ABSTRACT Sugarcane (Saccharum L. spp. hybrids) is a globally important crop. While roots contribute to its net primary production, knowledge of sugarcane root growth is incomplete and limited in scope. The objective of this study was to determine cumulative root density (LA), root distribution, effective rooting depth (ERD), and root growth rate for four sugarcane genotypes across three crop cycles (plant cane [PC], first ratoon [FR], and second ratoon [SR]). The experiment was conducted in a rain shelter on four sugarcane genotypes (ROC22, YZ04-241, YZ05-194, and YZ05-51) using minirhizotron tubes to a soil profile depth of 1.08 m. Most roots in were found at 0–0.36 m-depth, and about 85.0% were within a 0–0.72 m depth in PC. In FR and SR, however, > 81.8% of roots were found at 0–0.54 m-depth regardless of genotype. The LA of ROC22 was often significantly higher than that of the other genotypes at depths < 0.54 m regardless of crop cycle. The genotype ROC22 had greater root length and faster root growth rate than YZ05-194 at 0.18–0.36 m in PC and FR, while SR YZ05-194 had slower root growth than the other genotypes at 0–0.18m. Ratooning ability of sugarcane genotypes may be related to these root growth attributes.

Resumo Introdução: O carcinoma nasofaríngeo é o câncer mais comum originário da nasofaringe. Objetivo: Estudar os mecanismos do câncer de nasofaringe; dados do microarray GSE12452 foram analisados. Método: GSE12452 foi obtido da base de dados Gene Expression Omnibus e inclui 31 amostras de carcinoma nasofaríngeo e 10 amostras de tecido nasofaríngeo normal. Os genes diferencialmente expressos foram analisados por ANOVA no kit PGS. Usando o plugin BiNGO no Cytoscape e análise de enriquecimento da via no kit PGS, análises de enriquecimento funcional e da via foram realizadas separadamente para prever as potenciais funções dos genes diferencialmente expressos. Além disso, os pares Fator de Transcrição - genes diferencialmente expressos foram pesquisados e em seguida a sua rede reguladora foi visualizada usando o programa Cytoscape. Resultados: Um total de 487 genes foram analisados como genes diferencialmente expressos entre as amostras de carcinoma nasofaríngeo e amostras de tecido nasofaríngeo normal. A análise de enriquecimento indicou que PTGS2 estava envolvido na regulação do processo biológico e câncer pulmonar de pequenas células. ZIC2 e OVOL1 podem funcionar no carcinoma nasofaríngeo almejando-se de maneira significativa os genes suprarregulados (como o PTGS2, FN1, CXCL9 e CXCL10) na rede reguladora de fator de transcrição - genes diferencialmente expressos (p.ex., ZIC2→PTGS2 e OVOL1→CXCL10). Conclusão: PTGS2, FN1, CXCL9, CXCL10, ZIC2 e OVOL1 podem desempenhar alguns papéis no carcinoma de nasofaringe.

Abstract Introduction: Nasopharyngeal carcinoma is the most common cancer originating from the nasopharynx. Objective: To study the mechanisms of nasopharyngeal carcinoma, we analyzed GSE12452 microarray data. Methods: GSE12452 was downloaded from the Gene Expression Omnibus database and included 31 nasopharyngeal carcinoma samples and 10 normal nasopharyngeal tissue samples. The differentially expressed genes were screened by ANOVA in the PGS package. Using the BiNGO plugin in Cytoscape and pathway enrichment analysis in the PGS package, functional and pathway enrichment analyses were performed separately to predict potential functions of the differentially expressed genes. Furthermore, Transcription factor-differentially expressed gene pairs were searched, and then the transcription factor-differentially expressed gene regulatory network was visualized using Cytoscape software. Results: A total of 487 genes were screened as differentially expressed genes between the nasopharyngeal carcinoma samples and the normal nasopharyngeal tissue samples. Enrichment analysis indicated that PTGS2 was involved in the regulation of biological process and small cell lung cancer. ZIC2 and OVOL1 may function in nasopharyngeal carcinoma through targeting significantly up-regulated genes (such as PTGS2, FN1, CXCL9 and CXCL10) in the Transcription factor-differentially expressed gene regulatory network (e.g., ZIC2→PTGS2 and OVOL1→CXCL10). Conclusion: PTGS2, FN1, CXCL9, CXCL10, ZIC2 and OVOL1 might play roles in nasopharyngeal carcinoma.

摘要 目的 旨在确定上海地区肺结核病患者的超额死亡率。 方法 参与者是曾于2004 年 1 月 1 日至 2008 年 12 月 31 日在四家肺结核病诊所其中一家登记过的、上海市 4 个区（共 19 个区）的当地居民。我们收集了最近的肺结核病诊断的基线数据，并对 2014 年 3 月至 5 月的死亡率进行了评估。我们计算出所有参与者和子组的标准化死亡率和病死率，并采用单变量和多变量 Cox 回归模型量化各种原因与肺结核导致的共病症与死亡率之间的关联。 结果 我们登记了病患中 4569 名受试者。总体而言，各种原因导致的死亡患者的标准化死亡率为 5.2 （95% 置信区间：4.8-5.6）。男性的标准化死亡率高于女性 (6.1 比 3.0)。调整年龄和性别后，以前接受过治疗的患者（风险比：1.26，95% 置信区间：1.08-1.49）和痰涂片试验呈阳性的患者（风险比：1.55，95% 置信区间：1.35-1.78）中各种原因导致的死亡风险比明显更高。以前接受过治疗的患者（风险比率：1.88，95% 置信区间：1.24-2.86）和痰涂片试验呈阳性的患者（风险比率：3.16，95% 置信区间：2.06-4.87）中肺结核导致的死亡风险也明显更高。 结论 上海地区肺结核病患者的死亡率风险增加。及早的诊断和更加警觉的随访诊查可能有助于降低肺结核患者的死亡率。

Résumé Objectif Déterminer la surmortalité dans une cohorte de personnes atteintes de tuberculose à Shanghai. Méthodes Les participants étaient des habitants de 4 districts (sur 19) de Shanghai, enregistrés dans une des quatre cliniques de la tuberculose entre le 1er janvier 2004 et le 31 décembre 2008. Des données de référence ont été recueillies lors du diagnostic le plus récent de tuberculose et la mortalité a été évaluée entre mars et mai 2014. Nous avons calculé les rapports standardisés de mortalité (RSM) et les taux de létalité pour tous les participants ainsi que pour des sous-groupes. Des modèles de régression univariée et multivariée de Cox ont été utilisés pour quantifier les associations entre les comorbidités et la mortalité, toutes causes confondues et due à la tuberculose. Résultats Nous avons enregistré 4569 sujets dans la cohorte. Globalement, la cohorte avait un RSM pour les décès toutes causes confondues de 5,2 (intervalle de confiance (IC) de 95%: 4,8-5,6). Les hommes affichaient un RSM plus élevé que les femmes (6,1 contre 3,0). Après ajustement en fonction de l'âge et du sexe, les ratios de risque (RR) de décès toutes causes confondues étaient nettement plus élevés chez les personnes ayant précédemment reçu un traitement (RR: 1,26; IC 95%: 1,08-1,49) et les personnes à frottis d'expectoration positif (RR: 1,55; IC 95%: 1,35-1,78). Le risque de décès dû à la tuberculose était également beaucoup plus important pour les personnes ayant précédemment reçu un traitement (RR: 1,88; IC 95%: 1,24-2,86) et les personnes à frottis positif (RR: 3,16; IC 95%: 2,06-4,87). Conclusion Les personnes atteintes de tuberculose à Shanghai présentent un risque accru de mortalité. Un diagnostic plus précoce et un suivi plus attentif pourraient permettre de réduire la mortalité dans ce groupe.

абстрактный доступен в Полный текст

Abstract Objective To determine excess mortality in a cohort of people with tuberculosis in Shanghai. Methods Participants were local residents in 4 (of 19) districts in Shanghai, registered in one of four tuberculosis clinics between January 1, 2004 and December 31, 2008. Baseline data were collected at the most recent diagnosis of tuberculosis and mortality was assessed between March and May of 2014. We calculated standardized mortality ratios (SMR) and case-fatality rates for all participants and for subgroups. Univariate and multivariate Cox regression models were used to quantify associations between co-morbidities and mortality from all causes and from tuberculosis. Findings We registered 4569 subjects in the cohort. Overall, the cohort had an SMR for deaths from all causes of 5.2 (95% confidence interval, CI: 4.8-5.6). Males had a higher SMR than females (6.1 versus 3.0). After adjustment for age and sex, hazard ratios (HR) for deaths from all causes were significantly greater in previously treated people (HR: 1.26; 95% CI: 1.08-1.49) and sputum smear-test positive people (HR: 1.55; 95% CI: 1.35-1.78). The risk of death from tuberculosis was also significantly greater for previously treated people (HR: 1.88; 95% CI: 1.24-2.86) and smear positive people (HR: 3.16; 95% CI: 2.06-4.87). Conclusion People with tuberculosis in Shanghai have an increased risk of mortality. Earlier diagnosis and more vigilant follow-up may help to reduce mortality in this group.

ملخص الغرض تحديد الزيادة في حالات الوفاة في مجموعة من المصابين بالسل في شانغهاي. الطريقة كان المشاركون من السكان المحليين في 4 أحياء (من بين 19 حيًا) في شنغهاي، وقد تم تسجيلهم في واحدة من أربع عيادات لعلاج السل في الفترة بين 1 يناير/كانون الثاني 2004 و31 ديسمبر/كانون الأول 2008. وقد تم جمع البيانات الأساسية على مستوى أحدث الحالات التي تم تشخيصها كحالات الإصابة بالسل، كما تم تقدير الوفيات في الفترة بين شهري مارس/آذار ومايو/أيار 2014. وحسبنا نسب الوفيات القياسية (SMR) ومعدلات الوفيات بين الحالات المصابة بالنظر إلى جميع المشاركين والمجموعات الفرعية.وتم استخدام نماذج انحدار كوكس ذات المتغير الأحادي والمتعددة المتغيرات لقياس مدى الارتباط بين الإصابة بأكثر من مرض في نفس الوقت وحالات الوفاة الناتجة عن جميع الأسباب والناتجة عن مرض السل. النتائج سجلنا 4569 من الحالات محل الدراسة في المجموعة المشار إليها.وبوجه عام، بلغت نسبة الوفيات القياسية الناتجة عن جميع الأسباب في هذه المجموعة 5.2 (بنسبة أرجحية مقدارها 95%: 4.8-5.6). وارتفعت نسبة الوفيات القياسية بين الرجال مقارنةً بالنساء (6.1 مقابل 3.0).وبعد تعديل عامل العمر والجنس، كانت نسب خطورة (HR) التعرض للوفاة الناتجة عن جميع الأسباب أكثر ارتفاعًا بشكل ملحوظ لدى الأشخاص الذين سبقت معالجتهم (نسبة خطورة: 1.26؛ بنسبة أرجحية مقدارها 95%: 1.08- 1.49) ولدى الأشخاص الذين كانت نتائج اختبار مسحة البلغم الخاصة بهم إيجابية (HR: 1.55؛ بنسبة أرجحية مقدارها 95%: 1.35-1.78). وكان خطر الوفاة الناتجة عن السل أكثر ارتفاعًا أيضًا بشكل ملحوظ لدى الأشخاص الذين سبقت معالجتهم (نسبة خطورة: 1.88؛ بنسبة أرجحية مقدارها 95%: 1.24- 2.86) ولدى الأشخاص الذين كانت نتائج المسحة الخاصة بهم إيجابية (نسبة خطورة: 3.16؛ بنسبة أرجحية مقدارها 95%: 2.06-4.87). الاستنتاج يعاني المصابون بالسل في شانغهاي من زيادة خطر التعرض للوفاة. وقد يساعد التشخيص المبكر للمرض والمزيد من المتابعة الطبية الدقيقة في تقليل معدل الوفيات في هذه المجموعة.

Resumen Objetivo Determinar el exceso de mortalidad en una cohorte de personas con tuberculosis en Shanghái. Métodos Los participantes eran residentes locales de 4 (de 19) distritos de Shanghái, registrados en uno de los cuatro consultorios antituberculosos entre el 1 de enero de 2004 y el 31 de diciembre de 2008. Se recogieron datos de referencia de los diagnósticos de tuberculosis más recientes y se evaluó la mortalidad entre marzo y mayo de 2014. Se calcularon las tasas de mortalidad estandarizadas (SMR) y la tasa de letalidad de todos los participantes y por subgrupos. Se utilizaron modelos de regresión de Cox univariables y multivariables para cuantificar las asociaciones entre la comorbilidad y la mortalidad de todas las causas de tuberculosis. Resultados Se registraron 4.569 sujetos en la cohorte. En general, la cohorte tenía una SMR para muertes de todas las causas de 5,2 (intervalo de confianza del 95%, IC: 4,8-5,6). Los hombres tenían una SMR mayor que las mujeres (6,1 frente a 3,0). Tras ajustarlos de acuerdo a edad y sexo, los cocientes de riesgo (HR) para las muertes de todas las causas eran significantemente mayores en personas tratadas con anterioridad (HR: 1,26 (IC del 95%: 1,08-1,49) y personas con pruebas de esputo positivas (HR: 1,55 (IC del 95%: 1,35-1,78). El riesgo de muerte por tuberculosis también era significativamente mayor en personas tratadas con anterioridad (HR: 1,88 (IC del 95%: 1,24-2,86) y personas con pruebas de esputo positivas (HR: 3,16 (IC del 95%: 2,06-4,87). Conclusión Las personas con tuberculosis en Shanghái tienen un mayor riesgo de mortalidad. Unos diagnósticos más tempranos y un seguimiento más atento podrían ayudar a reducir la mortalidad de este grupo.

β-carotene is a commonly used food colorant. In this work, a novel β-carotene producing strain, Serratia marcescens RB3, was isolated and identified by physiological and biochemical tests, as well as 16S rDNA sequence analysis. The production of β-carotene by S. marcescens RB3 was identified through HPLC analysis. The cultivation conditions for β-carotene production by S. marcescens RB3 were optimized as 2.0% lactose, 2.0% peptone, 0.3% beef extract, 1.0% NaCl supplemented with 0.05% Fe2+, pH 6.0 and 30ºC. Under the optimal conditions, the yield of β-carotene achieved 2.45 µg/mL.