A mecânica molecular é amplamente usada na simulação de biomoléculas. Um arquivo de topologia molecular contendo todos os tipos de átomos, que dependem do ambiente químico, tem de ser construído. MKTOP é um software gratuito capaz de construir topologias moleculares para o GROMACS, sendo assim uma ferramenta útil para seus usuários.

Molecular mechanics methods are widely-used for simulations of biomolecules. A molecular topology file containing all atom types, which depend on the chemical environment, must be constructed. MKTOP is a free-software capable of automatic atom type recognition and construction of molecular topologies for GROMACS, being a useful tool for its users.

Cálculos teóricos da reação do cátion formila (CHO+) com tolueno, cumeno e p-cresol mostraram que a transferência de próton é termodinamicamente preferida em relação a acilação. No caso do tolueneo, a acilação do anel aromático, para formação do complexo de Wheland, é 11,7 kcal mol-1 mais alta em energia (ΔH) que a protonação, em nível de cálculo MP4(SDTQ)/ 6-31++G(d,p)//MP2(full)/6-31G(d,p). Esta diferença diminui com a introdução de um grupo hidroxila no anel (p-cresol) ou substituindo o grupo metila por isopropila (cumeno). A protonação do tolueno pelo H3+ e pelo cátion isoformila é, respectivamente, 88,6 e 84,5 kcal mol-1 mais exotérmica que a acilação em nível MP4(SDTQ)/6-31++G(d,p)//MP2(full)/6-31G(d,p). A afinidade protônica do p-cresol foi calculada como sendo 195,4 kcal mol-1.

Theoretical calculations of the reaction of formyl cation (CHO+) with toluene, cumene and p-cresol showed that proton transfer is thermodynamically preferred over acylation. For toluene, acylation of the aromatic ring, to form the Wheland complex, is 11.7 kcal mol-1 higher in energy (ΔH) than protonation, at MP4(SDTQ)/6-31++G(d,p)//MP2(full)/6-31G(d,p) level of theory. This difference reduces upon introduction of a hydroxy group in the ring (p-cresol) or replacing the methyl group by an isopropyl group (cumene). Protonation of toluene by H3+ and isoformyl cation is 88.6 and 84.5 kcal mol-1, respectively, more exothermic than acylation, at MP4(SDTQ)/6-31++G(d,p)//MP2(full)/6-31G(d,p). The proton affinity of p-cresol was calculated to be 195.4 kcal mol-1.