes en el autismo. Por lo tanto, mejorar el estado oxidativo y mantener el equilibrio redox podría mejorar las manifestaciones clínicas del autismo. El presente estudio tiene como objetivo realizar una revisión narrativa sobre estrés oxidativo y disfunción mitocondrial asociado al trastorno del espectro autista.