Abstract The availability of bacterial strains for the study of bacterial resistance is key to advances in basic and clinical research. There are few biobanks of bacteria with known resistance mechanisms, isolated from clinically significant infections. A review of the literature reveals that only in the United States of America is there a biobank of resistant isolates. This publication shows the creation of the first biorepository of resistant bacteria Chile associated with the MICROB-R Laboratory Network, with the participation of 11 centers distributed throughout the country, which to date has more than 3,500 bacterial isolates studied phenotypically and genotypically, available to the Chilean scientific community.

Resumen La disponibilidad de cepas bacteriana para el estudio de la resistencia bacteriana es clave para los avances en la investigación básica y clínica respecto del tema. Existen pocos biorrepositorios o bancos de bacterias con mecanismos de resistencia conocidos, aisladas de infecciones clínicamente significativas. Una revisión de la literatura revela que sólo en los Estados Unidos de América existe un biobanco de aislados resistentes disponibles para estudios. En esta publicación se cuenta cómo se creó el primer biorrepositorio de bacterias resistentes en Chile asociados a la Red de Laboratorios MICROB-R, con la participación de 11 centros distribuidos a lo largo del país, que a la fecha cuenta con más de 3.500 aislados bacterianos estudiados fenotípica y genotípicamente, disponibles para la comunidad científica chilena.

We report a case of V. cholerae non-O1 / non-O139 bacteremia in an 81-year-old woman with abdominal pain, fever, vomiting, liquid stools, choluria and jaundice, while visiting a rural area without access to potable water. The identification was made by the MALDI-TOF mass spectrometry technique and subsequently the non-toxigenic non-O1 / non-139 strain was confirmed in the national reference laboratory. The molecular characterization demonstrated the absence of the cholera toxin gene (CTX), and the TCP pilus, however, presented 5 of 6 virulence genes present in an island of homologous pathogenicity named VPaI-7 of V. parahaemolyticus (vcs N2 +, vcs C2 +, vcs V2 +, toxR-, vspD +, T vopF +) and in addition it was positive for hylAy rtxA virulence genes recognized outside the island. This is the first case reported in Chile of a clinical strain of V. cholerae non-O1, non-O139 isolated from blood culture that carries in its genome a homologous segment of the pathogenicity island named VPaI-7 of V. parahaemolyticus, which codifies for a type III secretion system (TTSS) that probably contributes to his virulence.

Resumen Presentamos un caso de bacteriemia por Vibrio cholerae no-O1/ no-O139 en una mujer de 81 años con un cuadro de dolor abdominal, fiebre, vómitos, diarrea, coluria e ictericia, mientras visitaba una zona rural sin acceso a agua potable. La identificación se realizó por la técnica de espectrometría de masa MALDI-TOF, confirmándose una cepa no toxigénica no-O1/no-139. La caracterización molecular del aislado demostró la ausencia del gen de la toxina del cólera (CTX), y pilus TCP; sin embargo, presentó cinco de los seis genes de virulencia presentes en la isla de patogenicidad homóloga denominada VPaI-7 del V. parahaemolyticus (vcs N2+, vcs C2+, vcs V2+,toxR-, vspD+, T vopF+). Además, el aislado presentó los genes de virulencia hylA y rtxA. Este es el primer caso reportado en Chile de una cepa clínica de V. cholerae no-O1, no-O139 aislada de hemocultivos portador de un segmento homólogo de la isla de patogenicidad denominada VPaI-7 de V. parahaemolyticus, el cual codifica para un sistema de secreción tipo III (TTSS), que probablemente contribuye a su virulencia.

Backgound: The virulence factors of the Vibrio cholerae non-O1, non-O139 strains are not clearly known. The strain of septicemic origin NN1 Vibrio cholerae non-O1, non-O139 was sequenced previously by the Illumina platform. A fragment of the pathogenicity island VPaI-7 of V. parahaemolyticus was detected in its genome. Aim: To detect the virulence genes vcsN2, vcsC2, vcsV2, vspD, toxR2 y vopF in Chilean strains of V. cholerae non-O1, non-O139. Methods: A total of 9 Chilean strains of clinical origin of Vibrio cholerae non-O1, non-O139 isolated between 2006-2012 were analyzed by conventional PCR assays for type III secretion genes encoded on that island: vcsN2, vcsC2, vcsV2, vspD, toxR2 and vopF. Additionally, the presence of the virulence genes hylA and rtxA was determined. In addition, REP-PCR and ERIC-PCR assays were performed. Results: most (6/9) Chilean V. cholerae non-O1, non-O139 strains contain the type III secretion genes vcsN2, vcsC2, vcsV2, vspD, toxR2 and vopF, encoded in an island of pathogenicity. In addition, all (9/9) the strains contain the virulence genes hylA and rtxA. Conclusion: These results strongly suggest the possibility that those strains possess an important virulence potential in humans.

Resumen Introducción. Los factores de virulencia de las cepas de Vibrio cholerae no-O1, no-O139 no son claramente conocidos. La cepa de origen septicémico NN1 Vibrio cholerae no-O1, no-O139 fue secuenciada previamente mediante la plataforma Illumina, detectándose en su genoma un fragmento de la isla de patogenicidad VPaI-7 de V. parahaemolyticus. Objetivo: detectar los genes de virulencia vcsN2, vcsC2, vcsV2, vspD, toxR2 y vopF en cepas chilenas clínicas de V. cholerae no-O1, no-O139. Material y Métodos: Un total de 9 cepas chilenas de origen clínico de Vibrio cholerae no-O1, no-O139 aisladas entre 2006-2012 fueron analizadas mediante ensayos de reacción de polimerasa en cadena (RPC, en inglés PCR) convencional para los genes de secreción tipo III codificados en dicha isla: vcsN2, vcsC2, vcsV2, vspD, toxR2 y vopF. Adicionalmente se determinó la presencia de los genes de virulencia hylA y rtxA. Además, se realizaron ensayos de repetitive element palindromic PCR (REP-PCR) y Enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR (ERIC-PCR). Resultados: la mayoría (6/9) de las cepas chilenas de V. cholerae no-O1, no-O139 contiene todos los genes de secreción tipo III vcsN2, vcsC2, vcsV2, vspD, toxR2 y vopF, codificados en una isla de patogenicidad. Además, el total de las cepas (9/9) contiene los genes de virulencia hylA y rtxA. Conclusión: Estos resultados sugieren fuertemente la posibilidad que dichas cepas posean un potencial de virulencia importante en seres humanos.

Escherichia vulneris is a gram-negative bacillus that belongs to the family Enterobacteriaceae, with a questioned pathogenic role. However, it has been confirmed as the cause of wound infections. We report the case of a 12-year-old girl, previously healthy, with a diagnosis of septic arthritis of the right knee, secondary to a spinal lesion. Escherichia vulneris, an unusual etiology of septic arthritis in children, was isolated in the joint fluid. This case is one of the first cases of septic arthritis due to E. vulneris, secondary to a plant-derived foreign body in a child, described in the medical literature. The importance of performing the microbiological study of joint fluid in patients with septic arthritis caused by a foreign body of plant-derived origin is emphasized.

Resumen Escherichia vulneris es un bacilo gramnegativo, perteneciente a la familia Enterobacteriaceae, cuyo rol patógeno ha sido cuestionado. Sin embargo, se ha confirmado principalmente como causante de infecciones de heridas. Presentamos el caso de una niña de 12 años, previamente sana, con diagnóstico de una artritis séptica de rodilla derecha secundaria a una lesión con espina vegetal. En el estudio del líquido articular se aisló E. vulneris, una etiología poco habitual de artritis séptica en niños. Es uno de los primeros casos de artritis séptica por E. vulneris, secundaria a un cuerpo extraño vegetal en un niño, descritos en la literatura médica. Se enfatiza la importancia de realizar el estudio microbiológico del líquido articular en pacientes con artritis séptica originada por un cuerpo extraño de origen vegetal.

Neisseria subflava belongs to Neisseriaceae family, is considered a comensal specie, however in certain host, mainly inmunosuppresed patientes and children, the literature has documented invasive infections. We present a case of a bacteriemia due to N. subflava in a newborn, treated with cefotaxime with good outcome. In newborns, the most common Neisseria bacteria to cause invasive infections are N. meningitidis, with highly fatal clinical course and N. gonorrhoeae which compromise the eye, oftalmia neonatorum, with uncommon invasive infections. It’s very important the adequate microbiological diagnosis because the biochemical tests may be inconclusive. MALDITOF mass spectrometry technique is a useful tool.

Resumen Neisseria subflava es una especie considerada comensal dentro de la familia Neisseriaceae; sin embargo, en algunos hospederos inmunocomprometidos y en niños se ha documentado como agente causal de infecciones invasoras. Se presenta el caso clínico de un recién nacido con bacteriemia por N. subflava con buena respuesta a terapia con cefotaxima. Las bacterias del género Neisseria más frecuentes de causar infecciones en recién nacidos son N. meningitidis, de alta mortalidad y N. gonorrhoeae, que se manifiesta principalmente con oftalmia neonatorum. Se destaca la importancia de realizar un diagnóstico microbiológico adecuado dado que las pruebas biquímicas pueden ser no concluyentes. La técnica de espectrometría de masas MALDITOF resulta una herramienta de utilidad.

Antimicrobial susceptibility testing using Vitek® 2 (bioMérieux) cards inoculated directly from positive blood cultures was compared with the standard method for gramnegative rods. Two different protocols for the inoculum preparation were evaluated. Protocol 2 was faster and easier to perform. Rapid susceptibility testing was accurate and reduced time to results in 24 h.

Se comparó el ensayo de susceptibilidad a los antimicrobianos utilizando las tarjetas Vitek® 2 (bioMérieux) inoculadas directamente de hemocultivos positivos con el método estándar para bacilos gramnegativos. Se evaluaron dos protocolos diferentes para la preparación del inóculo. El segundo protocolo fue más rápido y fácil de realizar. Las pruebas de susceptibilidad rápida fueron precisas y redujeron el tiempo de los resultados en 24 h.

Background: Spondylodiscitis (SD) involves long periods of hospitalization, diagnostic latency and risk of long-term complications. No updated series are available in Chile and a change in demographic features and etiology is suspected. Aim: To characterize a group of patients with SD. Patients and Methods: Clinical series including patients over an 8 year period. Results: We identified 37 patients; 37.8% women and 62.2% men (mean age 66.8 years); 64.9% were elderly; 35.1% had diabetes and 21.6% urological comorbidity. Main symptoms were pain and fever. Erythrocyte sedimentation rate was elevated in 89.2%, and 86.5% patients had MRI, which was always confirmatory. Lumbar spine was the most common site of infection (43.2%). Etiology was identified in 28/37 patients: 71.4% yielded grampositive cocci (Staphylococcus aureus predominantly), Mycobacterium tuberculosis was identified in only 10.7%. Staphylococcus aureus was associated to medical comorbidities (p < 0,05) and gramnegative bacilli to hepatobiliar or intestinal symptoms (p < 0,05). Culture obtained by a surgical procedure had the highest yield. The average duration of antibiotic therapy was 63.8 days (IQR 53-72). Treatment-related side effects were detected in 18.9% of patients. The average hospital stay was 38.9 days. No deaths occurred during hospitalization. Motor sequelae were present in 18.9% of this series. Discussion: Most patients with SD were older adults. Staphylococcus aureus was predominant and M. tuberculosis was uncommon. Antibiotic side effects were relevant as well as the neurological complications.

Introducción: La espondilodiscitis (ED) implica prolongados períodos de hospitalización, de latencia diagnóstica y riesgo de complicaciones a largo plazo. No existen publicaciones recientes en Chile al respecto. Objetivos: Caracterizar un grupo de pacientes con ED. Pacientes y Métodos: Serie clínica, que incluyó pacientes en un período de ocho años. Resultados: 37 pacientes, 37,8% mujeres y 62,2% hombres, con promedio etario 66,8 años; 64,9% adultos mayores, 35,1% diabéticos y 21,6% con co-morbilidad urológica. Los principales síntomas fueron dolor y fiebre. 89,2% tuvo elevación de VHS. 86,5% contó con resonancia magnética, que siempre fue confirmatoria, siendo la columna lumbar la localización más frecuente (43,2%). Se identificó etiología en 28/37 pacientes: en 71,4% cocáceas grampositivas (Staphylococcus aureus predominantemente), sólo en 10,7% M. tuberculosis. Staphylococcus aureus estuvo asociado a co-morbilidades médicas en forma significativa (p < 0,05) y el grupo de bacilos gramnegativos a historia hepatobiliar y/o intestinal (p < 0,05). El método de mayor rendimiento fue el cultivo obtenido por punción quirúrgica. El tratamiento antimicrobiano fue indicado en promedio por 63,8 días (IQR 53-72), con reacciones adversas en 18,9%. La estadía hospitalaria fue 38,9 días promedio, no existiendo fallecidos durante este período. 18,9% presentó secuelas motoras. Discusión: La mayoría de pacientes con ED correspondió a adultos mayores, siendo S. aureus la principal etiología. Hubo una baja frecuencia de M. tuberculosis. Resultó considerable la magnitud de efectos adversos asociados a la terapia antimicrobiana y las complicaciones neurológicas.

Fungal peritonitis is a major complication of peritoneal dialysis associated with high mortality. Most survivors have a high rate of abandonment of peritoneal dialysis. We report a case of fungal peritonitis due to an unusual agent. An 83 year-old woman, with a history of type 2 diabetes mellitus and multiple episodes of bacterial peritonitis associated to technical flaws in the implementation of automated peritoneal dialysis, was admitted due to abdominal pain and cloudy peritoneal fluid. Rhodotorula mucilaginosa was identified in the peritoneal fluid by MALDI-TOF. She was treated with catheter removal and oral posaconazole for 14 days showing clinical resolution and non-recurrence.

La peritonitis fúngica es una complicación mayor de la diálisis peritoneal, con una alta mortalidad asociada y la mayoría de los sobrevivientes presentan una alta tasa de abandono de diálisis peritoneal como terapia de reemplazo renal. Se presenta un caso de peritonitis fúngica por un agente infrecuente. Mujer de 83 años, diabética con múltiples episodios de peritonitis bacteriana asociada a fallas técnicas en la ejecución de diálisis peritoneal automatizada, ingresa por cuadro clínico de dolor abdominal y líquido peritoneal turbio. Se confirmó la presencia de Rhodotorula mucilaginosa en líquido peritoneal mediante MALDI-TOF. Fue tratada con retiro del catéter y posaconazol oral por 14 días, presentando una evolución favorable.

Background: Cotrimoxazole is a therapeutic option for bone-related infections but is associated to hyperkalemia and renal failure. Tolerance to this drug may reduce length of stay (LOS) and hospital charges. Aims: To evaluate renal, potassium toxicity, clinical outcome, and use of hospital resources in patients treated with cotrimoxazole for bone-related infections. Methods: Retrospective analysis of adult patients with bone-related infections confirmed by culture and treated with this drug. Serum potassium and creatinine levels were analyzed during follow-up and risk factors for hyperkalemia were searched. Length of stay (LOS) and hospital charges were compared. Clinical outcome was evaluated as a secondary endpoint. Results: From 2011 to 2014, 23 patients were identified (mean age 64.7 years). Diabetes mellitus, peripheral vascular disease, and previous amputations prevalence were high (82.6%, 47.8%, and 43.5%, respectively). Median serum potassium concentration increased significantly at first control (4.35 mEq/L to 4.9 mEq/L; p < 0.001), and also creatinine serum concentration (0.9 to 1.1 mg/dL; p < 0.05). Seven patients developed hyperkalemia. Cotrimoxazole was discontinued in 10 patients (43.5%), and in 6, discharge was postponed. Drugs active against the renin-angiotensin system (DAARAS) were associated with kyperkalemia (OR 10.8 IC95 1.37-85; p < 0.05). LOS was higher among patients with cotrimoxazole toxicity (median LOS 56 versus 30 days, p < 0.05). Patients with no cotrimoxazole interruption had less drug-related hospital charges (median values of 563 versus 2820 USD, respectively; p < 0.01). Conclusions: Cotrimoxazole use must be monitored in order to detect hyperkalemia or renal toxicity and suspend its prescription. Patients that use DAARAS have a higher risk of kyperkalemia. LOS and drug-related hospital charges are reduced when patients can tolerate cotrimoxazole.

Antecedentes: Cotrimoxazol es una alternativa en infecciones óseas pero se ha asociado al desarrollo de falla renal e hiperkalemia. Objetivo: Evaluar toxicidad renal, hiperkalemia, estadía y gastos hospitalarios y evolución clínica en un grupo de pacientes con infecciones óseas tratados con este compuesto. Pacientes y Métodos: Estudio retrospectivo-descriptivo de pacientes adultos con infecciones óseas confirmadas con cultivos y tratados con este compuesto. Seguimiento de creatinina y kalemia y búsqueda de factores de riesgo para hiperkalemia, comparación de gastos y estadía hospitalaria y análisis de eficacia clínica. Resultados: Desde el año 2011 al 2014 se identificaron 23 pacientes (promedio de edad 64,7 años). La prevalencia de diabetes mellitus tipo 2 (82,6%), enfermedad vascular periférica (47,8%) y amputaciones previas (43,5%) fue elevada. La mediana de la kalemia basal aumentó significativamente al primer control (4,35 a 4,9 mEq/L) al igual que la creatinina plasmática (0,9 a 1,1 mg/dL). Siete pacientes desarrollaron hiperkalemia (30,4%). Se suspendió cotrimoxazol en 10 casos (43,5%) y en 6 casos se postergó el alta. El uso de fármacos activos contra el sistema renina-angiotensina (FASRA) se asoció a hiperkalemia (OR 10,8 IC95 1,37-85; p < 0,05). La estadía hospitalaria fue mayor en el grupo con toxicidad a cotrimoxazol (mediana de 56 versus 30 días; p < 0,05) y los pacientes sin suspensión de terapia tuvieron menos gastos por fármacos (medianas de 563 vs 2.820 USD, p < 0,01). Conclusiones: El uso de cotrimoxazol debe ser monitorizado para detectar hiperkalemia o toxicidad renal y suspender su prescripción. Los pacientes que usan FASRA tienen mayor riesgo de hiperkalemia. La estadía y gastos hospitalarios por fármacos son menores en pacientes que toleran el cotrimoxazol.

Background: Bacteremia due to Streptococcus bovis (now S. gallolyticus) has been traditionally associated to colon or hepatobiliar disease and endocarditis but there is no information on this matter in Chile. Aims: To describe clinical features of adult patients suffering bacteremia by S. bovis/S. gallolyticus, identify the source of the bacteremia and the frequency of endocarditis. Methods: Retrospective-descriptive study using laboratory records. Results: Between January 2003 and August 2014, 23 S. bovis/S. gallolyticus bacteremic events were identified among 22 patients. Mean age was 72.7 years (range 46-96). Co-morbidities were frequent (9.1 to 47.6%). The primary source of bacteremia was intestinal in 52.2%; hepatobiliar in 17.4% and in 34.8% it was not elucidated. Six patients had infective endocarditis (26.1%) and one patient had espondylodiscitis (4.3%). S. bovis represented 39.1% of isolates (all until 2008), S. gallolyticus subsp pasteurianus 39.1% and, S. gallolyticus subsp infantarius and S. gallolyticus subsp gallolyticus 8.7% each one, respectively. Association studies between the bacteremic source or endocarditis with specific S. gallolyticus subspecies were limited by the small number of isolates. Seven patients (30.4%) underwent surgical interventions. In-hospital mortality reached 21.7% (n = 5). Conclusions: Although infrequent, bacteremic events by S. gallolyticus/S. bovis have increased in-hospital mortality, require surgical intervention and affect older patients with co-morbidities. Near two-thirds suffer from colonic or hepatobiliary disease that act as the primary source of bacteremia. In addition, near one fourth is affected by infective endocarditis. Detection of S. gallolyticus/S. bovis in blood cultures prompts a thorough clinical evaluation in order to clarify the source of the bloodstream infection and the presence of complications.

Antecedentes: Los cuadros de bacteriemia por Streptococcus bovis (actualmente S. gallolyticus) han sido tradicionalmente asociados a patología colónica o hepatobiliar y endocarditis pero no se conoce de estudios en Chile que hayan abordado este tema. Objetivos: Describir aspectos clínicos de pacientes adultos afectados por bacteriemias por S. bovis/S. gallolyticus, identificar la fuente de la bacteriemia y la frecuencia de endocarditis. Métodos: Diseño de tipo retrospectivo, descriptivo, con el registro de casos bacteriemia. Resultados: Entre enero de 2003 y agosto de 2014 se identificaron 23 eventos de bacteriemia por S. bovis/S. gallolyticus en 22 pacientes. La edad promedio fue de 72,7 años (rango 46-96). La prevalencia de diferentes co-morbilidades fue elevada (9,1 a 47,6%). El foco primario de la bacteriemia fue intestinal en 52,2%, hepatobiliar en 17,4% y, en 34,8% no se aclaró el foco. Seis pacientes presentaron endocarditis infecciosa (26,1%) y uno espondilodiscitis (4,3%). S. bovis representó 39,1% de los aislados (todos hasta el 2008), S. gallolyticus subsp pasteurianus 39,1%, S. gallolyticus subsp infantarius y S. gallolyticus subsp gallolyticus 8,7%, respectivamente. Los estudios de asociación estuvieron limitados por el bajo número de aislados. Siete pacientes (30,4%) debieron ser intervenidos quirúrgicamente. La mortalidad hospitalaria fue de 21,7% (n: 5). Conclusiones: Aunque infrecuentes, los eventos de bacteriemia por S. gallolyticus/S. bovis tienen una elevada mortalidad hospitalaria, requieren con frecuencia procedimientos quirúrgicos y afectan a pacientes mayores con co-morbilidades. Cerca de dos tercios padecen de una patología colónica o hepatobiliar que actúa como foco primario y cerca de un cuarto presenta endocarditis infecciosa. La detección de este grupo bacteriano en los hemocultivos requiere una evaluación para establecer el origen de la bacteriemia y la presencia de complicaciones.

Non-typhoidal salmonellosis is an important cause of acute diarrhea in children. Generally they are acquired by consumption of contaminated food, but contact with reptiles is an increasing cause of this zoonoses. We describe three pediatric cases of gastroenteritis by Salmonella (Montevideo, Newport and Pomona), related to having turtles as pets. In two cases, the bacteria were isolated from the patient’s stools and the turtle’s droppings. The same genetic subtype by PFGE was obtained in both isolates. All the children recovered. Information and public health measures should be undertaken to control this zoonoses which affects young children.

Las infecciones por Salmonella no tíficas, son una importante causa de diarrea aguda en niños. Generalmente adquiridas por alimentos contaminados, el contacto con animales, especialmente reptiles, también es responsable de esta zoonosis. Describimos tres casos de lactantes con gastroenteritis por Salmonella (S. Montevideo, S. Newport y S. Pomona), relacionados a contacto con tortugas mascotas. En dos de los casos se aisló Salmonella en las deposiciones de los niños y de las tortugas. En todos hubo proximidad entre los niños y los acuarios y/o tortugas, siendo probable la contaminación en la preparación de alimentos. El estudio de clonalidad por electroforesis de campo pulsado demostró el mismo subtipo genético en el aislado correspondiente al paciente y en el procedente de la mascota, lo cual confirmó la fuente zoonótica de los casos. Esta zoonosis debe ser abordada por las autoridades de salud y las sociedades científicas, ya que representa un importante riesgo para la salud, especialmente de niños pequeños.

N. meningitidis serogroup W has recently been introduced into Chile. This serogroup has been associated with hypervirulent strains capable of causing outbreaks. Furthermore, there is data suggesting that the spectrum of clinical manifestations varies among different serogroups. Here we describe three cases of community acquired respiratory infections caused by N. meningitidis W, which were diagnosed by blood culture during 2013 in our hospital.

Recientemente se ha descrito la introducción del serogrupo W de Neisseria meningitidis en Chile. La emergencia de este serogrupo se ha asociado con la presencia de cepas hipervirulentas las que tienen la capacidad de 5 diseminarse y producir brotes epidémicos. Además, hay datos que sugieren que existen diferencias en las presentaciones clínicas entre los serogrupos. Presentamos tres pacientes con infecciones respiratorias de la comunidad causadas por N. meningitidis W, que fueron diagnosticados por hemocultivos en nuestra clínica durante el año 2013.