RESUMEN La inocuidad de la carne comercializada debe estar garantizada en la cadena de producción, para evitar enfermedades transmitidas por alimentos (ETA). Escherichia coli productor de toxina Shiga (STEC) y Salmonella spp. pueden encontrarse en el tracto gastrointestinal de los bovinos y contaminar la carne de consumo humano, pudiendo causar enfermedades en el hombre. Este trabajo tuvo como objetivo evaluar las condiciones higiénico-sanitarias de 52 carnicerías localizadas en Asunción y detectar la frecuencia de STEC y Salmonella spp. en muestras de carne molida. Las condiciones higiénico-sanitarias se evaluaron mediante la estimación del riesgo, utilizando una escala de clasificación por categorías. La detección de STEC y Salmonella spp. se realizó por PCR en tiempo real. En la evaluación inicial, se clasificaron a 33% de las carnicerías como de alto y moderado riesgo. Se detectó STEC no-O157 en un 50% (130/258) de las muestras y Salmonella spp. en un 11% (29/258). Se realizaron acciones de mejora. En la etapa post-intervención, no se detectaron carnicerías de alto riesgo. En el muestreo de seguimiento se detectó un 29% (66/237) de muestras positivas para STEC no-O157 y 7% (16 /237) para Salmonella spp. Este estudio permitió realizar recomendaciones específicas y detalladas a cada carnicería, lo que tuvo un efecto significativo en la mejora de sus condiciones. Esta situación resalta la importancia de continuar fortaleciendo la vigilancia multisectorial y multidisciplinaria. Es imperativo que los establecimientos que se dedican al rubro, implementen las Buenas Prácticas de Manufactura (BPM) como una medida para reducir los riesgos asociados.

ABSTRACT The safety of marketed meat must be guaranteed in the production chain, to avoid foodborne illness. Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) and Salmonella spp. can be found in the gastrointestinal tract of cattle and contaminate meat for human consumption, potentially causing diseases in humans. This work aimed to evaluate the hygienic-sanitary conditions of 52 butcher shops located in Asunción and detect the frequency of STEC and Salmonella spp. in ground beef samples. Hygienic-sanitary conditions were evaluated by estimating risk, using a categorical classification scale. The detection of STEC and Salmonella spp. was performed by real-time PCR. In the initial evaluation, 33% of the butcher shops were classified as high and moderate risk. STEC non-O157 was detected in 50% (130/258) of the samples and Salmonella spp. in 11% (29/258). Improvement actions were carried out. In the post-intervention stage, no high-risk butcher shops were detected. In the follow-up sampling, 29% (66/237) of positive samples were detected for STEC non-O157 and 7% (16/237) for Salmonella spp. This study allowed specific and detailed recommendations to be made to each butcher shop, which had a significant effect on improving their conditions. This situation highlights the importance of continuing to strengthen multisectoral and multidisciplinary surveillance. It is imperative that establishments dedicated to the sector implement Good Manufacturing Practices (GMP) as a measure to reduce associated risks.

ABSTRACT Introduction: Campylobacter spp. is a common agent of enterocolitis in humans. The virulence factors that have been most closely related to pathogenicity are motility due to the presence of flagella, the ability to adhere to and invade the eukaryotic cell, and the production of cytotoxins. Fluid and electrolyte replacement is the recommended treatment, and antimicrobials are required only in severe and/or prolonged illness. Objetive: To characterize the virulence factors and antimicrobial resistance in Campylobacter spp. strains isolated from patients with acute diarrheal syndrome in the Central Laboratory of Public Health, period 2020 - 2021. Methodology: The type of study used was retrospective cross-sectional, taking the years between 2020 and 2021 as the study period, as inclusion criteria all strains isolated from samples that were sent with the Epidemiological record for the study of Acute Diarrheal Diseases (EDAS) in the study period of 2020-2021. Results: Some 168 Campylobacter spp. strains were studied, where a predominance of the Campylobacter jejuni species was observed with a percentage of 95% (160/168) followed by Campylobacter coli with 5% (8/168). All the investigated virulence factors were detected, being the most frequent flaA (96%) and ctdC (94%), followed by cadF (86.9%), ctdB (85%), dnaJ (79.7%), racC (71%) and in a lower percentage, pldA (49%), ciaB (21%), wlaN (13%) and virB (2%) were detected. Regarding the antimicrobial resistance of Campylobacter spp. strains, in this study it was possible to observe 51% resistance to ciprofloxacin, 6% resistance to tetracycline; while for erythromycin a sensitivity of 100% was observed. Conclusion: The identification of the virulence factors involved in the infectious processes as well as the knowledge of the antimicrobial resistance of the etiological agent constitute the key to better understanding of the pathogenesis and the development of therapies for the treatment of the infections presented by this pathogen.

RESUMEN Introducción: Campylobacter spp., es un agente común de enterocolitis en humanos. Los factores de virulencia que más se han relacionado con patogenicidad son la motilidad por la presencia de flagelos, la capacidad de adherencia e invasión a la célula eucarionte y la producción de citotoxinas. La reposición de líquidos y electrolitos es el tratamiento recomendado, y los antimicrobianos se requieren solo en la enfermedad grave y/o prolongada. Objetivo: Caracterizar los factores de virulencia y la resistencia antimicrobiana en cepas de Campylobacter spp., aislados de pacientes con síndrome diarreico agudo en el Laboratorio Central de Salud Pública, periodo 2020 - 2021. Metodología: El tipo de estudio utilizado fue retrospectivo de corte transversal, tomando como periodo de estudio los años 2020 y 2021, como criterio de inclusión se consideraron todas las cepas aisladas de muestras que se remitieron con la ficha epidemiológica para el estudio de Enfermedades Diarreicas Agudas (EDAS) en el periodo de estudio de 2020-2021. Resultados: Fueron sometidas a estudio unas 168 cepas de Campylobacter spp., donde se observó un predominio de la especie Campylobacter jejuni con un porcentaje de 95% (160/168 ) seguido de Campylobacter coli con un 5 % ( 8/168 ). Se detectaron todos los factores de virulencia investigados siendo el de mayor frecuencia flaA (96%) y ctdC (94%), seguido de cadF (86.9%), ctdB (85%), dnaJ (79.7%), racC (71%) y en menor porcentaje se detectó pldA (49%), ciaB (21%), wlaN (13%) y virB (2%). En cuanto a la resistencia antimicrobiana de las cepas de Campylobacter spp., en este estudio se pudo observar un 51 % de resistencia a ciprofloxacina, 6 % de resistencia a tetraciclina; mientras que para eritromicina se observó una sensibilidad del 100%. Conclusión: La identificación de los factores de virulencia implicados en los procesos infecciosos, así como el conocimiento de la resistencia antimicrobiana del agente etiológico constituyen la clave para mejorar la comprensión de la patogénesis y el desarrollo de terapias para el tratamiento de las infecciones presentadas por este patógeno.

Resumen Escherichia coli O157:H7 es un patógeno transmitido por alimentos implicado en numerosos brotes en todo el mundo y es capaz de causar complicaciones extraintestinales en humanos. La sección de «Enteropatógenos» del Laboratorio Central de Salud Pública trabaja en mejorar la caracterización genómica de STEC, de modo de potenciar la vigilancia laboratorial y la investigación de brotes de enfermedades transmitidas por alimentos. La secuenciación de genoma completo (WGS, por sus siglas en inglés) se propone a nivel mundial como una herramienta de alta resolución para ser utilizada en el laboratorio de rutina, ya que permite obtener todos los resultados en un único proceso. El objetivo de este trabajo fue llevar a cabo, por primera vez, la caracterización genómica por WGS de nueve cepas STEC O157:H7 aisladas en Paraguay a partir de muestras de origen humano. Pudimos identificar los factores de virulencia, los mecanismos de resistencia, el subtipo MLST, e incluso pudimos establecer la relación filogenética entre los aislamientos. Además, detectamos que la mayoría de las cepas pertenecían al clado hipervirulento 8.

Abstract Escherichia coli O157:H7 is a foodborne pathogen implicated in numerous outbreaks worldwide that has the ability to cause extra-intestinal complications in humans. The Enteropathogens Division of the Central Public Health Laboratory (CPHL) in Paraguay is working to improve the genomic characterization of Shiga toxin-producing E. coli (STEC) to enhance laboratory-based surveillance and investigation of foodborne disease outbreaks. Whole genome sequencing (WGS) is proposed worldwide to be used in the routine laboratory as a high-resolution tool that allows to have all the results in a single workflow. This study aimed to carry out for the first time, the genomic characterization by WGS of nine STEC O157:H7 strains isolated from human samples in Paraguay. We were able to identify virulence and resistance mechanisms, MLST subtype, and even establish the phylogenetic relationships between isolates. Furthermore, we detected the presence of strains belonging to hypervirulent clade 8 in most of the isolates studied.

RESUMEN La infección por Clostridioides difficile es una de las principales causas de diarrea nosocomial en hospitales del mundo, asociada a antibióticos de amplio espectro. Estudio descriptivo, retrospectivo, de corte transverso, de tipo censal. Se estudiaron 281 muestras de pacientes hospitalizados con la infección, se analizaron características socio-demográficas, clínicas y se caracterizó molecularmente al patógeno. Como resultado, se obtuvieron pacientes con la infección con una mediana de edad de 64 años siendo el 61,5 % del sexo masculino. El promedio de presentación del cuadro diarreico fue de 5 días, con tratamiento antimicrobiano de 8 días e internación de 15 días. El 94% tuvo tratamiento antimicrobiano previo, y el 6% estuvo expuesto a algún factor de riesgo. Los antimicrobianos más utilizados solos o en combinación fueron betalactámicos, fluoroquinolonas, vancomicina y carbapenémicos. Las áreas de internación con mayor frecuencia de presentación de la infección fueron las unidades de Clínica Médica, Traumatología, Geriatría y Unidad de Terapia Intensiva. La prevalencia de C. difficile toxigénico fue de 14%, y de esta frecuencia el 100% presentó toxinas TcdA y TcdB, con ausencia de toxinas binarias y deleción del gen tcdC. Se constató la presencia grupos clonales en la misma unidad de internación y misma institución de salud. El 100% de las cepas resultaron susceptibles a los antibióticos de elección para la infección. La prevalencia de la infección y presencia de perfiles clonales detectadas revelan la necesidad de un mejoramiento en el sistema de control de infecciones, así como del fortalecimiento y vigilancia de la resistencia antimicrobiana.

ABSTRACT Clostridioides difficile infection is one of the main causes of nosocomial diarrhea in hospitals worldwide, associated with broad-spectrum antibiotics. Descriptive, retrospective, cross-sectional, census-type study. Two hundred eighty-one samples from patients hospitalized with the infection were studied, sociodemographic and clinical characteristics were analyzed and the pathogen was characterized molecularly. As a result, patients with the infection had a median age of 64 years and 61.5% male. The average presentation of diarrhea was 5 days, antimicrobial treatment 8 days and hospitalization 15 days. Ninety four percent had previous antimicrobial treatment, and 6% were exposed to some risk factor. The most commonly used antimicrobials alone or in combination were beta-lactams, fluoroquinolones, vancomycin, and carbapenems. The hospitalization areas with the highest frequency of presentation of the infection were the Clinical Medicine, Traumatology, Geriatrics and Intensive Care Unit units. The prevalence of toxigenic C. difficile was 14%, and of this frequency, 100% presented TcdA and TcdB toxins, with the absence of binary toxins and deletion of the tcdC gene. The presence of clonal groups was verified in the same hospitalization unit and the same health institution. All the strains were susceptible to the antibiotics of choice for the infection. The prevalence of infection and the presence of clonal profiles detected reveal the need for improvement of the infection control system, as well as of the strengthening and surveillance of antimicrobial resistance.

RESUMEN Las bacterias son capaces de desarrollar mecanismos de resistencia a los antimicrobianos, aquellos adquiridos y transmisibles son los más significativos debido al potencial de diseminación. La aparición de Salmonella enterica con resistencia a C3aG, quinolonas y a colistina representa una amenaza progresiva. El objetivo fue determinar la resistencia a los antimicrobianos y la presencia de los mecanismos de resistencia plasmídicos a quinolonas, β-lactámicos y colistina en aislados de Salmonella provenientes de la vigilancia integrada de enteropatógenos. Fueron estudiadas 501 cepas de Salmonella spp. colectadas entre los años 2020 y 2021, por la red de enteropatógenos del Laboratorio Central de Salud Pública. Se investigó la resistencia a las C3aG, quinolonas y colistina, en aislamientos de humanos, alimentos, animales de consumo y ambiente. Las cepas estudiadas exhibieron resistencia a tetraciclina (32,5%), ácido nalidíxico (29%), ampicilina (13,2%), nitrofurantoína (11,6%), C3aG (7,2%), cotrimoxazol (5,8%), ciprofloxacina (2,2%). El 18% (90/501) presentaron resistencia trasferible por plásmidos, fueron detectados 111 genes (71 cepas con un gen, 17 cepas dos genes y 2 cepas tres genes diferentes). Qnr B: 41,1% (37/90), mcr-1: 38,9% (35/90), CMY: 23,3% (21/90), CTX-M: 16,7% (15/90) y Qnr S: 3,3% (3/90). Heidelberg fue el serovar predominante en muestras de pollo y el mayor portador de genes de resistencia de tipo CMY y mcr-1. La detección de genes en alimentos y animales de consumo, que pueden transmitirse fácilmente al ser humano es motivo de alerta y resalta la importancia de continuar fortaleciendo la vigilancia multisectorial y multidisciplinaria.

ABSTRACT Bacteria can develop antimicrobial resistance mechanisms, those acquired and transmissible being the most significant due to the potential for dissemination. The emergence of Salmonella enterica with resistance to third-generation cephalosporins, quinolones, and colistin represents a progressive threat. The objective was to determine antimicrobial resistance and the presence of plasmid resistance mechanisms to quinolones, β-lactams, and colistin in Salmonella isolates from integrated surveillance of enteropathogens. Five hundred and one strains of Salmonella spp. collected between 2020 and 2021 were studied by the enteropathogen network of the Laboratorio Central de Salud Publica (Central Public Health Laboratory). Research was conducted on the resistance to third-generation cephalosporins, quinolones, and colistin, isolated from humans, foodstuffs, animals for consumption, and the environment. The strains studied exhibited resistance to tetracycline (32.5%), nalidixic acid (29%), ampicillin (13.2%), nitrofurantoin (11.6%), third-generation cephalosporins (7.2%), cotrimoxazole (5.8%), and ciprofloxacin (2.2%). Eighteen percent (90/501) presented plasmid-transferable resistance, 111 genes were detected (71 strains with one gene, 17 strains with two genes, and 2 strains with three different genes). Qnr B: 41.1% (37/90), mcr-1: 38.9% (35/90), CMY: 23.3% (21/90), CTX-M: 16.7% (15/90), and Qnr S: 3.3% (3/90). Heidelberg was the predominant serovar in chicken samples and the largest carrier of CMY and mcr-1 resistance genes. The detection of genes in foodstuffs and animals for consumption, which can be easily transmitted to humans, is a cause for alarm and highlights the importance of continuing to strengthen multisectoral and multidisciplinary surveillance.

ABSTRACT The objective of the study was to identify the resistance of Mycobacterium tuberculosis to drugs in Paraguay, 2014 to 2017. A retrospective observational study was carried out. The data from the National Tuberculosis Program of Paraguay between the years 2014 to 2017 were used. All patients with a diagnosis of Tuberculosis who underwent a resistance test were included. Data were extracted in Excel and analyzed with Stata 17.0. 3429 tuberculosis patients who had a result of at least one sensitivity test were included. Resistance was found in 2.1% of patients. Resistance to Rifampicin was present in 0.3% of cases while to Izionazide in 0.6% of cases. The prevalence of resistance was higher in men 3.4 (95% CI 2.2 - 4.8) p = 0.003, who resided in the Chaco 6.0 (95% CI 3.4 - 9.7) p = 0.000, previously treated 2.7 (95% CI 1.1 - 5.1) p = 0.010. In the model, it was observed that a previously treated patient has a greater chance of having resistance OR 2.62 (95% CI 1.1 - 6.24). The prevalence of resistance of Mycobacterium tuberculosis to drugs was related to having been previously treated.

RESUMEN El objetivo del estudio fue identificar la resistencia del Mycobacterium tuberculosis a los fármacos en Paraguay, 2014 a 2017. Se realizó un estudio observacional retrospectivo. Se utilizaron los datos del Programa Nacional de Tuberculosis del Paraguay comprendidos entre los años 2014 a 2017. Se incluyeron todos los pacientes con diagnóstico de Tuberculosis que se realizaron un test de resistencia. Se extrajeron los datos en Excel y fueron analizados con Stata 17.0. Se incluyeron 3429 pacientes con tuberculosis que contaban con resultado de al menos una prueba de sensibilidad. La resistencia se encontró en 2.1% de los pacientes. La resistencia a la Rifampicina estuvo presente en el 0.3% de los casos mientras que a la Izionazida en el 0.6% de los casos. La prevalencia de resistencia fue más alta en hombres 3.4 (IC 95% 2.2 - 4.8) p=0.003, que residían en el chaco 6.0 (IC 95% 3.4 - 9.7) p=0.000, previamente tratados 2.7 (IC 95% 1.1 - 5.1) p=0.010. En el modelo se pudo observar que un paciente previamente tratado tiene mayores posibilidades de tener resistencia OR 2.62 (IC 95% 1.1 - 6.24). La prevalencia de resistencia del Mycobacterium tuberculosis a fármacos estuvo relacionada con haber sido previamente tratado.

RESUMEN La resistencia a los antimicrobianos es una de las preocupaciones más importantes a nivel mundial, ya que determina un aumento de la morbimortalidad de los pacientes y el incremento de los costos de la atención de salud; problema cuyo abordaje debe ser realizado bajo el enfoque de Una Salud. El objetivo principal de este trabajo fue evaluar la resistencia antimicrobiana en Escherichia coli provenientes de muestras cecales de bovinos de carne faenados en frigoríficos de la zona del Arroyo Mburicao, Asunción-Paraguay, de setiembre a noviembre de 2021. Fueron colectadas 181 muestras de ganados provenientes de la Región Oriental y Occidental, y cultivadas en agar cromogénico suplementados con ciprofloxacina, colistina, cefotaxima y meropenem. Las colonias aisladas fueron identificadas, genotipificadas (PCR convencional) y sometidas a pruebas de susceptibilidad. El principal hallazgo fue la confirmación de la resistencia a las fluoroquinolonas en un 8,3% debida a la portación de los genes Qnr S, Qnr B y aac-6´-Ib-cr, involucrados en el mecanismo plasmídico de resistencia a quinolonas. Además, la resistencia acompañante encontrada en los aislamientos resistentes del 100% a tetraciclina y 53% a trimetoprim/sulfametoxazol. No se encontraron aislamientos con resistencia a cefotaxima, colistina y meropenem. Los resultados obtenidos son de suma relevancia para la generacion de conocimiento sobre los perfiles de resistencia de microorganismos en el sector veterinario, pudiendo contribuir a la elaboración de guías nacionales para el uso prudente de antimicrobianos y apoyando al trabajo multisectorial en la lucha para la contención de la resistencia antimicrobiana.

ABSTRACT Antimicrobial resistance is one of the most critical concerns worldwide since it determines an increase in patient morbidity and mortality and the increase in healthcare costs, a problem whose approach must be carried out under the One Health approach. The main objective of this work was to evaluate antimicrobial resistance in Escherichia coli from cecal samples of cattle for meat slaughtered in meat processing plants in the Arroyo Mburicao area, Asunción-Paraguay, from September to November 2021. One hundred eighty one samples of cattle from the Eastern and Western Region were collected, and cultured on chromogenic agar supplemented with ciprofloxacin, colistin, cefotaxime, and meropenem. Isolated colonies were identified, genotyped (conventional PCR) and subjected to susceptibility tests. The main finding was the confirmation of resistance to fluoroquinolones in 8.3% due to the carrying of genes Qnr S, Qnr B and aac-6'-Ib-cr, involved in the plasmid mechanism of resistance to quinolones. In addition, the accompanying resistance found in the isolates was 100% resistant to tetracycline and 53% to trimethoprim/sulfamethoxazole. Isolates with resistance to cefotaxime, colistin and meropenem were not found. The results obtained are highly relevant for the generation of knowledge about the resistance profiles of microorganisms in the veterinary sector. It can contribute to the development of national therapeutic guidelines for the prudent use of antimicrobials, and supporting multisectoral work in the fight to contain antimicrobial resistance.

Abstract Background: The estimated tuberculosis (TB) mortality rate in Paraguay in 2019 was 3.9 per 100,000 people. Indigenous communities are at high risk for TB. Aim: To determine the factors associated with mortality in indigenous people with a diagnosis of TB in Paraguay, 2014-2019. Methods: A retrospective observational study was done. sociodemographic data and risk factors data from the National TB Program of Paraguay between the years 2014 to 2019 were used. Results: A total of 2,210 indigenous people with a diagnosis of TB were included, 53,8% were male, between 20 to 39 (32.3%) and 0 to 19 years old (30.2%), the localization of TBC was majority pulmonary (92.3%). During 2014 to 2019 the were 217 deaths (9.8%). The factors associated to mortality in TB patients were the age (adOR = 13.95; CI: 7.07-27.55 older than 80 years), (adOR = 4.20; CI: 2.59-6.82 older than 60 years), and (adOR = 3.30; CI: 2.06 - 5.2840 to 59 years), HIV co-infection (adOR = 7.07; CI 3.74-13.87), and localization of TB (adOR = 3.60; CI: 1.88-6.90 for disseminated TB). Conclusion: Older age, HIV co-infection and disseminated localization of TBC are associated with a higher risk of death in indigenous people with TB.

Resumen Introducción: La tasa de mortalidad estimada de tuberculosis (TBC) en Paraguay en 2019 fue de 3,9 por 100.000 habs. Las comunidades indígenas presentan un elevado riesgo de padecer TBC. Objetivo: Determinar los factores asociados a la mortalidad en personas de origen indígena con diagnóstico de TBC en Paraguay, 2014-2019. Métodos : Se realizó un estudio observacional retrospectivo. Se utilizaron los datos del Programa Nacional de Control de la TBC del Paraguay comprendidos entre los años 2014 y 2019. Se registraron los datos sociodemográficos y factores de riesgo. Resultados: Se incluyeron 2.210 personas de origen indígena con diagnóstico de TBC, el 53,8% fue de sexo masculino, entre 20 y 39 años (32,3%) y 0 a 19 años de edad (30,2%), la localización de la TBC fue mayoritariamente pulmonar (92,3%). Durante el 2014 a 2019 se observaron 217 muertes (9,8%). Los factores asociados a mortalidad en pacientes con TBC fueron la edad (adOR = 13,95; CI: 7,07-27,55 mayor a 80 años), (adOR = 4,20; CI: 2,59-6,82 mayor a 60 años) y (adOR = 3,30; CI: 2,06-5,28 para 40 a 59 años), la co-infección VIH (adOR =), y la localización de la TBC (adOR = 3,60; CI: 1,88-6,90 para TBC diseminada). Conclusión: La mayor edad, el diagnóstico de co-infección VIH y localización de la TBC diseminada, están asociados a un mayor riesgo de muerte en población indígena con TBC.

ABSTRACT Salmonella enterica is a foodborne pathogen and etiological agent of food outbreaks with a great impact on human health. The increase in bacterial resistance constitutes a threat to public health. The appearance of Salmonella strains with resistance to multiple antimicrobials (MDR) has already been described in humans, food and animals for consumption; for this reason, it is considered very important to know the local epidemiological situation. The target of this work was to generate information on circulating serotypes, antibiotic resistance and the presence of simultaneous resistance to multiple drugs in Salmonella from human clinical samples and food samples in the period from 2017 to 2019. A total of 668 Salmonella strains isolated in the years 2017, 2018 and 2019 were analyzed from human and food clinical samples, at the Central Public Health Laboratory and / or sent by Laboratories of the Enteropathogens Network. Very diverse serotypes were observed with prevalence of Heidelberg serovar in food and Typhimurium in human samples .It was found that 45,4% of the strains were sensitive to all antibiotics (ATB), 35,6% were resistant from 1 to 6 ATB and 19% with intermediate sensitivity; observing greater resistance to Tetracycline, Ác. Nalidixic, Ampicillin and Nitrofurantoin, to a lesser degree resistance to cephalosporins (C3ªG) and ciprofloxacin was evidenced. The 16.9% the strains presented multiple resistance (3 or more antibiotics) with 37 different phenotypes. The serovars with the highest antimicrobial resistance were Heidelberg, Schwarzengrund and Typhimurium.

RESUMEN Salmonella enterica es un patógeno transmitido por alimentos y agente etiológico de brotes alimentarios de gran impacto en la salud humana. El aumento de la resistencia bacteriana constituye una amenaza a la salud pública, la aparición de cepas de Salmonella con resistencia a múltiples antimicrobianos (MDR) fue descrita en humanos, alimentos y animales para consumo; por ello se considera muy importante conocer la situación epidemiológica local. El objetivo de este trabajo fue generar información sobre los serotipos circulantes, resistencia a los antibióticos y presencia de resistencia simultánea a múltiples fármacos en Salmonella provenientes de muestras clínicas humanas y muestras de alimentos en el periodo desde 2017 a 2019. Fueron analizadas un total de 668 cepas de Salmonella aisladas en los años 2017, 2018 y 2019 a partir de muestras clínicas humanas y de alimentos, en el Laboratorio Central de Salud Pública y/o remitidas por Laboratorios de la Red de Enteropatógenos. Se observaron serotipos muy diversos con prevalencia del serovar Heidelberg en alimentos y Typhimurium en muestras de humanos. Se encontró que el 45,4% de las cepas fueron sensibles a todos los antibióticos (ATB), el 35,6% fueron resistentes de 1 a 6 ATB y el 19% con sensibilidad intermedia; observándose mayor resistencia a Tetraciclina, Ác. Nalidíxico, Ampicilina y Nitrofurantoína, en menor grado se evidenció resistencia a cefalosporinas (C3ªG) y a ciprofloxacina. El 16.9% de las cepas presentaron resistencia múltiple (3 o más antibióticos) con 37 fenotipos distintos. Las serovariedades que presentaron mayor resistencia a los antimicrobianos fueron Heidelberg, Schwarzengrund y Typhimurium.

ABSTRACT Clostridioides difficile infection is considered the main diarrheal disease associated with patients hospitalized in health institutions, older than 61 years and the use of extended spectrum antimicrobials. It is a strict anaerobic, sporulated gram-positive bacillus. The alteration of the colonic microbiota by antimicrobial treatment allows colonization and infection by this microorganism, whose clinical manifestation is based on the presentation of the diarrheal syndrome. The objective of this study was to detect toxigenic C. difficile from diarrheal samples by polymerase chain reaction in hospitalized patients. This was a descriptive, cross-sectional, prospective study in which an epidemiological record containing the study variables and informed consent were used. In 901 diarrheal samples, tcdA, tcdB, ctdA, ctdB and tcdC toxins and the species gene were detected. The prevalence of toxigenic C. difficile was 19.7% (n=178) of the samples, positives for one or both toxins (toxins A and B) while 98% presented both toxins. A higher frequency of ICD was observed in male patients (52%) who had a median age of 68 years. Antimicrobial treatment and use of antimicrobials were evaluated, where the use of clindamycin, cephalosporins, fluoroquinolones and vancomycin had statistically significant values. The results allowed infection by this pathogen to be epidemiologically characterized. It is very important to make early diagnosis and design and implement strategies to prevent the emergence of this pathogen.

RESUMEN La infección por Clostridioides difficile (ICD) se considera la principal enfermedad diarreica asociada a pacientes internados en instituciones de salud, generalmente mayores de 61 años y al uso de antimicrobianos de espectro extendido. Es un bacilo grampositivo anaerobio estricto, esporulado. La alteración de la microbiota colónica por el tratamiento antimicrobiano permite la colonización e infección por este microorganismo, cuya manifestación clínica, se basa en la presentación de cuadro diarreico. El objetivo de este estudio fue detectar C. difficile toxigénico a partir de muestras diarreicas por reacción en cadena de la polimerasa en pacientes hospitalizados. Estudio descriptivo de corte transverso, prospectivo que utilizó como un instrumento de medición una ficha epidemiológica conteniendo las variables de estudio y consentimiento informado. En 901 muestras diarreicas, se detectaron las toxinas tcdA, tcdB, ctdA, ctdB y tcdC y del gen de especie. La prevalencia de C. difficile toxigénico fue de 19,7% (n=178) de las muestras que dieron positivas para una o ambas toxinas (toxinas A y B); el 98% presentó ambas toxinas. Se observó mayor presentación de ICD en pacientes con una mediana de 68 años, y en el sexo masculino en un 52%. Se evaluó el tratamiento antimicrobiano y el uso de los antimicrobianos, donde, el uso de clindamicina, cefalosporinas, fluoroquinolonas y vancomicina, presentó valores estadísticamente significativos. Los resultados obtenidos permitieron caracterizar epidemiológicamente la infección por este patógeno. Es de gran importancia realizar en forma temprana el diagnóstico y diseñar e implementar estrategias para evitar la emergencia de este patógeno.

ABSTRACT: Introduction: Acute diarrheal diseases (ADD) constitute a public health problem and are one of the most important causes of mortality and morbidity in children worldwide. Objective: To determine the prevalence of enteropathogens causing ADD in the metropolitan area of Asunción and Central. Materials and methods: An observational, descriptive cross-sectional study was conducted. 743 samples of diarrheic feces were analyzed, in which the presence of Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter spp., Escherichia coli diarreigenic and Rotavirus was investigated, using reference techniques. Results: In 31.2% (232/743) of the samples it was possible to identify at least one of the enteric pathogens investigated, being the diarrhenetic E. coli were the most frequently identified bacteria, followed by Rotavirus, Campylobacter spp., Shigella spp. and lastly, Salmonella spp. Conclusion: The most affected population corresponds to children under 5 years of age. The main pathogen identified as the causative agent of diarrhea was diarrigenic E. coli, followed by Rotavirus, Campylobacter spp., Shigella spp. and Salmonella spp. In some samples more than one enteric pathogen was detected, even finding cases of coinfection with up to four different pathogens.

RESUMEN Introducción: Las enfermedades diarreicas agudas (EDA) constituyen un problema de salud pública y son una de las causas más importantes de mortalidad y morbilidad en niños a nivel mundial. Objetivo: Determinar la prevalencia de enteropatógenos causantes de EDA en el área metropolitana de Asunción y Central. Materiales y métodos: Se realizó un estudio observacional, descriptivo de corte transverso. Se analizaron 743 muestras de heces diarreicas, en las cuales se investigó la presencia de Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter spp., Escherichia coli diarreigénicas y Rotavirus, utilizando técnicas de referencia. Resultados: En el 31,2% (232/743) de las muestras fue posible identificar al menos uno de los patógenos entéricos investigados, siendo las E. coli diarreigénicas fueron las bacterias identificadas con mayor frecuencia, seguido por Rotavirus, Campylobacter spp., Shigella spp. y en último lugar, Salmonella spp. Conclusión: La población más afectada corresponde a niños menores de 5 años. El principal patógeno identificado como agente causal de diarreas fueron las E. coli diarreigénicas en primer lugar, seguido por Rotavirus, Campylobacter spp., Shigella spp. y Salmonella spp. En algunas muestras se detectaron más de un patógeno entérico, encontrando incluso casos de coinfección con hasta cuatro patógenos diferentes.

ABSTRACT Foodborne diseases (FBD) are a problem of public health with high indexes of morbidity and mortality at global level. The surveillance and study of outbreaks of the FBD through pulsed field gel electrophoresis (PFGE) is a fundamental support for epidemiological research. The aim of the study is to present the database of bacterial genetic profiles and analyze outbreaks of FBD using PFGE. This was an observational descriptive retrospective study with convenience sampling in which 778 bacterial isolates causing FBD were studied. The National Database (NDB) was made up of the following enteric pathogens causing FBD: Salmonella spp., Shigella sonnei, Vibrio cholerae, Campylobacter spp., Escherichia coli O157: H7 and Escherichia coli no O157. Each of them was characterized by a diversity of unique patterns, clusters and outbreaks. The NDB of Salmonella spp. was represented by a total of 558 strains with 248 PUN, of which 22.6% (126 strains) correspond to Salmonella enterica ser. Typhimurium, 20.6% (115 strains) to Salmonella enterica ser. Enteritidis, 9.1% (51 strains) to Salmonella enterica ser. Newport, 1.6% (9 strains) to Salmonella enterica ser. Muenchen, which at the same time are the serotypes associated with outbreaks. A total of thirteen outbreaks caused by Salmonella spp., Shigella sonnei with 113 strains studied, 57 unique patterns and 19 clusters detected were confirmed. Three patterns PYJ16X01.0012, PYJ16X01.0034 and PYJ16X01.0014 were identified as the predominant. Vibrio cholerae with 18 strains studied, 9 unique patterns and 4 clusters were detected. A genetic relationship of 100% was established between strains of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor serotype Ogawa toxin producer ctxA and tcpA isolated from the index case of the cholera outbreak. Campylobacter spp., with 62 strains studied, 42 unique patterns and 10 clusters were detected. The NDB of O157 and non-O157 Shiga toxin producing E. coli O157, with 9 and 20 strains of human origin respectively, were characterized according to their virulence factors and subtypes. We recognized 8 PUN electrophoretic patterns and 1 cluster for O157 Shiga toxin producing E. coli, and 18 PUN and 1 cluster for non-O157 Shiga toxin producing E. coli. The availability of a National Database of bacterial pathogens transmitted by food constitutes an important advance for public health, with a great contribution to the surveillance and epidemiology of the country allowing the confirmation and detection of outbreaks discriminating genetically related isolates and therefore, the study of clonal relationships and probable origin.

RESUMEN Las Enfermedades de Transmisión Alimentaria (ETA) son un problema de salud pública con altos índices de morbilidad y mortalidad a nivel global. La vigilancia y estudio de brotes de las ETA a través de Electroforesis de Campo Pulsado (PFGE) constituye un soporte fundamental para la investigación epidemiológica. El objetivo del estudio es presentar la base de datos de perfiles genéticos bacterianos y analizar brotes de enfermedades transmitidas por alimentos empleando Electroforesis de Campo Pulsado. Estudio descriptivo observacional de carácter retrospectivo, muestreo por conveniencia en el que fueron estudiados 778 aislamientos bacterianos causantes de ETA. La Base de Datos Nacional (BDN) quedó conformada por los siguientes patógenos entéricos; Salmonella spp., Shigella sonnei, Vibrio cholerae, Campylobacter spp., Escherichia coli O157:H7 y Escherichia coli no O157 caracterizados por una diversidad de patrones únicos, clusters y brotes. La BDN de Salmonella spp., quedó representada por un total de 558 cepas con 248 PUN, de las cuales 22,6% (126 cepas) corresponden a Salmonella enterica ser. Typhimurium, 20,6% (115 cepas) a Salmonella enterica ser. Enteritidis, 9,1% (51 cepas) a Salmonella enterica ser. Newport, 1,6% (9 cepas) a Salmonella enterica ser. Muenchen, que al mismo tiempo son los serotipos que están asociados a brotes. Fueron confirmados un total de 13 brotes causados por Salmonella spp.; Shigella sonnei con 113 cepas estudiadas, 57 patrones únicos y 19 clusters detectados. Se identificaron 3 patrones PYJ16X01.0012, PYJ16X01.0034 y PYJ16X01.0014 como los predominantes. Vibrio cholerae con 18 cepas estudiadas, 9 patrones únicos y 4 clusters detectados. Se pudo establecer una relación genética del 100% entre cepas de Vibrio cholerae O1 biotipo El Tor serotipo Ogawa productora de toxinas ctxA y tcpA aislada del caso índice del brote de cólera. Campylobacter spp., con 62 cepas estudiadas, 42 patrones únicos y 10 clusters detectados. La BDN de E. coli productor de toxina shiga O157 y no O157, con 9 y 20 cepas de origen humano respectivamente, caracterizadas según sus factores de virulencia y subtipos. Se reconocieron 8 patrones electroforéticos PUN y 1 cluster para E. coli productor de toxina shiga O157, y 18 PUN y 1 clúster para E. coli productor de toxina shiga no O157.La disponibilidad de una Base de Datos Nacional de patógenos bacterianos transmitidos por alimentos constituye un importante avance para la salud pública, con un gran aporte en la vigilancia y epidemiología del país permitiendo la confirmación y detección de brotes discriminando aislamientos relacionados genéticamente y por consiguiente el estudio de relaciones clonales y probable origen.

ABSTRACT Infection caused by Salmonella ssp. and Campylobacter spp. are the foodborne diseases reported most frequently throughout the world, and chicken meat is considered one of the most important food vehicles for both. The objective was to present the first results obtained from the integrated antimicrobial surveillance of foodborne diseases of Salmonella spp. and Campylobacter spp in three populations. In this descriptive cross - sectional of consecutive sampling, samples were collected from different sources of chicken meat and different populations for isolation, characterization and resistance profile. A prevalence of 13% in food, 20% in clinical samples and 55% in cloacal feces was observed in the isolation of Campylobacter spp. with high prevalence of Campylobacter jejuni in all three populations followed by 6% in food, 13% in clinical samples and 3% in birds cloacal feces of Salmonella spp. with predominance in the isolation of the serotype Salmonella ser. Enteritidis in clinical sample populations and birds cloacal feces. The resistance of Campylobacter spp. to ciprofloxacin of 59-81%, stood out in the three populations under study, in contrast to Salmonella spp. A high resistance to nitrofurantoin of 73% was observed in poultry feces, 55% in foods and 19.4% in humans. Resistance to tetracycline was found in foods (42%), 5% in clinical samples and 9% in cloacal feces. A resistance of 72% was observed in animals and 53% in clinical samples for nalidixic acid. It is important to strengthen the integrated surveillance of antimicrobial resistance in these three populations in order to timely detect mechanisms of resistance that can affect the human being through the food chain.

RESUMEN La infección causada por Salmonella spp. y por Campylobacter spp. son las enfermedades transmitidas por alimentos (ETA) reportadas más frecuentemente en el mundo, siendo la carne de pollo uno de los vehículos alimentarios más importantes para ambas. Se presenta los primeros resultados de la vigilancia antimicrobiana integrada de las ETA de Salmonella spp. y Campylobacter spp. en tres poblaciones. En este estudio descriptivo de corte transverso, de casos consecutivos, se recolectaron muestras de diversos orígenes de carne de pollo y distintas poblaciones para su aislamiento, caracterización y perfil de resistencia. Se observó una prevalencia de Campylobacter spp. del 13% en alimentos, 20% en muestras clínicas y 55% en heces cloacales de aves, con alta prevalencia de Campylobacter jejuni en las tres poblaciones; de Salmonella spp fue 6% en alimentos, 13% en muestras clínicas y 3% en heces cloacales de aves, con predominio del serotipo Salmonella ser. Enteritidis en las muestras clínicas y heces cloacales de aves. La resistencia a ciprofloxacina de Campylobacter spp., entre 59-81% se destacó en las tres poblaciones estudiadas. Para Salmonella spp. se observó una resistencia a nitrofurantoina del 73% en heces cloacales de aves, 55% en alimentos y 19,4% en humanos; a tetraciclina, 42% en alimentos, 5% en muestras clínicas y 9% en heces cloacales; para el ácido nalidíxico la resistencia fue del 72% en animales y 53% en muestras clínicas. Es importante fortalecer la vigilancia integrada de la resistencia antimicrobiana en estas tres poblaciones de manera a detectar en forma oportuna mecanismos de resistencia que pudieran afectar al ser humano a través de la cadena alimentaria.

ABSTRACT Diarrheagenic Escherichia coli (DEC) has been classified based on clinical, epidemiological and molecular criteria in five groups, each with specific virulence factors. The objective was to determine the prevalence of DEC in pediatric patients with acute diarrheal disease of the Central Laboratory of Public Health in the 2012-2015 period. A total of 1447 fecal samples of acute diarrheal syndrome from pediatric patients were processed in which a DEC virulence gene was searched using conventional screening and molecular screening methods with multiple PCR primers specifically designed to amplify virulence genes, st, lt, eae, stx, ipaH and aggR. From the total of analyzed samples, 13% (180/1379) of the samples presented some virulence factor compatible with a DEC pathogen type with greater predominance in children from 1 to 3 years. The frequency of the different pathogen types was as follows: 61 (34%) ETEC, 40 (22%) EAEC, 41 (23%) EPEC, 27 (15%) EIEC, 7 (4%) STEC and 3 (2% ETEC/EAEC, 1 (0.5%) ETEC/EAEC/EIEC. The percentage of DEC detected is similar to that reported in other countries of the region, which indicates that these pathogens are an important part of the etiology of acute infectious diarrheal disease in children in our country. It should be noted that for the diagnosis of different DEC categories, it is necessary to have a specific diagnostic procedure aimed at the detection of virulence factors using molecular methods or immunodiagnostic methods.

RESUMEN La Escherichia coli diarreogénica (ECD) se ha clasificado con base en criterios clínicos, epidemiológicos y moleculares en cinco grupos, cada uno con factores de virulencia específicos. El objetivo fue determinar la prevalencia de ECD en pacientes pediátricos con enfermedad diarreica aguda del Laboratorio Central de Salud Publica en el periodo 2012-2015. Se procesaron muestras de heces con síndrome diarreico agudo, provenientes de pacientes pediátricos, en los cuales se buscó algún gen de virulencia ECD utilizando métodos convencionales de siembra y screening molecular, mediante PCR múltiple con cebadores diseñados específicamente para amplificar los genes de virulencia elt, est, eae, stx, ipaH y aggR. Del total de muestras analizadas, 13% (180/1379) de las muestras presentó algún factor de virulencia compatible con algún patotipo ECD con mayor predominio en niños de 1 a 3 años. La frecuencia de los distintos patotipos fue la siguiente: 61 (34%) ETEC, 40 (22%) EAEC, 41 (23%) EPEC, 27 (15%) EIEC, 7 (4%) STEC y 3 (2%) ETEC/EAEC, 1 (0.5%) ETEC/EAEC/EIEC. El porcentaje de E. coli diarreogénicas detectado tiene similitud con lo reportado en otros países de la región, lo que nos indica que estos patógenos son parte importante de la etiología de la enfermedad diarreica aguda infecciosa en la población infantil en nuestro país. Se debe destacar que para el diagnóstico de las diferentes categorías ECD, es necesario disponer de un procedimiento diagnóstico específico dirigido a la detección de los factores de virulencia utilizando métodos moleculares o métodos inmunológicos.

Objectives: To determine the prevalence of Campylobacter spp. in patient under age 11 years with acute diarrhea syndrome and determine microbial resistance to the drugs of choice for treatment in Paraguay, ciprofloxacin, erythromycin, and tetracycline. Materials and Methods: We conducted a retrospective, cross-sectional study with a non-probabilistic sample of 1110 consecutive cases and a confidence level of 95%. The population studied were pediatric patients under age 11 years whose fecal samples were forwarded by institutions belonging to the enteric pathogens network to the Laboratorio Central de Salud Pública (public health central laboratory) from 2010 to 2012. Results: Of the 1110 fecal samples Campylobacter spp. were isolated in 176 cases, for a prevalence of 16%. Resistance to quinolones was found in 49% of these, resistance to tetracycline in 28%, and resistance to macrolides (erythromycin) in 1%. Conclusion: A significant prevalence of Campylobacter spp. was found to be the etiological agent for acute diarrhea syndrome and including cultures for this pathogen in analysis of fecal samples should be routine. The resistance found to the drugs of choice for treatment implies a need for better attention to the issue of indiscriminate use of antibiotics.

Objetivos: Determinar la prevalencia de Campylobacter spp. en pacientes menores de 11 años con síndrome diarreico agudo e indagar la resistencia antimicrobiana con respecto a las drogas de elección para el tratamiento clínico con Ciprofloxacina, Eritromicina y Tetraciclina. Materiales y Métodos: Se realizó un estudio descriptivo, retrospectivo de corte transverso, muestreo no probabilístico de casos consecutivos, cuya muestra tiene un tamaño de 1110 con un nivel de confianza de 95%. La población estudiada fue de pacientes pediátricos menores de 11 años cuyas muestras de heces fueron remitidas por las instituciones integrantes de la Red de Enteropatógenos al Laboratorio Central de Salud Pública en el periodo 2010-2012. Resultados: De 1110 muestras de heces estudiadas se aislaron Campylobacter spp. en 176 de ellas y corresponde al 16% de prevalencia. Se observó resistencia a las quinolonas en un 49 % de las muestras estudiadas, así como una resistencia a Tetraciclina del 28% y 1% de resistencia a los macrólidos (Eritromicina). Conclusión: Se observó una prevalencia importante de Campylobacter spp. como agente etiológico de síndrome diarreico agudo y es relevante la incorporación del aislamiento de este patógeno como agente etiológico rutinario en los análisis de coprocultivos realizados. La resistencia observada a las drogas de elección utilizadas como tratamiento nos obliga a tener en cuenta el control del uso indiscriminado de antimicrobianos