Abstract The Arrayán tree (Calycolpus moritzianus) is an endemic species from northern South America and it is important for its potential in the medical and cosmetic industry. However, to take advantage of its applied potential different biological aspects, such as genetic diversity, must be characterized. We evaluated 5 RAMs markers on 45 individuals of C. moritzianus collected from 5 locations in Norte de Santander, Colombia, to estimate its genetic diversity. The cluster analysis indicated heterogeneity between populations; however, Ocaña individuals were genetically more different, when compared with other populations. A multiple correspondence analysis revealed 2 population groups: the first one including individuals from Ocaña, and the second one that includes individuals from Salazar, Chinácota, Pamplonita and Toledo. This last group showed a higher degree of genetic diversity. We found an average heterozygosity (H e ) of 0.34 and a fixation index (F ST) of 0.13 among populations. These results are likely due to the relatively high genetic distance, observed between Ocaña and the other populations, and because of the effect of geographical barriers in the area. This is the first study in population genetics of this important native timber resource in the northern Andes, and provides relevant information for future conservation strategies and its sustainable use.

Resumen El árbol de Arrayán (Calycolpus moritzianus) es una especie endémica del norte de Sudamérica y es importante por su potencial en la industria médica y cosmética; sin embargo, para aprovechar su potencial aplicado diferentes aspectos biológicos, como la diversidad genética, deben ser caracterizados. Evaluamos 5 marcadores RAM en 45 individuos de C. moritzianus recolectados de 5 localidades en Norte de Santander, Colombia, para estimar su diversidad genética. El análisis de agrupamiento indicó heterogeneidad entre poblaciones; no obstante, los individuos de Ocaña muestran la mayor distancia en comparación a las otras poblaciones. Un análisis de correspondencia múltiple reveló 2 grupos de poblaciones: el primero que incluye individuos de Ocaña y el segundo que incluye individuos de las localidades de Salazar, Chinácota, Pamplonita y Toledo. Este último grupo mostró un mayor grado de diversidad genética. Encontramos una heterocigosidad promedio (H e ) de 0.34 y un índice de fijación (F ST) de 0.13 entre las poblaciones. Es probable que estos resultados se deban a la distancia genética, relativamente alta, observada entre Ocaña y las otras poblaciones, y por el efecto de barreras geográficas en la zona. El presente trabajo es el primer estudio en genética poblacional de este importante recurso maderable nativo en el norte de los Andes y proporciona información relevante para futuras estrategias de conservación y su uso sustentable.

Abstract Aposematic organisms advertise their defensive toxins to predators using a variety of warning signals, including bright coloration. While most Neotropical poison frogs (Dendrobatidae) rely on crypsis to avoid predators, Oophaga poison frogs from South America advertise their chemical defenses, a complex mix of diet-derived alkaloids, by using conspicuous hues. The present study aimed to characterize the skin transcriptomic profiles of South American Oophaga poison frogs. Our analyses showed very similar transcriptomic profiles for these closely related species in terms of functional annotation and relative abundance of gene ontology terms expressed. Analyses of expression profiles of Oophaga and available skin transcriptomes of cryptic anurans allowed us to propose initial hypotheses for the active sequestration of alkaloid-based chemical defenses and to highlight some genes that may be potentially involved in resistance mechanisms to avoid self-intoxication and skin coloration. In doing so, we provide an important molecular resource for the study of warning signals that will facilitate the assembly and annotation of future poison frog genomes.

Los patrones de cítricos son esenciales en la citricultura debido a que afectan más de veinte características agronómicas de las copas y frutos. La caracterización y documentación de las introducciones de un banco de germoplasma permiten evitar duplicados e identificar introducciones promisorias para procesos de selección, mejoramiento genético o procesos agroindustriales. Se evaluó la diversidad genética de 39 introducciones del banco de germoplasma de Cítricos de CORPOICA Centro de Investigación Palmira. Se utilizaron seis cebadores RAMs los cuales generaron 134 loci polimórficos que se usaron para estimar los parámetros de diversidad genética. La He y porcentaje de loci polimórficos para la colección fue de 0,38 y 92,54%, respectivamente. El análisis de similitud permite apreciar que los materiales se encuentran dispersos en el dendrograma, sin embargo a un nivel de similitud de 0,63 se agrupan las introducciones del género Poncirus y sus híbridos. La especie Clausena lansium fue la más distante del resto de las especies y se diferenció a un nivel de similitud de 0,54. Los resultados indican alta diversidad genética en el banco de germoplasma de patrones de cítricos, que puede ser utilizada en futuros trabajos de investigación.

Citrus rootstocks are essential in the citrus industry because they affect more than twenty agronomic characteristics of the citrus and fruits. Characterization and documentation of germplasm bank introductions allow to avoid duplicates and to identify promising accessions for selection processes, breeding or agro-industrial processes. It was evaluated the genetic diversity of 39 accessions from the citrus rootstocks germplasm bank of the Colombian Corporation for Agricultural Research (Corpoica-Palmira). Six RAMs primers were used which generated 134 polymorphic loci that were used to estimate genetic diversity parameters. Expected heterogeneity and polymorphic loci percentage for the collection was 0,38 and 92,54%, respectively. Similarity analysis allow to appreciate that the materials are dispersed in the dendrogram, however a similarity level of 0,63 grouped the accessions of the genus Poncirus and their hybrids. The species Clausena lansium was the most distant from other species in the dendrogram and differed at a similarity level of 0,54. The results indicate a high genetic diversity in the citrus rootstocks germplasm bank of Corpoica that can be used in future research programs.

Os porta-enxertos de cítricos são essenciais na cultura de citros porque afetam mais de vinte características agronômicas das cultivares-copa e dos frutos. A caracterização e documentação das introduções de um banco de germoplasma impedem duplicações e permitem identificar acessões promissoras para processos de seleção, melhoramento genético ou processos agroindustriais. Foi avaliada a diversidade genética de 39 acessões do banco de germoplasma de Citrus da Corporación Colombiana de Pesquisa Agropecuária (CORPOICA), centro de pesquisa Palmira. Foram usados seis primers RAMs, os quais geraram 134 loci polimórficos que foram utilizados para estimar os parâmetros de diversidade genética. A heterogeneidade esperada e a percentagem de loci polimórficos para a coleção foi de 0,38 e 92,54%, respectivamente. A análise de similaridade permitiu apreciar que os materiais estão dispersos no dendrograma, no entanto, num nível de similaridade de 0,63 estão agrupadas as acessões do gênero Poncirus e seus híbridos. A espécie Clausena Lansium foi o mais distante das outras espécies no dendrograma e diferiu num nível de similaridade de 0,54. Os resultados mostram alta diversidade genética no banco de germoplasma de padrões de citros de CORPOICA C.I. Palmira, que pode ser utilizada em futuros trabalhos de pesquisa.

Guadua angustifolia Kunth es un bambú del Neotrópico que se distribuye principalmente en la región Andina. En la región del Eje Cafetero colombiano esta especie presenta gran importancia por su utilización en la construcción, industrialización y fabricación de muebles y artesanías. Para conocer la diversidad genética de nueve materiales superiores de G. angustifolia seleccionados previamente por sus características morfológicas y físico-mecánicas se realizó una caracterización molecular usando marcadores moleculares RAMs. Se obtuvo un valor de He = 0.31 y un porcentaje de loci polimórfico de 81.03% lo que indica una alta diversidad genética de los materiales evaluados.

Guadua angustifolia Kunth is a neotropical bamboo species distributed in the Andean region of Colombia. It has a great industrial importance in the well-known Colombian coffee region due its use in building, industrialization and furniture. In order to know the genetic diversity of nine superior materials of G. angustifolia previously selected by morphologic and physics-mechanic characteristics, a molecular characterization using RAMs molecular markers was carried out. Values of He = 0.31 and polymorphic loci percentage of 81.03% were obtained, indicating a high genetic diversity of the evaluated materials.

Se evaluó la presencia del virus de la leucosis bovina (VLB) en 360 muestras de ADN de ocho razas bovinas criollas: Blanco Orejinegro (BON), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Caqueteño (CQT), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (RS) y San Martinero (SM), dos Razas Sintéticas Colombianas: Lucerna (LUC) y Velásquez (VEL) y dos razas foráneas: Brahmán (B) y Holstein (H). Para la detección del pro-virus se amplificó una región del gen env viral, mediante PCR anidada. La presencia del VLB fue mayor en la raza HV seguido por ChS (83.3% y 60% respectivamente), VEL y LUC tuvieron el mismo porcentaje (50%), en CAS, CCC y CQT la presencia del virus fue de 26.7%, 23.3% y 16.7% respectivamente; no se encontró el virus en BON, SM y RS. En las razas foráneas la presencia fue de 83.3% para H y 6.7% para B. Se encontró dependencia altamente significativa entre la presencia del VLB y la raza, el sexo y región de origen de la muestra. El promedio de presencia en las razas criollas fue menor que en las foráneas, menor en los machos que en las hembras y en la región norte que en el suroccidente y el centro del país.

Using 360 DNA samples from eight Creole bovine breeds Blanco Orejinegro (BON), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Caqueteño (CQT), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (RS) and San Martinero (SM), two synthetic Colombian breeds: Lucerna (LUC) and Velásquez (VEL) and two introduced breeds Brahmán (B) and Holstein (H); the presence of Bovine Leukemia Virus (BLV) was evaluated through the amplification of a viral gene region env (provirus detection - nested-PCR). The percentage of presence and independence test were calculated (X²). Presence of BLV was higher in HV breed, followed by ChS (83.3% and 60% respectively); VEL and LUC breeds showed the same percentage (50%). In CAS, CCC and CQT the presence of virus was 26.7%, 23.3% y 16.7% respectively. On the other hand, no virus presence was found in BON, SM and RS. For the introduced breeds the presence of virus was 83.3% for H and 6.7% for B. The average of presence for Creole bovine breeds was lower than introduced breeds. A high and significant dependence was found between the presence of BLV with breed, sex and sampling places. The presence was lower in males than in females and in the northern part than the southwestern and central areas of the country.

Con el objeto de estudiar la diversidad genética del árbol forrajero nacedero Trichanthera gigantea (Humb. Bonpl.) Nees, existente en la colección nacional de la Fundación Centro para la Investigación en Sistemas Sostenibles de Producción Agropecuaria (CIPAV) se utilizaron cinco cebadores RAMs en 38 accesiones procedentes de once departamentos de Colombia y dos estados de Venezuela. Se obtuvieron 71 bandas usadas para estimar los parámetros de diversidad genética. Se adaptó un protocolo de extracción de ADN para la especie y se estableció un banco de ADN de las accesiones en la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira, para la realización de trabajos futuros. Los resultados indicaron que la colección nacional de nacedero presenta heterogeneidad en sus accesiones, alta diversidad genética y no se encontró relación entre los grupos genéticos formados mediante el análisis molecular y las zonas geográficas de origen

To study the genetic diversity of the national collection of Trichanthera gigantea (Humb. & Bonpl.) Nees from the Foundation Center for Research in Sustainable Systems for Agricultural Production (CIPAV), five primers RAMs were used on 38 accessions from 11 departments of Colombia and two states of Venezuela. A pattern of 71 bands was obtained and used to estimate genetic diversity parameters. A specific protocol for DNA isolation was adapted and a DNA bank was established at the National University of Colombia, Palmira campus for further investigations. The results showed heterogeneity and high genetic diversity in these accessions. No relationship was found among molecular group analysis and the geographical origin zones.

El síndrome de estrés porcino (PSS) es una enfermedad hereditaria monogénica recesiva relacionada con el gen receptor ryanodina (Ryr1). Utilizando PCR-SSCP y PCR-RFLP se tipificaron genéticamente 14 individuos de cerdos comerciales con el rasgo sindactilia (Casco de Mula-CM), 21 San Pedreños -SP y 100 Zungos- ZN. Las razas CM y SP tuvieron las mismas frecuencias alélicas (F(H) = 0.79 y F(h) = 0.21), mientras que en los cerdos ZN no se encontró el alelo recesivo (h). La heterocigosidad (He) fue de 0.28% para los cerdos CM y 0.23% para los SP. La He para la muestra poblacional fue de 0.066.

The Porcine Stress Syndrome is a hereditary monogenic recessive disease related with Ryanodine Receptor gen (Ryr1). Using PCR-SSCP and PCR-RFLP 14 animals of commercial breed with Mule foot characteristic (CM), 21 San Pedreño breed (SP) and 100 Zungo breed (ZN) were genotipificated. Allelic frequency for CM and SP was the same (F(H) = 0.79 y F(h) = 0.21), while in ZN there was no evidence of recessive allele (h). Heterocigosity (He) was 0.28% for CM and 0.23% for SP. He value for population sample was 0.066.

Se colectaron picudos de Cosmopolites y Metamasius en municipios del Valle del Cauca, Caldas y Quindío. Se obtuvieron cultivos monospóricos con diluciones de 10-10 y 10-11. Los aislamientos fueron almacenados a -80°C con glicerol al 10% y el ADN a -20°C. Los marcadores moleculares RAM generaron 82 fragmentos de los cuales 67% fueron polimórficos con una heterocigocidad de 0.24, que indica diversidad media a alta. A un índice de similitud 0.84 se formaron 5 grupos: uno con 11 aislamientos y 4 con un solo aislamiento. En el gran grupo se detectó un duplicado y se encontró diversidad del hongo en los sitios muestreados. No se encontró relación entre aislamientos sobre Cosmopolites y Metamasius o zona geográfica en la formación de grupos genéticos.

Weevils Cosmopolites and Metamasius in municipalities of the Valle del Cauca, Caldas and Quindío departaments of Colombia were collected. Monosporic cultures were obtained from10-10 and 10-11 dilutions of Beauveria bassiana. Isolates were kept at -80°C with 10% glycerol and DNA stored at -20°C. RAMs molecular markers generated a total of 82 fragments of which 67% were polymorphic. A heterozygosity value of 0.24 indicated a medium - high diversity. Five groups were formed which have a similarity value of 0.84 and one big group with 11 isolates and four groups with only one isolate. In the big group was detected a duplicate and fungi genetic diversity in the sampled places. Neither relationship among isolates of Cosmopolites and Metamasius nor geographical zone related to the formation of genetic groups.

Se caracterizaron 24 accesiones de uchuva Physalis peruviana L. de la colección de trabajo de la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira, mediante 27 descriptores morfológicos (10 cualitativos y 17 cuantitativos). Se analizó la correspondencia múltiple (ACM) y clasificación jerárquica ascendente para variables cualitativas y de componentes principales (ACP) para variables cuantitativas. en el ACM tres ejes explicaron el 65.64% de la variabilidad; el primero con 38.53% reunió las variables color de máculas, color de anteras, color de la baya madura y color de semilla y la clasificación jerárquica generó tres grupos. Los dos primeros ejes del ACP explicaron 32.04% y 17.02% de la variación. el mayor aporte a la variabilidad fue dado por peso del fruto, tamaño transversal y longitudinal del fruto, peso de semilla húmeda y seca, número de semillas y contenido de sólidos solubles. La clasificación jerárquica determinó la conformación de cinco grupos. Se identificaron 5 materiales con potencialidades para el procesamiento, mercado y programas de mejoramiento por poseer alto peso del fruto, bajo número de semillas y valor alto de grados Brix.

24 accessions of Cape gooseberry Physalis peruviana L. from the National University of Colombia at Palmira's campus work collection were characterized using 27 morphologic descriptors (10 qualitative and 17 quantitative). Two different analyses were made, the multiple correspondence analyses (MCA) and the ascendant hierarchy classification for qualitative variables and the principal component analysis (PCA) for quantitative variables. The results showed that 65.64% of variability was explained with three axes in the MCA. The first axe with 38.53% contained the variables colour of petals, anthers, berry ripped and seeds. The hierarchy classification generated three groups. The two first axes in ACP analysis explained 32.04% and 17.02% of the variation. In addition , the highest variability was supported by different characteristics such as fruit weight, transversal and longitudinal size of fruit, dry and wet seed weight, seed number and soluble solids content. Also the hierarchy classification showed five groups. Furthermore, it was possible to establish five materials with potential to be processed, traded and improved because of the high weight fruit, low number of seeds and high Brix grades.

La técnica RAM (Random Amplified Microsatellites) se usó para el análisis de diversidad genética de 43 accesiones de uchuva recolectadas en seis regiones de Colombia (Nariño, Valle del Cauca, Cauca, Caldas, Quindío y Cundinamarca), pertenecientes a la colección establecida en la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira. El análisis se realizó sobre 42 loci polimórficos obtenidos con siete cebadores, encontrándose baja diversidad para las introducciones de Nariño, Cauca, Quindío, Caldas y Cundinamarca. La población del Valle del Cauca reunió la mayor diversidad de los materiales recolectados.

The RAM's technique (Random Amplified Microsatellites) was used to assess the genetic diversity of 43 accesions of Cape gooseberry collected in six regions of Colombia (Nariño, Valle del Cauca, Cauca, Caldas, Quindío and Cundinamarca), property of the National University of Colombia at Palmira's campus collection. This analysis was based on the data from 42 polymorphic loci generated with seven primers. The results showed high genetic distance among accessions from Valle del Cauca and low genetic distance among accessions from Nariño, Cauca, Quindío, Caldas and Cundinamarca departments.

Physalis peruviana L. es una especie frutícola promisoria para la zona andina colombiana; sin embargo, no ha sido un recurso genético prioritario de conservación. En el estudio se estableció una colección de trabajo registrada en una base de datos computarizada de 222 accesiones recolectadas en los departamentos de Nariño, Valle del Cauca, Cauca, Caldas, Quindío y Cundinamarca que representan la variabilidad existente de cultivariedades nativas y espontáneas. Las semillas del material recolectado se encuentran en el cuarto frío del Centro Experimental de la Universidad Nacional de Colombia sede Palmira. Esta colección contribuye a la conservación y al estudio de la diversidad de esta especie y a la disponibilidad de una base genética para futuros programas de selección y mejoramiento genético.

Physalis peruviana L. is a promissory fruit specie for the Colombian Andean zone, however, it has not been a priority for genetic resource conservation. In this study a working collection of 222 accessions collected in the states of Nariño, Valle del Cauca, Cauca, Caldas, Quindío and Cundinamarca of Colombia was established and registered in a computational data base. It represent the variability present of native and spontaneous varieties. Seeds of the collected materials are available in cold room in the Experimental Center of The National University of Colombia at Palmira’s campus. This collection contributes to the conservation and genetic diversity studies of this specie. In addition its contributes to implement breeding programs.