Resumen Introducción: La diarrea con sangre es un motivo frecuente de admisión hospitalaria en niños, con gastroenteritis aguda; en la mayoría de los casos se tratan de infecciones leves y autolimitadas, pero pueden producirse complicaciones graves. Objetivos: Describir la etiología y características clínico- evolutivas de los niños menores de 15 años hospitalizados por diarrea con sangre en el Hospital Pediátrico, Centro Hospitalario Pereira Rossell entre los años 2012- 2023. Materiales y métodos: Estudio retrospectivo mediante revisión de historias y registros de laboratorio. Variables: demográficas, estado nutricional, hidratación, motivos de hospitalización, ingreso unidades de cuidados intensivos (UCI), enteropatógenos, tratamientos, evolución. Resultados: Se incluyeron 229 niños, mediana de edad de 8 meses; sexo masculino 61%; eutróficos 88%, bien hidratados 55%, con comorbilidades 11%, prematurez 6,5%. El motivo de hospitalización fue diarrea con sangre/disentería sin otro síntoma 45%. Se solicitó coprovirológico/coprocultivo en 98% y detección por técnicas de ácidos nucleicos en materia fecal 5,2%. Se identificó al menos un agente patógeno en 34,3%: Shigella sp. 38%; Salmonella sp. 19,5%; coinfecciones en 12%. Se indicaron antibióticos a 86%; ceftriaxona 62%, azitromicina 35%. Ingresaron a UCI 6,5% (15), presentaron complicaciones 10/14, fallo renal agudo 5 y alteraciones del medio interno 3. La mayoría presentó buena evolución. Conclusiones: La diarrea con sangre/disentería continúa siendo una causa importante de hospitalización afectando en su mayoría a niños sanos menores de 5 años. Los patógenos detectados con mayor frecuencia fueron bacterias principalmente Shigella sp., Salmonella sp. y E coli diarreogénicas. Se reportó alta prescripción de antibióticos, cumpliendo en la mayoría de los casos con las recomendaciones.

Abstract Introduction: Bloody diarrhea is a common reason for hospital admission in children with acute gastroenteritis; In most cases these are mild and self-limiting infections, but serious complications can occur. Goals: To describe the etiology and clinical-evolutionary characteristics of children under 15 years of age hospitalized for bloody diarrhea at the Pediatric Hospital, Centro Hospitalario Pereira Rossell between the years 2012-2023. Materials and methods: Retrospective study through review of histories and laboratory records. Variables: demographics, nutritional status, hydration, reason for hospitalization, intensive care unit (ICU) admission, enteropathogens, treatments, evolution. Results: 229 children were included, median age 8 months; male sex 61%; eutrophic 88%, well hydrated 55%, with comorbidities 11%, prematurity 6.5%. The reason for hospitalization was bloody diarrhea/dysentery without other symptoms 45%. Coprovirological/coproculture was requested in 98% and detection by nucleic acid techniques in fecal matter was requested in 5,2%. At least one pathogenic agent was identified in 34,3%: Shigella sp. 38%; Salmonella sp 19,5%; coinfections in 12%. Antibiotics were indicated for 86%; ceftriaxone 62%, azithromycin 35%. Were admitted to the ICU 6,5% (15), 10/14 had complications, 5 had acute kidney failure and 3 had alterations in the internal environment. The majority had a good evolution. Conclusions: Bloody diarrhea/dysentery continues to be an important cause of hospitalization, affecting mostly healthy children under 5 years of age. The most frequently detected pathogens were bacteria, mainly Shigella sp., Salmonella sp. and diarrheagenic E coli. High prescription of antibiotics was reported, complying in most cases with the recommendations.

Resumo Introdução: A diarreia com sangue é um motivo comum de internação hospitalar em crianças com gastroenterite aguda; Na maioria dos casos, estas são infecções leves e autolimitadas, mas podem ocorrer complicações graves. Metas: Descrever a etiologia e as características clínico-evolutivas de crianças menores de 15 anos internadas por diarreia sanguinolenta no Hospital Pediátrico Centro Hospitalario Pereira Rossell entre os anos de 2012-2023. Materiais e métodos: Estudo retrospectivo por meio de revisão de histórias e registros laboratoriais. Variáveis: dados demográficos, estado nutricional, hidratação, motivo da internação, internação em unidade de terapia intensiva (UTI), enteropatógenos, tratamentos, evolução. Resultados: foram incluídas 229 crianças, mediana de idade 8 meses; sexo masculino 61%; eutrófico 88%, bem hidratado 55%, com comorbidades 11%, prematuridade 6,5%. O motivo da internação foi diarreia sanguinolenta/disenteria sem outros sintomas 45%. O estudo coprovirologico/coprocultivo foi solicitado em 98% e a detecção por técnicas de ácidos nucleicos em matéria fecal foi solicitada em 5,2%. Pelo menos um agente patogênico foi identificado em 34,3%: Shigella sp. 38%; Salmonella sp. 19,5%; coinfecções em 12%. Os antibióticos foram indicados para 86%; ceftriaxona 62%, azitromicina 35%. Foram internados em UTI 6,5% (15), 10/14 apresentaram complicações, 5 tiveram insuficiência renal aguda e 3 apresentaram alterações no meio interno, a maioria teve boa evolução. Conclusões: A diarreia/disenteria com sangue continua a ser uma causa importante de hospitalização, afetando sobretudo crianças saudáveis com menos de 5 anos de idade. Os patógenos mais frequentemente detectados foram bactérias, principalmente Shigella sp., Salmonella sp. e E. coli diarreiogênica. Foi relatada elevada prescrição de antibióticos, cumprindo na maioria dos casos as recomendações.

Resumo: Introdução: nos últimos anos, tem havido um aumento na identificação de bactérias multirresistentes (BMDR) em pediatria, tanto de colonização como de infecção, o que tem impactado na morbimortalidade. Uma vigilância rigorosa é realizada no hospital para orientar medidas de prevenção e evitar propagação e contágio intra-hospitalar. Objetivos: descrever a incidência, características epidemiológicas e clínicas de crianças e adolescentes hospitalizados nos quais a BMDR foi identificada por meio de vigilância de infecções associadas à assistência de saúde. Material e métodos: estudo observacional, descritivo e retrospectivo. Foram incluídas crianças e adolescentes internados em hospital de referência nos quais foi identificada MRMO. Variáveis: epidemiológicas, clínicas, microbiológicas e evolutivas. Análise estatística: medidas sumárias. Os padrões éticos de pesquisa foram garantidos. A colonização pelo BMDR foi estudada em crianças com internação superior a 10 dias provenientes de áreas fechadas fora do Hospital de Referência Pediátrica, a amostra foi coletada retal. Foram aplicadas técnicas de detecção e cultura de ácidos nucleicos. Resultados: foram identificados 59 pacientes, 56 colonizações e 3 infecções, a primeira foi uma colonização por KPC em 2016. A partir daí aumentaram para 18 em 2022 e para 14 em julho de 2023. A idade média foi de 9,1 meses (variação de 15 dias a 7 anos). 32 meninas e 27 meninos. Os pacientes vieram de todo o país, com predomínio da região metropolitana (15 Montevidéu e 14 Canelones). 35 pacientes apresentavam comorbidades: 12 prematuros, 2 transplantados, 8 cardiopatias congênitas, 5 com desnutrição grave com nutrição parenteral total, 2 em tratamento com imunossupressores e 1 hemato-oncológico. 37 pacientes receberam antibioticoterapia antes da detecção do BMDR (média de 9 dias). Em relação aos dispositivos médicos, 14 tiveram intubação orotraqueal, 6 receberam acesso venoso central, 3 tiveram traqueostomia, 3 drenagem torácica, 1 drenagem biliar e 1 teve um dispositivo venoso implantável permanente. O diagnóstico na alta foi infecção respiratória em 45, sendo a bronquiolite a mais comum em 29. 56 foram internados em cuidados intensivos, média de 11,6 dias (variação de 1 a 90). Quanto à identificação do agente, as amostras foram swab retal 57, secreções respiratórias 2 e sangue 1. Para swab retal o método de detecção foi o PCR em 39 e cultura em 18. Nos casos de infecções: hemocultura 1 e cultura de secreções respiratórias 2. Porém, o mecanismo de resistência foi identificado por testes imunocromatográficos. As bactérias mais frequentemente identificadas foram Klebsiella pneumoniae 9 e Pseudomonas aeruginosa 6. A distribuição de acordo com o mecanismo de resistência foi NDM 33, KPC 10, OXA-48 9, OXA-51 6, VIM 6, IMP 1, GES 1. Em 3 casos identificados 2 carbapenemases. 6 pacientes morreram (2 infectados e 4 colonizados). 41 pacientes receberam alta hospitalar. Conclusões: através da vigilância, observou-se um aumento na identificação de BMDR, especialmente no último ano. A presença de infecção por BMDR contribuiu para o aumento da mortalidade. A identificação oportuna é essencial para evitar a disseminação e orientar medidas de prevenção.

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Summary: Introduction: in recent years, there has been an increase in the identification of Multidrug Resistant Bacteria (MDRB) in pediatrics, regarding both colonization and infection, which has led to morbidity and mortality. Strict surveillance is carried out in the hospital to guide prevention measures and prevent the spread and intra-hospital contagion. Objectives: to describe the incidence, epidemiological and clinical characteristics of hospitalized children and adolescents to whom MDRB was identified through surveillance of infections associated with health care. Material and methods: observational, descriptive, retrospective study. We included children and adolescents admitted to a pediatric reference hospital to whom BMDR had been prescribed. Variables: epidemiological, clinical, microbiological and evolutionary. Statistical analysis: summary measures. Ethical research standards were guaranteed and colonization by BMDR was studied in children with stays of more than 10 days who came from closed areas outside the Pediatric Reference Hospital, the sample was swabbed rectal. Techniques for nucleic acid detection and culture were applied. Results: 59 patients were identified, 56 colonizations and 3 infections, the first was a colonization by KPC in 2016. Since then, they increased to 18 in 2022 and 14 in July 2023. The average age was 9.1 months (range 15 days to 7 years). 32 female and 27 male. The patients came from all over the country, predominantly from the metropolitan area (15 Montevideo and 14 Canelones). 35 patients had comorbidities: 12 preterm, 2 transplanted, 8 congenital heart disease, 5 severe malnutrition with total parenteral nutrition, 2 under treatment with immunosuppressants and 1 hemato oncological. 37 patients received antibiotic therapy prior to MDRB detection (average 9 days). Regarding medical devices, 14 had orotracheal intubation, 6 had a central venous line, 3 had a tracheostomy, 3 had chest drainage, 1 had biliary drainage and 1 had a permanent implantable venous device. The diagnosis at discharge was respiratory infection in 45 cases, bronchiolitis was the most common in 29. 56 were admitted to intensive care, mean 11.6 days (range 1 to 90). Regarding agent identification, 57 samples were rectal swabs, 2 respiratory secretions and blood sample. We used PCR for rectal swab detection in 39 patients and culture in 18. For cases of infections: 1 blood culture and 2 cultures of respiratory secretions, then the resistance mechanism was identified by immunochromatographic tests. The most frequently identified bacteria were Klebsiella pneumoniae 9 and Pseudomonas aeruginosa 6. The distribution according to resistance mechanism was NDM 33, KPC 10, OXA-48 9, OXA-51 6, VIM 6, IMP 1, GES 1. In 3 cases we identified 2 carbapenemase. 6 patients died (2 infected and 4 colonized). 41 patients were discharged. Conclusions: through surveillance, an increase in the identification of MDRB was observed, especially in the past year. The presence of MDRB infection contributed to increased mortality. Timely identification is essential to prevent dissemination and to implement guideline prevention measures.

Abstract Objective The present study aims to highlight the significance of the nucleic acid test (NAT) for musculoskeletal tissue donation and to compare the sensitivity of this test on the different available platforms. Method The present study is a retrospective survey in a human tissue bank database and an integrative literature review encompassing the last 10 years. The PubMed portal and the SCOPUS, CINAHL, and Web of Science databases were queried for articles. Results We found no specific studies on the use and sensitivity of NAT in braindead tissue donors. The information presented in the present study consists of specific contents intended for the Brazilian Blood Transfusion Network (Hemorrede Transfusional Nacional, in Portuguese) and internal retrospective data from a tissue bank located at a city in the state of São Paulo, Brazil. Conclusions The NAT is effective in blood samples from living patients. However, since biochemical reactions in braindead patients can be different, specific research, platforms, or both are crucial to tissue banks. (NAT platforms 1 years SCOPUS CINAHL articles donors Hemorrede Nacional Portuguese Paulo Brazil However research banks

Resumo Objetivo Evidenciar a importância da realização do teste de ácido nucleico (NAT, na sigla em inglês) para doação de tecidos musculoesqueléticos, assim como comparar a sensibilidade deste exame nas diferentes plataformas existentes no mercado. Método Trata-se de um levantamento retrospectivo no banco de dados de um determinado Banco de Tecidos Humanos e de uma revisão integrativa da literatura, operacionalizada nos últimos 10 anos. As buscas de artigos ocorreram no portal PubMed e nas bases de dados SCOPUS, CINAHL e Web of Science. Resultados Não foram encontrados estudos específicos sobre a utilização e a sensibilidade do exame NAT em pacientes doadores de tecidos com morte encefálica (ME), sendo as informações apresentadas no presente estudo conteúdos específicos destinados à Hemorrede Transfusional Nacional e aos dados retrospectivos internos de um Banco de Tecidos do interior do estado de São Paulo, Brasil. Conclusões O exame NAT se apresenta efetivo em amostras de sangue de pacientes vivos. Porém, reações bioquímicas em pacientes com condições de ME podem se apresentar de formas diferenciadas, tornando-se indispensáveis a realização de pesquisas específicas e/ou a indicação de plataformas aos Bancos de Tecidos. NAT, (NAT inglês musculoesqueléticos mercado Tratase Trata literatura 1 anos SCOPUS Science ME, , (ME) Paulo Brasil vivos Porém diferenciadas tornandose tornando eou ou (ME

RESUMO As vesículas extracelulares (VEs) são nanopartículas circundadas por uma bicamada lipídica, que transportam lipídios, proteínas, ácidos nucleicos e metabólitos, e podem ser secretadas por diferentes tipos celulares. Os adipócitos são capazes de sintetizar e secretar VEs pequenas, que, uma vez na circulação, podem alcançar diferentes sistemas orgânicos, permitindo a comunicação intercelular. O objetivo deste estudo foi avaliar o diâmetro e a concentração de VEs pequenas no soro de cães com sobrepeso e obesidade, antes e após a perda de peso. Para isso, foram recrutados 19 cães, sendo nove fêmeas e 10 machos castrados, em bom estado geral e com escore de condição corporal (ECC) ≥ 7. A avaliação inicial dos cães incluiu exame físico e testes laboratoriais. Após avaliação inicial, os cães foram alimentados com uma dieta hipocalórica comercial por quatro meses, e, após esse período, os testes laboratoriais foram reavaliados. As VEs pequenas foram isoladas a partir do sangue total, por meio de centrifugações e ultracentrifugações seriadas, e o equipamento NanoSight foi utilizado para a determinação do diâmetro e da concentração das VEs pequenas presentes no soro antes e após a dieta. Houve uma redução de 10% do peso corporal e de 16,5% do ECC dos cães, além da diminuição de 9% do diâmetro e de 31% da concentração das VEs pequenas, após os quatro meses de alimentação com a dieta hipocalórica. Não foram observadas diferenças em relação às análises bioquímicas e entre os resultados de fêmeas e machos, antes e após a perda de peso. Em conclusão, a redução do peso corporal e do acúmulo de gordura foi capaz de modificar as características (diâmetro e concentração) das VEs pequenas, que foram isoladas a partir do soro de cães com sobrepeso e obesidade. (VEs lipídica lipídios proteínas metabólitos celulares circulação orgânicos intercelular obesidade isso 1 castrados (ECC 7 período reavaliados total seriadas 165 16 5 16,5 9 31 conclusão 16, 3

Resumen En las reacciones bioquímicas del metabolismo donde participa el oxígeno molecular se presenta una constante formación de especies reactivas de oxígeno (ROS). Entre las diferentes ROS, destaca el peróxido de hidrógeno (H2O2) por su papel en la fisiología celular, ya que participa como segundo mensajero en múltiples procesos celulares como la proliferación celular, la síntesis y la secreción de hormonas, la regulación y la activación de células inmunes, la angiogénesis y los procesos apoptóticos. Sin embargo, un aumento exacerbado en la formación y la acumulación de H2O2, producido por el incremento en la actividad de la cadena transportadora de electrones en la mitocondria, la autooxidación de la glucosa y/o la activación de la vía del sorbitol, genera un desequilibrio en el estado de óxido-reducción de las células. Esta acumulación de H2O2 puede causar un daño celular a través de la oxidación de las proteínas, los lípidos, los carbohidratos y los ácidos nucleicos; al contribuir en el desarrollo y la progresión de enfermedades degenerativas y metabólicas como la diabetes mellitus. Al subir la concentración de la glucosa en la sangre, se presenta un incremento en la concentración del H2O2, que intensifica los procesos oxidantes que están ligados a la patogénesis, la progresión y las complicaciones de la diabetes mellitus.

Abstract Cellular metabolism is a constant source of reactive oxygen species (ROS). The production of hydrogen peroxide (H2O2) is particularly relevant, due to its role in cellular physiology. H2O2 can act as a classical intracellular signaling molecule in several processes like cell proliferation, hormone synthesis and secretion, immune cell regulation, angiogenesis, and apoptosis. However, H2O2 overproduction and accumulation, derived from increased mitochondrial electron transport chain activity, glucose autoxidation, and increased polyol flux, contribute to an imbalance in the redox state of the cells. High concentration of H2O2 induces cellular dysfunction through oxidation of macromolecules like proteins, lipids, carbohydrates and nucleic acids. H2O2-induced oxidative damage can contribute to the development and progression of degenerative diseases such as diabetes mellitus. Indeed, chronic hyperglycemia has been shown to cause an increased H2O2 concentration and oxidative damage that contribute to the pathogenesis and progression of diabetes complications.

Abstract Background RNA extraction is a step that precedes several molecular techniques. The fibrous tissue, more specifically the dura mater, has several limitations in routine protocols, and lacks optimization protocols to overcome these problems. Objective To test stock reagents and purification kits, optimizing commercial kit protocols for RNA extraction from the dura mater. Methods Dura mater samples were obtained from eight Wistar rats and maintained in two different stabilizers. The samples were purified using four different protocols, and the RNA was evaluated for the yield and purity in NanoDrop 2000 (Thermo Scientific, Wilmington, DE, United States). Beta-actin gene was used for analyzing gene expression, since is one of the most used reference genes. Results The RNA preservation was similar in both stabilizers. The addition of an incubation step prior the purification protocols allowed better tissue digestion and RNA recovery. The RNA purified using the protocols membrane-based showed higher quality than liquid-liquid purification. This impact was observed in the 3-week evaluation using RT-qPCR. Conclusion Stabilizers are efficient for RNA preservation and membrane-based purification protocols are more suitable for RNA recovery from dura mater tissue, allowing the evaluation of gene expression in this type of tissue. Adaptations in the dura mater RNA extraction protocol differ from the pre-established protocols because it takes into account the peculiarity of fibrous tissue and low cellularity. In addition to providing a low-cost mechanism, based on techniques that are part of the laboratory routine, it is possible to improve the quality of the extracted material, ensuring greater efficiency in the use of subsequent techniques. problems kits stabilizers 200 Thermo Scientific Wilmington DE States. States . States) Betaactin Beta actin genes membranebased membrane liquidliquid liquid 3week week 3 RTqPCR. RTqPCR RT qPCR. qPCR RT-qPCR preestablished pre established cellularity lowcost cost mechanism material 20 2

Resumo Antecedentes A extração de RNA é uma etapa que antecede várias técnicas moleculares. O tecido fibroso, mais especificamente a dura-máter, apresenta várias limitações nos protocolos de rotina e carece de protocolos de otimização para superar estes problemas. Objetivo Testar reagentes de estoque e kits de purificação, otimizando protocolos de kits comerciais para extração de RNA da dura-máter. Métodos Amostras de dura-máter foram obtidas de oito ratos Wistar e mantidas em dois estabilizadores diferentes. As amostras foram purificadas em quatro protocolos diferentes e o RNA foi avaliado quanto ao rendimento e pureza no NanoDrop 2000 (Thermo Scientific, Wilmington, DE, United States). O gene da beta-actina foi utilizado para analisar a expressão gênica, uma vez que é um dos genes de referência mais utilizados. Resultados A preservação do RNA foi semelhante em ambos os estabilizadores. A adição de uma etapa de incubação antes dos protocolos de purificação permitiu uma melhor digestão do tecido e recuperação de RNA. O RNA purificado pelos protocolos baseados em membrana apresentou qualidade superior ao da purificação líquido-líquido. Este impacto foi observado na avaliação de três semanas usando RT-qPCR. Conclusão Os estabilizadores são eficientes para preservação do RNA e os protocolos de purificação baseados em membrana são mais adequados para recuperação de RNA do tecido da dura-máter, permitindo a avaliação da expressão gênica neste tipo de tecido. As adaptações no protocolo de extração de RNA da dura-máter diferem dos protocolos preestabelecidos porque leva em consideração a peculiaridade do tecido fibroso e com baixa celularidade. Além de fornecer um mecanismo de baixo custo, baseado em técnicas que fazem parte da rotina laboratorial, é possível melhorar a qualidade do material extraído, garantindo maior eficácia no uso de técnicas subsequentes. moleculares duramáter, duramáter dura máter, máter problemas duramáter. máter. 200 Thermo Scientific Wilmington DE States. States . States) betaactina beta actina utilizados líquidolíquido. líquidolíquido líquido líquido. líquido-líquido RTqPCR. RTqPCR RT qPCR. qPCR RT-qPCR celularidade custo laboratorial extraído subsequentes 20 2

Resumen Los cisticercos de Taenia solium causan cisticercosis, y la neurocisticercosis (NCC) es la principal patología. La caracterización de genes es fundamental para el conocimiento de la biología del parásito, la relación parásitohospedador y la identificación de posibles dianas de diagnóstico, tratamiento y protección. El objetivo de este trabajo fue la caracterización molecular y bioinformática, de tres ADN complementarios (ADNc) (TsTF10, TsAAP8 y TsrGAP8), obtenidos por cribado por PCR de una genoteca de Taenia solium. Las secuencias se compararon con las de las bases de datos de ácidos nucleicos y proteínas (GenBank, EMBL) y se analizaron mediante programas bioinformáticos (CDD-Search del Centro Nacional de Información Biotecnológica, Interpro del Instituto Europeo de Bioinformática, Motif scan y Sistema de Análisis de Proteínas del Instituto Suizo de Bioinformatica). Teniendo en cuenta las altas identidades con moléculas similares de helmintos relacionados (Taenia asiatica, Echinococcus granulosus, E. multilocularis e Hymenolepis diminuta) y los dominios funcionales encontrados, los genes de Taenia, TsTF10, TsAAP8 y TsrGAP8 podrían actuar como un factor de transcripción nuclear gamma, una supuesta proteína asociada a ATPasa vacuolar de membrana y una proteína activadora de Rho GTPasa, respectivamente. Aunque pocos epítopos B pudieron predecirse en las secuencias, podría ser relevante valorarlos como posibles candidatos para diagnóstico y protección en cisticercosis. La caracterización y análisis de estas secuencias y la predicción de su posible utilidad como antígenos, vacunas o dianas terapéuticas ayudan al diseño y planificación de estudios futuros.

Resumo Os cisticercos da Taenia solium causam cisticercose, e a neurocisticercose (NCC) é a principal patologia. A caracterização dos genes é fundamental para o conhecimento da biologia do parasita, da relação parasitahospedeiro e da identificação de possíveis alvos de diagnóstico, tratamento e proteção. O objetivo deste trabalho foi a caracterização molecular e bioinformática de três DNA complementar (cDNA) (TsTF10, TsAAP8 e TsrGAP8), obtidos pela triagem de PCR de uma biblioteca de DNA de Taenia solium. As sequências foram comparadas com as dos bancos de dados de ácidos nucleicos e proteína (GenBank, EMBL) e analisadas por meio de programas de bioinformática (CDD-Search do Centro Nacional de Informações Biotecnológicas, Interpro do Instituto Europeu de Bioinformática, Motif scan e Sistema de Análise de Proteínas do Instituto Suíço de Bioinformática). Considerando as altas identidades com moléculas semelhantes de helmintos relacionados (Taenia asiatica, Echinococcus granulosus, E. multilocularis e Hymenolepis diminuta) e os domínios funcionais encontrados, os genes de Taenia, TsTF10, TsAAP8 e TsrGAP8 poderiam atuar como um fator de transcrição nuclear gama, uma suposta proteína associada à ATPase vacuolar de membrana ATPase e uma proteína ativadora de Rho GTPase, respectivamente. Embora poucos epítopos B pudessem ser previstos nas sequências, poderia ser relevante avaliá-los como possíveis candidatos ao diagnóstico e à proteção em cisticercose. A caracterização e análise dessas sequências e a previsão de sua possível utilidade como antígenos, vacinas ou alvos terapêuticos ajudam no desenho e planejamento de estudos futuros.

Abstract Cysticerci or metacestodes of Taenia solium cause cysticercosis, being the neurocysticercosis (NCC) the main pathology. The characterization of genes is essential for the knowledge of parasite biology, the understanding of the parasite-host relationship, and the identification of possible targets for diagnosis, treatment, and protection. The objective of this work was the molecular and bioinformatic characterization of three news cDNAs (TsTF10, TsAAP8, and TsrGAP8), obtained by spliced leader-PCR screening of a Taenia solium cDNA library. The sequences of the three cDNA were compared with the sequences in the nucleic acid and protein databases (GenBank, EMBL) and analyzed by bioinformatic programs (CDD-Search of the National Center for Biotechnology Information, Interpro of the European Bioinformatics Institute, Motif scan and Expert Protein Analysis System of the Proteomics Server from Swiss Institute of Bioinformatics). Considering the high identities with similar molecules of related helminths (Taenia asiatica, Echinococcus granulosus, Echinococcus multilocularis, and Hymenolepis diminuta) and the functional domains found, the TsTF10, TsAAP8, and TsrGAP8 genes of Taenia could act as a nuclear transcription factor gamma, a putative vacuolar ATPase membrane sector associated protein and a Rho GTPase activating protein, respectively. Although few B epitopes could be predicted in the sequences, it could be relevant to evaluate them as possible candidates for diagnosis and protection in cysticercosis. The characterization and analysis of these sequences and the prediction of their possible usefulness as antigens, vaccines, or therapeutic targetscontribute to the designing and planning of future studies.

ABSTRACT Introduction: This paper focuses on the synthesis, physicochemical characterization, bioactivity evaluation, and innovative applications of new biohybrid nanomaterials. Sepiolite is a nanofibrous natural silicate that represents a very attractive nanocarrier for nucleic acids delivery into cells, among other innovative applications in life sciences and biotechnology. Methods: The physicochemical characterization and the bioactivity evaluation of biohybrids were performed using advanced techniques and procedures, including AFM, TEM, Confocal Microscopy, TLVM, FTIR, Z-potential measurements, UV-vis, FACS, Western blot, RT-qPCR, among others. Results: New biohybrids were obtained, based on the assembly of nucleic acids with sepiolite nanofibers. The mechanisms of cell internalization and response to sepiolite exposure were proposed. We demonstrated that sepiolite is a promising nanocarrier for the non-viral and stable transfer of plasmid DNA into bacteria, mammalian and human cells, with an optimized efficiency. Due to its ability to bind various biomolecules, sepiolite could be used as a nanocarrier for the simultaneous vectorization of diverse biological molecules, including proteins, nucleases and antibodies. In addition, we obtain new protocols for both, strongly improving bacterial transformation efficiency, and to extract plasmids from bacteria, in a rapid, convenient and inexpensive method that doesn't require competent cell preparation, representing an advantageous alternative to onerous commercial kits. As a conclusion, Because of the low cost of sepiolite, its low toxicity, its natural fluorescence, the ease and convenience of sepiolite/DNA synthesis methods, the possibilities of improving the transfection efficiency and additional enticing future developments, sepiolite represents a very attractive nanoplatform for potential applications in nanomedicine and nanobiotechnology.

RESUMEN Introducción: Este trabajo se centró en la síntesis, caracterización físicoquímica, evaluación de su bioactividad y aplicaciones biomédicas de nuevos nanomateriales biohíbridos. La sepiolita es un silicato natural nanofibroso que presenta atractivas características como nanoportador para la liberación de ácidos nucleicos en células, entre otras aplicaciones innovadoras en el área de las ciencias de la vida y de la biotecnología. Métodos: La caracterización físico-química y evaluación biológica de los biohíbridos fue realizada usando procedimientos y técnicas novedosas, incluyendo entre otras AFM, TEM, microscopía confocal, TLVM, FTIR, Potencial Zeta, UV-vis, FACS, Western-blot, RT- qPCR. Resultados: Se obtuvieron nuevos biohíbridos mediante ensamblado de ácidos nucleicos con nanofibras de sepiolita. Se propusieron sus mecanismos de internalización y respuesta celular. Demostramos que la sepiolita es un nanoportador prometedor para la transferencia estable no-viral de ADN plasmídico en bacterias, células de mamíferos y humanas, con eficiencia optimizada. Debido a su capacidad de anclar varias biomoléculas, la sepiolita constituye también un nanoportador para la vectorización simultánea de diferentes moléculas biológicas, incluyendo proteínas, nucleasas y anticuerpos. Adicionalmente, obtuvimos nuevos protocolos para aumentar significativamente la eficiencia de transformación bacterial, y para la extracción de ADN de bacterias, mediante métodos rápidos, seguros y económicos que no requieren la preparación de células competentes, representando una ventajosa alternativa a los costosos kits comerciales. En conclusión, la sepiolita es un producto de bajo costo, baja toxicidad y fluorescencia natural, con facilidad y conveniencia en métodos de síntesis de biohíbridos sepiolita/ADN, con posibilidad de aumentar su eficiencia de transfección, que junto a potenciales desarrollos futuros, representa una atractiva nanoplataforma para aplicaciones en nanomedicina y nanobiotecnología.

ABSTRACT Introduction: Collection media of clinical samples with the capacity to denature viruses reduce the risk of contagion during transportation and processing. Objective: To use the nucleic acids transport media (NATM) in nasopharyngeal swab samples collected for the diagnosis of SARS-CoV-2. Methods: An experimental study was conducted to demonstrate the medium capacity to inactivate viral infectivity. Zika virus (ZIKV), of biosafety level 2, was used as an enveloped virus model. The clinical performance of the NATM for the diagnosis of SARS-CoV-2 was evaluated. A ZIKV strain propagated in the Vero cell line was used and, prior to cells infection, ZIKV was in contact at different intervals (2; 15, and 30 min) with pure NATM; subsequently, serial dilutions (10-1-10-4) were performed. Viral inactivation was evaluated by RT-PCR in the supernatant and the collected cells when the propagation period was completed. CITOSWAB® VTM was used as reference to estimate the clinical performance of the NATM in 30 nasopharyngeal swabs collected for the diagnosis of SARS-CoV-2 infection. Results: ZIKV remained infectious at inoculum dilutions of ≥ 10-2, regardless of contact time. Clinical specificity and sensitivity of the NATM for the diagnosis of SARS-CoV-2 were 100%, respectively. Conclusions: Results suggest that ZIKV positive clinical samples at dilutions ≤ 10-1 of the NATM can be safely handled, which could potentially be applied to the molecular diagnosis of SARS-CoV-2.

RESUMEN Introducción: Los medios de colecta de muestras clínicas con capacidad de desnaturalizar virus reducen los riesgos de contagio durante el transporte y procesamiento. Objetivo: Emplear el medio de transporte de ácidos nucleicos (TAN) en muestras de exudado nasofaríngeo colectadas para el diagnóstico de SARS-CoV-2. Métodos: Se realizó un estudio experimental para demostrar la capacidad del medio de inactivar la infectividad viral. Se tomó como modelo de virus envuelto el virus Zika (VZk), cuyo nivel de bioseguridad es 2. Se evaluó el desempeño clínico del medio TAN para el diagnóstico de SARS-CoV-2. Se empleó una cepa del VZk propagada en la línea celular Vero y, previo a la infección de las células, el VZk se puso en contacto a intervalos de tiempo diferentes (2; 15 y 30 min) con el medio TAN puro; y luego se realizaron diluciones seriadas (10-1-10-4). La inactivación viral se evaluó por RT-PCR, en el sobrenadante y células colectadas, al culminar el periodo de propagación. El desempeño clínico del medio TAN se estimó tomando como referencia el CITOSWAB® VTM, en 30 exudados nasofaríngeos colectados para diagnóstico de la infección por SARS-CoV-2. Resultados: El VZk preservó su infectividad a diluciones del inóculo ≥ 10-2, independientemente del tiempo de contacto. La sensibilidad y especificidad clínica del medio TAN para el diagnóstico de SARS-CoV-2 fueron del 100 %, respectivamente. Conclusiones: Los resultados sugieren que muestras clínicas positivas a VZk en diluciones ≤ 10-1 del medio TAN pueden ser manipuladas de forma segura, lo que pudiera aplicarse potencialmente al diagnóstico molecular del SARS-CoV-2.

Resumen: Introducción: el inicio temprano de la antibioticoterapia adecuada en infecciones graves se asocia con reducción de la mortalidad. La identificación precoz del microorganismo es fundamental para realizar un tratamiento dirigido y disminuir la terapéutica inicial inapropiada. Objetivo: valorar la utilidad de una técnica de biología molecular por amplificación de ácidos nucleicos mediante reacción en cadena de polimerasa en tiempo real para diagnóstico microbiológico temprano y adecuación de la antibioticoterapia en pacientes con neumonías graves. Metodología: estudio retrospectivo observacional llevado a cabo en la unidad de cuidados intensivos del Hospital Maciel. Se analizaron muestras respiratorias de pacientes con diagnóstico o sospecha de neumonía. Se compararon los resultados microbiológicos obtenidos por técnicas convencionales y por biología molecular multiplex (panel neumonía). Resultados: se incluyeron 53 muestras obtenidas de 51 pacientes. El multiplex detectó al menos un microorganismo en 38 (71,7%) muestras frente a 30 (56.6%) desarrollos en cultivos tradicionales. La mayoría de las muestras se obtuvieron bajo antibioticoterapia previa (86.8%). El panel neumonía mostró un porcentaje de concordancia positiva combinado de 100% y un porcentaje de concordancia negativa del 94% para la identificación bacteriana en comparación con los métodos microbiológicos tradicionales. En 27 (51%) casos el resultado del panel de neumonía determinó un cambio en la conducta terapéutica. Conclusiones: la técnica de PCR permite la identificación temprana de microorganismos causantes de neumonía optimizando la terapéutica empírica inicial y racionalizando el uso de antimicrobianos. Un panel negativo aleja el planteo de infección respiratoria a gérmenes habituales y permite considerar diagnósticos diferenciales en cuanto a foco y/o etiología.

Summary: Introduction: the early initiation of the adequate antibiotic therapy in severe infections is associated to a reduction in mortality. Early identification of the microorganism is essential to define directed therapy and decrease the initial inadequate treatment. Objective: to assess usefulness of a molecular biology technique by nucleic acid amplification through a polymerase chain reaction in real time for an early microbiological diagnosis and correction of the antibiotic therapy in patients with severe pneumonias. Method: retrospective, observational study conducted in the intensive care unit of Maciel Hospital. The respiratory samples of patients with a diagnosis of pneumonia or suspicious to have pneumonia were analyzed. The microbiological results obtained were compared using conventional techniques and multiplex molecular biology (pneumonia panel). Results: 53 samples obtained from 51 patients were included in the study. Multiplex detected at least one microorganism in 38 (71.7%) samples compared to 30 (56.6%) in traditional cultures. Most samples were obtained under the previous antibiotic therapy (86.8%). The pneumonia panel showed a combined positive agreement percentage of 100% and a negative agreement of 94% for the identification of bacteria when compared to the traditional microbiological methods. In 27 cases (51%) the pneumonia panel results determined changing the therapeutic behavior. Conclusions: the PCR technique allows for the early identification of microorganisms causing pneumonia, thus optimizing initial empirical therapy and rationalizing the use of antibiotics. A negative panel reduces the suspicion of a respiratory infection caused by the usual germs and enables considering differential diagnosis in terms of etiology or cause.

Resumo: Introdução: o início precoce da antibioticoterapia adequada em infecções graves está associado à redução da mortalidade. A identificação precoce do microrganismo é essencial para realizar o tratamento dirigido e reduzir o uso inicial inadequado de antimicrobianos. Objetivo: avaliar a utilidade de uma técnica de biologia molecular para amplificação de ácidos nucleicos por reação em cadeia da polimerase em tempo real para diagnóstico microbiológico precoce e adequação da antibioticoterapia em pacientes com pneumonia grave. Metodologia: estudo observacional retrospectivo realizado na unidade de terapia intensiva do Hospital Maciel. Amostras respiratórias de pacientes com diagnóstico ou suspeita de pneumonia foram analisadas. Os resultados microbiológicos obtidos por técnicas convencionais e por biologia molecular multiplex (painel de pneumonia) foram comparados. Resultados: foram incluídas 53 amostras obtidas de 51 pacientes. O multiplex detectou pelo menos um microrganismo em 38 (71,7%) amostras em comparação com 30 (56,6%) usando culturas tradicionais. A maioria das amostras foi obtida com antibioticoterapia prévia (86,8%). O painel de pneumonia mostrou uma concordância percentual positiva combinada de 100% e uma concordância percentual negativa de 94% para identificação bacteriana em comparação com métodos microbiológicos tradicionais. Em 27 (51%) casos, o resultado do painel de pneumonia determinou mudança no comportamento terapêutico. Conclusões: a técnica de PCR permite a identificação precoce de microrganismos causadores de pneumonia, otimizando a terapia empírica inicial e racionalizando o uso de antimicrobianos. Um painel negativo afasta a suspeita de infecção respiratória pelos germes usuais e permite considerar diagnósticos diferenciais em termos de foco e/ou etiologia.

SUMMARY: Tissue clearing techniques are frequently used in the observation and description of anatomical structures and pathways without altering the three-dimensional layout of the anatomical specimen. Tissue optical clearing promotes preservation of three-dimensional structures, which allows the study of the internal anatomy in its original position and original spatial interaction. Among these techniques, Potassium Hydroxide (KOH) maceration clearing is one of the most widely used. However, the histological changes of tissue after KOH maceration have yet to be fully understood. Our aim is to describe the microscopical differences between macerated and normal tissue. To better understand said changes, two human fetuses with a gestation period of 16 to 28 weeks were cleared and processed for histological analysis. Microtome slides of the fetuses’ lower limbs were obtained and stained with Hematoxylin & Eosin, Periodic Acid Schiff (PAS), and Masson’s trichrome with the purpose of observing the histological and macromolecule composition changes in cleared tissue. Remarkable differences at a histological level regarding the composition of the cellular structures, since diaphanized tissues showed a predominance of extracellular matrix composed of collagen fibers with the absence of most of the nucleated cellular tissue. Phospholipid’s saponification, nucleic acids degradation and a change on proteins structural properties are the main factors inducing clearing. At the same time, molecular stability of collagen in alkaline conditions allows the specimen to maintain its shape after the process.

RESUMEN: Las técnicas de limpieza de tejido se utilizan con frecuencia en la observación y descripción de estructuras y vías anatómicas sin alterar el diseño tridimensional de la muestra anatómica. El aclaramiento óptico de tejidos promueve la preservación de estructuras tridimensionales, lo que permite el estudio de la anatomía interna en su posición original y la interacción espacial original. Entre estas técnicas, el aclarado por maceración con Hidróxido de Potasio (KOH) es una de las más utilizadas. Sin embargo, los cambios histológicos del tejido después de la maceración con KOH aún no se han entendido por completo. Nuestro objetivo es describir las diferencias microscópicas entre el tejido macerado y el normal. Para entender mejor dichos cambios, dos fetos humanos con un período de gestación de 16 a 28 semanas fueron aclarados y procesados para análisis histológicos. Se obtuvieron microtomos de las extremidades inferiores de los fetos y se tiñeron con hematoxilina y eosina, ácido peryódico de Schiff (PAS) y tricrómico de Masson con el fin de observar los cambios histológicos y de composición de macromoléculas en el tejido aclarado. Diferencias notables a nivel histológico en cuanto a la composición de las estructuras celulares, ya que los tejidos diafanizados mostraban un predominio de matriz extracelular compuesta por fibras de colágeno con ausencia de la mayor parte del tejido celular nucleado. La saponificación de los fosfolípidos, la degradación de los ácidos nucleicos y un cambio en las propiedades estructurales de las proteínas son los principales factores que inducen la depuración. Al mismo tiempo, la estabilidad molecular del colágeno en condiciones alcalinas permite que la muestra mantenga su forma después del proceso.

Resumen Técnicas moleculares requieren extracciones de ácidos nucleicos en cantidad y pureza adecuadas. Este trabajo describe un modelo lineal generalizado (GLM) de un factor ajustado con efectos fijos sobre el rendimiento de ácido nucleico (ng/μl) y la pureza (A260/A280 y A260/A230), para cinco métodos de extracción de ADN utilizando tarjetas FTA con sangre de cabra (Capra aegagrus hircus). Se ensayaron dos métodos comerciales basados en columnas de sílice (Invitrogen y Macherey Nagel; MN), método resina quelante (Chelex), método CTAB y el método de fenol-cloroformo-alcohol isoamílico (PCI). Adicionalmente, para MN, se evaluó una etapa de incubación con tampón PBS (Phosphate Buffered Saline) en alta temperatura previa a la lisis y una etapa de purificación posterior a la extracción utilizando un modelo de efecto fijo de dos factores con interacción. Las concentraciones de ADN y las proporciones de pureza fueron variables; la concentración más alta se obtuvo con el kit MN (170.45 ng/μl), pero con deficiencias en la pureza (0.32 de A260/A230, 0.34 de A260/A280). A pesar de esto, todos los métodos de extracción generaron productos PCR con cebadores específicos D-loop (ADNmt). El efecto combinado de las etapas de pre-incubación y post-purificación arrojó valores de pureza satisfactorios (1.89 para A260/A230 y 1.65 para A260/A280), así como relaciones de concentración (476.78 ng/μl) con baja variabilidad. En conclusión, la concentración y pureza del ADN de muestras de sangre mejora considerablemente cuando se usa un kit comercial en combinación con incubación previa a la lisis y purificación posterior a la extracción. Estos ácidos nucleicos se sugieren para uso en potenciales aplicaciones moleculares a posteriori.

Abstract Molecular techniques require extractions of nucleic acids in adequate quantity and purity. This work describes a generalized linear model (GLM) of an adjusted factor with fixed effects on nucleic acid yield (ng/μl) and purity (A260/A280 and A260/A230), for five methods of DNA extraction using FTA cards with goat (Capra aegagrus hircus) blood. Two commercial methods based on silica columns (Invitrogen and Macherey Nagel; MN), the chelating resin method (Chelex), the CTAB method and the phenol-chloroform-isoamyl alcohol (PCI) method were tested. Additionally, for MN, an incubation step with PBS (Phosphate Buffered Saline) buffer at high temperature prior to lysis and a purification step post extraction were evaluated using a fixed-effect model of two factors with interaction. DNA concentrations and purity ratios were variable; the highest concentration was obtained with the MN kit (170.45 ng/μl), but with deficiencies in purity (0.32 of A260/A230, 0.34 of A260/A280). Despite this, all extraction methods generated PCR products with specific D-loop primers (mtDNA). The combined effect of the pre-incubation and post-purification stages yielded satisfactory purity values (1.89 for A260/A230 and 1.65 for A260/A280), as well as concentration ratios (476.78 ng/μl) with low variability. In conclusion, the concentration and purity of DNA from blood samples is greatly improved when using a commercial kit in combination with pre-lysis incubation and post-extraction purification. These nucleic acids are suggested for use in potential molecular applications a posteriori.

ABSTRACT Vaccine development using different platforms is one of the important strategies to address coronavirus disease pandemic. The global need for vaccines requires effective vaccine approaches and collaboration between pharmaceutical and biotechnological companies, governments and the industrial and academic sectors. About 72% of the vaccine candidates are being developed by the private sector, while 28% are carried out by the public sector and different non-profit organizations. COVID-19 vaccines are based on complete viruses (inactivated or attenuated), viral vectors (replicating or not), antigenic subunits (proteins or peptides), nucleic acids (RNA or DNA) or virus-like particles. Important aspects of vaccine development include manufacturing flexibility, speed, cost, safety, cellular and humoral immunogenicity, vaccine stability and cold chain maintenance. Vaccines can be prepared using different manufacturing platforms, computational biology, gene synthesis, structure-based antigen design and protein engineering. Individual confidence, convenience and complacency are factors that affect the attitude towards acceptance of COVID-19 vaccination. This could be complicated by socio-demographic, psychologic, cognitive and cultural factors.

RESUMEN El desarrollo de vacunas utilizando diferentes plataformas es una de las estrategias importantes para abordar la pandemia de COVID-19. La necesidad mundial de vacunas requiere enfoques de vacunas eficaces y la colaboración entre las empresas farmacéuticas y biotecnológicas, los gobiernos y los sectores industrial y académico. Alrededor del 72% de los candidatos vacunales están siendo desarrolladas por el sector privado, mientras que el 28%, por el sector público y diferentes organizaciones sin fines de lucro. Las vacunas contra la COVID-19 se basan en virus completos (inactivados o atenuados), vectores virales (replicantes o no), subunidades antigénicas (proteínas o péptidos), ácidos nucleicos (ARN o ADN) o partículas similares a virus. Aspectos importantes del desarrollo de vacunas incluyen la flexibilidad de fabricación, la velocidad, el costo, la seguridad, la inmunogenicidad celular y humoral, la estabilidad de la vacuna y el mantenimiento de la cadena de frío. Las vacunas se pueden preparar con precisión utilizando diferentes plataformas de fabricación, biología computacional, síntesis de genes, diseño de antígenos basado en estructuras e ingeniería de proteínas. La confianza individual, la conveniencia y la complacencia son factores que afectan la actitud hacia la aceptación de la vacunación contra la COVID-19. Esto podría complicarse por factores sociodemográficos, psicológicos, cognitivos y culturales.

RESUMO A vigilância da qualidade dos esgotos sanitários pode representar uma ferramenta complementar para monitoramento de doenças infecciosas e prevenção de surtos epidêmicos, especialmente quando a capacidade para testes clínicos é limitada. Dessa maneira, o presente estudo descreve o detalhamento técnico de um método de baixo custo para a concentração e extração de ácidos nucleicos de amostras de esgoto sanitário como etapa prévia para a detecção de vírus e outros agentes patogênicos. Para validar a metodologia proposta, após as etapas de concentração e extração, analisaram-se a presença do ácido ribonucleico do SARS-CoV-2 (COVID-19) nas amostras, por meio de reação em cadeia da polimerase em tempo real. O ácido ribonucleico do vírus foi detectado em 80% das amostras de esgoto sanitário analisadas, comprovando o êxito do procedimento metodológico adotado. A detecção precoce de um patógeno associado ao trabalho de equipes multidisciplinares possibilita a prática da vigilância epidemiológica, que auxilia na tomada de decisões na Saúde Única — união indissociável entre a saúde animal, humana e ambiental.

ABSTRACT Sewage quality surveillance can represent a complementary tool for monitoring infectious diseases and preventing epidemic outbreaks, especially when the capacity for clinical testing is limited. Thus, the present study describes the technical details of a low-cost method for concentrating and extracting nucleic acids from sewage samples, as a preliminary step for the detection of viruses and other pathogens. To validate the proposed methodology, after the concentration and extraction steps, the presence of the SARS coronavirus-2 (COVID-19) in the samples was analyzed using real-time polymerase chain reaction. The virus’ ribonucleic acid was detected in 80% of the sewage samples analyzed, proving the success of the methodological procedure adopted. The early detection of a pathogen associated with the work of multidisciplinary teams allows the practice of epidemiological surveillance, which assists in making decisions about One Health — an inseparable union between animal, human, and environmental health.