Abstract Background: Octopus is a fishery product of economic importance worldwide, the main species caught on the coast of the Gulf of Mexico and the Caribbean Sea are Octopus maya and O. vulgaris, the first represents up to 95 % of national production. Goals: Identify the bacterial flora associated with commercial Octopus maya captured in the Yucatan Peninsula, using PCR-DGGE. Methods: From the metagenomic DNAs (mDNAs) extracted from samples representative of the octopus muscle, PCR products were synthesized with universal primers for bacteria (gc338F and 518R) and specific primers for Phylum Firmicutes (FirF: 369 and gcFirR: 1244). They were separated by electrophoresis in denaturing gradient gels (DGGE). The fragmented DNAs were recovered by elution, amplified (338F / 518R and FirF: 369 / FirR: 1244), sequenced and analyzed phylogenetically. Results: The sequences amplified with universal primers, after the DNA fragmentation by DGGE were associated with Psychrobacter urativorans, Psychrobacter sp, Pseudomonas sp, Pseudoalteromonas sp, Shewanella sp, Shewanella baltica, Klebsiella oxytoca, Vibrio aestuarianus, Photobacterium sp, Flavobacterium sp, F. antarcticum, Bizionia sp, Flavobacteriaceae bacterium, Bacillus sp, C. divergens, Cetobacterium somerae, Psychrilyobacter atlanticus, Salinimicrobium sp as well as, Flavobacteriaceae not yet classified. In the sequences amplified with specific primers (Phylum Firmicutes) were identified: Carnobacterium sp, Lactococcus piscium Lactococcus sp, and Vagococcus sp Conclusion: The bacterial genus detected have been reported in samples from marine environments; therefore, can be part of the native microbial diversity associated with commercial O. maya captured in the Yucatan Peninsula, Mexico.
Resumen Antecedentes: El pulpo es un producto pesquero de importancia económica a nivel mundial, las principales especies capturadas en el litoral del Golfo de México y el mar Caribe son Octopus maya y O. vulgaris, el primero representa hasta el 95 % de la producción nacional. Objetivo: Identificar la flora bacteriana asociada al Octopus maya comercial capturado en la Península de Yucatán, utilizando PCR-DGGE. Métodos: A partir de los ADN metagenómicos (ADNmg) extraídos de muestras representativas del músculo del pulpo, se sintetizaron productos de PCR con iniciadores universales para bacterias (gc338F y 518R) e iniciadores específicos para el filo Firmicutes (FirF:369 y gcFirR: 1244). Mismos que fueron separados por electroforesis en geles de gradiente desnaturalizante (DGGE). Los ADN fragmentados se recuperaron por elución, se amplificaron (338F / 518R y FirF: 369 / FirR: 1244), se secuenciaron y analizaron filogenéticamente. Resultados: Las secuencias amplificadas con iniciadores universales, después de la fragmentación del ADN por DGGE se asociaron con Psychrobacter urativorans, Psychrobacter sp, Pseudomonas sp, Pseudoalteromonas sp, Shewanella sp, Shewanella baltica, Klebsiella oxytoca, Vibrio aestuarianus, Photobacterium sp, Flavobacterium sp, F. antarcticum, Bizionia sp, Flavobacteriaceae bacterium, Bacillus sp, Carnobacterium divergens, Cetobacterium somerae, Psychrilyobacter atlanticus, Salinimicrobium sp, así como, Flavobacteriaceae aún no clasificada. En las secuencias amplificadas con iniciadores específicos (filo Firmicutes) se identificaron: Carnobacterium sp, Lactococcus piscium, Lactococcus sp y Vagococcus sp. Conclusión: Los géneros bacterianos detectados han sido reportados en muestras de ambientes marinos, por lo cual, pueden ser parte de la diversidad microbiana nativa asociada al O. maya comercial capturado en la Península de Yucatán, México.