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Abstract The Program for Biodiversity Research (PPBio) is an innovative program designed to integrate all biodiversity research stakeholders. Operating since 2004, it has installed long-term ecological research sites throughout Brazil and its logic has been applied in some other southern-hemisphere countries. The program supports all aspects of research necessary to understand biodiversity and the processes that affect it. There are presently 161 sampling sites (see some of them at Supplementary Appendix), most of which use a standardized methodology that allows comparisons across biomes and through time. To date, there are about 1200 publications associated with PPBio that cover topics ranging from natural history to genetics and species distributions. Most of the field data and metadata are available through PPBio web sites or DataONE. Metadata is available for researchers that intend to explore the different faces of Brazilian biodiversity spatio-temporal variation, as well as for managers intending to improve conservation strategies. The Program also fostered, directly and indirectly, local technical capacity building, and supported the training of hundreds of undergraduate and graduate students. The main challenge is maintaining the long-term funding necessary to understand biodiversity patterns and processes under pressure from global environmental changes.

https://doi.org/10.1590/0001-3765202120201604 1034 downloads

Effect of environmental parameters on squamate reptiles in an urban forest fragment in central Amazonia
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ALMEIDA-CORRÊA, Thais

; FRAZÃO, Luciana

; COSTA, Diogo Magalhães

; MENIN, Marcelo

; KAEFER, Igor Luis

Acta Amazonica

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Set 2020, Volume 50 Nº 3 Páginas 239 - 245

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

RESUMO A crescente urbanização do bioma amazônico promoveu a criação de vários fragmentos florestais cercados por uma matriz urbana, mas a relação das assembleias de animais com o ambiente urbano, especialmente nos fragmentos florestais, é pouco conhecida. Aqui, objetivamos 1) determinar a composição da fauna de répteis escamados do maior fragmento de floresta urbano da Amazônia Central, na cidade brasileira de Manaus, e 2) avaliar a influência de parâmetros ambientais sobre a diversidade desta assembleia. Foram amostradas 10 parcelas ripárias padronizadas por meio de busca visual em seis amostragens entre 2008/09 e 2015, totalizando 360 horas-observador. Encontramos 15 espécies de lacertóideos (lagartos e anfisbenas) e sete espécies de serpentes por meio de busca ativa. Após considerar encontros ocasionais e coleções científicas, registramos um total de 24 espécies de lacertóideos e 22 espécies de serpentes. Modelos de regressão múltipla indicaram que a riqueza de espécies e abundância de indivíduos aumentaram com a distância da borda do fragmento, enquanto outras variáveis estruturais do ambiente não afetaram a assembleia. Concluímos que este fragmento florestal 1) consiste em um subamostra do conjunto regional de espécies, e 2) sofre redução da riqueza de espécies e abundância de indivíduos do centro para as bordas. Este e outros fragmentos de floresta urbana deveriam ser monitorados continuamente para avaliar seus papéis a longo prazo na manutenção da biodiversidade tropical.

ABSTRACT The increasing urbanization of the Amazonian biome has promoted the creation of several forest fragments surrounded by an urban matrix, but the relationship of animal assemblages to the urban environment, especially in forest fragments, is poorly known. Here we aimed to 1) determine the composition of the squamate fauna of the largest urban forest fragment from central Amazonia, in the Brazilian city of Manaus, and 2) evaluate the influence of environmental parameters on assemblage diversity. We sampled 10 standardized riparian plots through visual search in six surveys between 2008/09 and 2015, totaling 360 observer-hours. We found 15 species of lacertoids (lizards and amphisbaenians) and seven species of snakes through active search. After considering occasional encounters and search in museum collections, we recorded a total of 24 lacertoid and 22 snake species. Multiple regression models indicated that species richness and abundance of individuals increased with the distance from the edge of the fragment, while other structural parameters of the environment did not affect the assemblage. We conclude that this forest fragment 1) consists of a subset of the regional species pool, and 2) undergoes reduction of species richness and abundance of individuals from the center to the borders. This and additional urban forest fragments should be continually monitored in order to evaluate their long-term role in maintaining the tropical biodiversity.

https://doi.org/10.1590/1809-4392201904423 1481 downloads

Species richness and composition of snake assemblages in poorly accessible areas in the Brazilian Amazonia
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Frazão, Luciana

; Oliveira, Maria Ermelinda

; Menin, Marcelo

; Campos, Juliana

; Almeida, Alexandre

; Kaefer, Igor L.

; Hrbek, Tomas

Biota Neotropica

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2020, Volume 20 Nº 1 elocation e20180661

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Resumo: Serpentes compõem um diverso grupo de animais vertebrados terrestres pertencentes à ordem Squamata. Apesar de serem um dos grupos mais diversos do mundo, na Amazônia, as informações acerca da taxonomia e distribuição de serpentes são limitadas quando comparadas com as disponíveis para outros grupos de vertebrados. Além disso, na Amazônia existe um viés de amostragem em áreas geograficamente próximas aos centros urbanos e locais densamente povoados. Isso por sua vez leva a falsas diferenças de distribuição em áreas pouco amostradas. Neste artigo nós apresentamos a composição de assembleias de serpentes em seis áreas na Amazônia brasileira, baseada em amostragens de campo padronizadas e realizadas durante quatro anos. Foram amostradas 70 espécies de oito famílias: Typhlopidae (n=1), Leptotyphlopidae (n=1), Anillidae (n=1), Boidae (n=5), Colubridae (n=15), Dipsadidae (n=35), Elapidae (n=7) e Viperidae (n=5). A maior riqueza foi registrada no Rio Trombetas e a menor no Rio Jatapu. A beta diversidade total foi de 0.40 e a substituição foi a principal força que estruturou as comunidades (72.5%). A Procura Visual Limitada por Tempo foi o método que registrou a maior abundância de serpentes nas áreas amostradas (44.1%) e também a maior riqueza (n=40). Entretanto, algumas espécies foram registradas somente por outros métodos como armadilhas de interceptação e queda. Apesar do grande número de espécies registradas, nenhuma das áreas compreendeu mais de 40% das espécies amostradas em todas as áreas, indicando que as serpentes são pouco detectadas mesmo com grande esforço amostral em diferentes áreas da distribuição das espécies.

Abstract: Snakes are a diverse group of terrestrial vertebrates of the order Squamata. Despite that, in the Amazonian biome, information about distribution and identification of snakes is limited when compared to other groups. Additionally, in Amazonia there is a sampling bias towards areas geographically close to urban centers and more densely populated areas. This in turn leads to false distribution gaps in poorly accessible areas of Amazonia. In this article we report the composition of snake assemblages in six areas of the Brazilian Amazonia, based on field sampling conducted over four years using standardized methods. We sampled 70 species from eight families: Typhlopidae (n=1), Leptotyphlopidae (n=1), Anillidae (n=1), Boidae (n=5), Colubridae (n=15), Dipsadidae (n=35), Elapidae (n=7), and Viperidae (n=5). The largest number of species was recorded in the Trombetas River area and the lowest in the Jatapu River area. The total beta diversity was 0.40 and the snake assemblages were structured mainly by replacement (72.5%). The time-limited search was the method that recorded the greatest number of individuals in the studied areas (44.1%) and also the greatest number of species (n=40). However, some species were recorded only by other methods such as interception by pitfall traps with directional fences. Despite the large number of species sampled in the study, no particular area comprised more than 40% of species registered in all the areas, indicating that snakes are poorly detected even with large sampling effort across multiple areas of a species distribution.

https://doi.org/10.1590/1676-0611-bn-2018-0661 1964 downloads

Anuran diversity in urban and rural zones of the Itacoatiara municipality, central Amazonia, Brazil
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MENIN, Marcelo

; FERREIRA, Rafaela Fernanda Batista

; MELO, Izomar Barbosa

; GORDO, Marcelo

; HATTORI, Gustavo Yomar

; SANT’ANNA, Bruno Sampaio

Acta Amazonica

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Abr 2019, Volume 49 Nº 2 Páginas 122 - 130

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

RESUMO Poucos estudos avaliaram a diversidade de anuros em fragmentos florestais urbanos ou em áreas com diferentes graus de impacto antrópico na Amazônia. Neste estudo foi determinada a composição e abundância de anuros em áreas urbanas e rurais no município de Itacoatiara, na Amazônia central, Brasil. Anuros foram amostrados entre janeiro de 2012 e maio de 2013 em 10 locais na área urbana e cinco na área rural. Um total de 1.538 indivíduos (930 na área rural e 608 na área urbana) foram registrados, compreendendo 29 espécies e cinco famílias. A área rural apresentou maior riqueza de espécies, com 10 espécies exclusivas. Todas as espécies identificadas na área urbana também foram encontradas na área rural, mas a abundância das espécies entre ambas áreas variou consideravelmente. Curvas de rarefação por amostragem e por número de indivíduos tenderam à estabilização na riqueza de espécies somente na área urbana. Concluímos que a comunidade de anuros na área urbana está empobrecida devido à ausência de muitas espécies associadas à ambientes inalterados de florestas de terra firme, várzea e igapó. A degradação da qualidade e a perda de habitat nas paisagens urbanas são os principais fatores que ameaçam a diversidade de anfíbios. A comunidade de anuros registrada neste estudo foi similar às de outros habitats na Amazônia. Medidas de conservação envolvendo anuros nesta região devem considerar a preservação de um mosaico de habitats que inclua áreas naturais de floresta de terra firme, várzea e igapó.

ABSTRACT Few studies in the Amazon region have evaluated anuran diversity in urban forest fragments or in areas with differing degrees of anthropogenic impact. We determined the composition and abundance of the anurofauna in urban and rural sites within the municipality of Itacoatiara in central Amazonia, Brazil. Specimens were sampled from January 2012 to May 2013 in 10 urban sites and five rural sites. A total of 1,538 anurans (930 in rural sites and 608 in urban sites) were recorded, belonging to 29 species in five families. Species richness was higher in rural sites, with 10 exclusive species. All species found in urban sites were also found in rural sites, however, species abundance varied considerably between the habitats. Sampling- and individual-based rarefaction curves showed a tendency toward stabilization of species richness only in the urban sites. We concluded that the anuran assemblages in the urban sites are depauperate due to the absence of many species associated to pristine terra firme or várzea and igapó forests. Habitat loss and quality degradation in urban landscapes are the main factors threatening amphibian diversity. The anuran assemblages in our study areas were similar to those recorded in other Amazonian habitats. Conservation measures involving anurans in this region should consider the preservation of habitat mosaics, including both pristine terra firme, várzea and igapó forests.

https://doi.org/10.1590/1809-4392201800284 1468 downloads

Diversidade de anfíbios e répteis Squamata na região do baixo rio Purus, Amazônia Central, Brasil
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Waldez, Fabiano

; Menin, Marcelo

; Vogt, Richard Carl

Biota Neotropica

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Mar 2013, Volume 13 Nº 1 Páginas 300 - 316

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

A região do baixo rio Purus na Amazônia Central - Brasil representa uma área de relevante interesse para conservação de anfíbios e répteis. No entanto, há pouca informação disponível sobre estes grupos taxonômicos para áreas de florestas de terra firme e florestas de várzea, principais paisagens nesta região. Nesse estudo, realizamos uma amostragem ampla em esforço e área, em dois períodos: 2004-2005 e 2009-2010. Utilizamos técnicas complementares eficientes na amostragem da herpetofauna em florestas tropicais: procura ativa limitada por tempo (PLT), armadilhas de interceptação e queda (AIQ) e armadilhas de interceptação com funis duplos (AIF). Foram registradas 160 espécies, sendo 75 de anfíbios (73 anuros e dois gimnofionos) e 85 de répteis (34 lagartos e 51 serpentes). O registro do anuro Dendropsophus allenorum foi o primeiro para o Brasil. Comparando a eficiência dos métodos de coleta, a busca ativa por coletores capacitados (PLT) foi o método mais eficaz na amostragem da herpetofauna; seguido das AIQ, eficientes na captação de anuros terrícolas e lagartos de serrapilheira nas florestas de terra firme. Não utilizamos AIQ nas áreas de várzea por estas terem solos hidricamente saturados. As AIF, apesar de menos eficientes na amostragem de anuros e lagartos, foram eficazes na captura serpentes e facilmente adaptáveis aos solos hidromórficos das várzeas. Uma maior riqueza de espécies e famílias foi encontrada nas florestas de terra firme. As florestas de várzea tiveram uma marcante ausência de famílias fossoriais e de serrapilheira. No entanto, nas florestas de várzea encontramos um maior número de espécies de anuros arborícolas (Hylidae) e de lagartos heliotérmicos maiores (Teiidae). Entretanto, avaliando separadamente cada período de amostragem, a riqueza de espécies da herpetofauna torna-se similar entre os diferentes tipos de paisagens florestais, tendendo ser maior nas florestas de terra firme. Apesar de similares em número espécies, as florestas de terra firme e de várzea foram diferentes quanto ao conjunto das espécies. A diversidade complementar de anfíbios e répteis Squamata entre florestas de terra firme e de várzea (diversidade beta-β), paisagens de maior abrangência local, possivelmente representa a maior contribuição para a diversidade regional da herpetofauna no baixo rio Purus (diversidade Gama-γ).

The lower Purus River Basin, Central Amazonia - Brazil, represents an area of prominent interest for conservation of amphibians and reptiles. However, there is little available information about these groups for flooded and nonflooded forests, the major landscapes in this region. We sampled a representative area over two periods: 2004-2005 and 2009-2010. We used efficient and complementary techniques for sampling the herpetofauna in rainforests: time constrained audio-visual search (TAVS), pitfall traps with drift fence (PFDF) and double-ended funnel traps with drift fence (FTDF). We recorded a total of 160 species, including 75 amphibians (73 frogs and two caecilians) and 85 reptiles (34 lizards and 51 snakes). The occurrence of the anuran Dendropsophus allenorum represents the first record for Brazil. Comparing the efficiency of the sampling methods, the TAVS was the best method in sampling efficiency for the majority of the herpetofauna species; followed by the PFDF, efficient in sampling terrestrial frogs and litter lizards in the nonflooded forests. We did not use the PFDF in the flooded forests because the soil was water saturated. Despite its low efficiency in sampling terrestrial frogs and litter lizards, the FTDF, was efficient in snake capture and easily adaptable to the saturated soil in flooded forests. The greatest richness of species and groups was found in the nonflooded forests. Families of fossorial and litter species were mostly absent from the flooded forests. However, in the flooded forests we found a large number of arboreal frogs (Hylidae) and of larger heliothermic lizards (Teiidae). When we evaluated each sample period separately, we found a similar richness of the herpetofauna between the different types of forest landscapes, with a bias towards higher diversity in the nonflooded forests. In spite of similar species numbers, the nonflooded and flooded forests had different species assemblages. The total amphibian and Squamata reptilian diversity between the nonflooded and flooded forests (beta-β diversity), sites with more widespread landscapes, possibly represents the major contribution to the regional herpetofauna diversity in the lower Purus River Basin (Gama-γ diversity).

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Distribution of frogs in riparian areas of an urban forest fragment in Central Amazonia
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Tsuji-Nishikido, Bruno Minoru

; Menin, Marcelo

Biota Neotropica

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Jun 2011, Volume 11 Nº 2 Páginas 63 - 70

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

O objetivo do presente estudo foi avaliar os efeitos de variáveis ambientais (largura do baixio, tamanho do corpo d'água, profundidade da liteira e distância da borda) sobre a abundância e riqueza de espécies de anuros em áreas ripárias de um fragmento florestal urbano na Amazônia Central. O estudo foi realizado no campus da Universidade Federal do Amazonas, Manaus, Brasil, entre maio de 2008 e abril de 2009, onde três amostragens diurnas e três noturnas foram realizadas em dez parcelas permanentes. Foram encontradas 17 espécies pertencentes a sete famílias. O número de espécies registrado por parcela variou de sete a 14. Foi detectado um efeito significativo da distância da borda sobre a riqueza de espécies, onde um menor número de espécies foi registrado em parcelas localizadas próximas às bordas do fragmento. As variáveis analisadas não apresentaram efeitos sobre a abundância de cada espécie.

This study aimed to evaluate how environmental variables (width of valley, stream size, forest edge distance, and leaf-litter depth) affect the abundance and richness of species of frog species in riparian areas of an urban forest fragment in Central Amazonia. The study was conducted at the campus of the Universidade Federal do Amazonas, Manaus, Brazil, between May 2008 and April 2009, when three nocturnal and diurnal samples were taken from ten plots. A total of 17 species belonging to seven families were registered. The number of species recorded per plot varied from seven to 14. We detected a relationship between the edge distance and richness: the plots with lower richness were located near the fragment border. The variables had no significant effect on abundance of each species.

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Species richness, relative abundance, and habitat of reproduction of terrestrial frogs in the Triângulo Mineiro region, Cerrado biome, southeastern Brazil
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Giaretta, Ariovaldo A.

; Menin, Marcelo

; Facure, Kátia G.

; Kokubum, Marcelo N. de C.

; Oliveira Filho, Júlio C. de

Iheringia. Série Zoologia

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Jun 2008, Volume 98 Nº 2 Páginas 181 - 188

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Neste estudo foram determinados a riqueza, abundância relativa e hábitat de reprodução de anuros terrestres em três municípios do Triângulo Mineiro, sul do Bioma Cerrado, sudeste do Brasil, baseados em observações de campo e armadilhas de interceptação e queda. Foram encontradas 32 espécies pertencentes às famílias Brachycephalidae, Bufonidae, Cycloramphidae, Dendrobatidae, Leiuperidae, Leptodactylidae e Microhylidae. Muitas dessas espécies foram encontradas em áreas abertas e se reproduziram em ambientes artificiais gerados por ação antrópica, tais como lagos (10 espécies) e poças (14 espécies). Physalaemus cuvieri Fitzinger, 1826 (Leiuperidae) foi a espécie dominante, representando 48% do total amostrado. Um grande número de indivíduos de diferentes espécies foi capturado na estação chuvosa, quando muitas das espécies estavam reproduzindo. As áreas amostradas na região do Triângulo Mineiro apresentaram um maior número de espécies quando comparadas com outras áreas do bioma Cerrado, o que pode ser atribuído à maior área amostrada, ao maior esforço de coleta, baixa altitude e presença de hábitats gerados por ação antrópica. A riqueza de anuros terrestres também foi maior do que àquela encontrada em localidades florestadas no sudeste do Brasil, indicando que o número de espécies não pode ser explicado somente pela precipitação e tipo de cobertura vegetal da área. A grande abundância de indivíduos durante a estação chuvosa pode estar relacionada ao maior movimento de adultos para hábitats de reprodução e ao recrutamento e dispersão de juvenis. A heterogeneidade dos ambientes no bioma Cerrado, incluindo algumas de suas áreas com maiores altitudes, contribui para a alta diversidade (local e regional) de espécies de anuros.

Based on field observations and pitfall sampling, we determined the species richness, relative abundance, and reproductive habitat of terrestrial frogs in three municipalities in the Triângulo Mineiro region, south Cerrado biome, in southeastern Brazil. We found thirty-two species of terrestrial frogs, belonging to the families Brachycephalidae, Bufonidae, Cycloramphidae, Dendrobatidae, Leiuperidae, Leptodactylidae and Microhylidae. Most of the species were found in open areas and reproduced in human-generated environments, such as artificial lakes (10 species) and ponds (14 species). Dominance was high, with Physalaemus cuvieri Fitzinger, 1826 (Leiuperidae) representing 48% of sampled frogs. A larger number of individuals was captured in the wet season, when most of the species were reproducing. Compared to other areas of Cerrado biome, the Triângulo Mineiro sites presented a larger number of species, which may be attributed to the larger sampled area and greater sampling effort, lower altitude and presence of human generated habitats. The richness of terrestrial frogs was also larger than that in some forested localities in southeastern Brazil, indicating that the number of species cannot be explained only by precipitation and type of vegetation cover. The greater abundance of individuals during the wet season may be related to a greater movement of adults to breeding sites and to juvenile recruitment/dispersion. The heterogeneity of environments in the Cerrado biome, including its several isolated highlands, contributes to its high (local and regional) diversity of frogs.

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Resource use and coexistence of two syntopic hylid frogs (Anura, Hylidae)
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Menin, Marcelo

; Rossa-Feres, Denise de C.

; Giaretta, Ariovaldo A.

Revista Brasileira de Zoologia

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Mar 2005, Volume 22 Nº 1 Páginas 61 - 72

Resumo: Pt En | Texto: Pt En | PDF: Pt | PDF: En

Os objetivos deste trabalho foram medir e comparar a amplitude e a sobreposição de nicho de Hyla nana e Hyla sanborni em três poças vizinhas. As dimensões de nicho medidas foram a ocorrência sazonal, o sítio de vocalização e a dieta, além da sobreposição multidimensional. Machos de H. nana são maiores que os de H. sanborni. A ocorrência sazonal de H. sanborni foi maior nos corpos d'água permanentes, enquanto H. nana apresentou maior período de ocorrência no corpo d'água temporário. O sítio de vocalização foi similar para ambas as espécies; no entanto, H. sanborni ocupou poleiros mais altos do que H. nana. Diptera (Nematocera) foi o item mais consumido por ambas as espécies nos três corpos d'água, mas, em geral, H. nana consumiu presas maiores que H. sanborni. O consumo de presas foi relacionado à sua disponibilidade no ambiente para ambas as espécies. A sobreposição multidimensional entre H. nana e H. sanborni foi mais alta nos corpos d'água permanentes do que no corpo d'água temporário, onde H. sanborni foi rara. Estas espécies ocorreram em abundâncias diferentes nos três corpos d'água, consumiram presas de tamanhos diferentes e provavelmente possuem diferença no período de alimentação. Além disso, os dados obtidos sugerem que diferenças estruturais nos corpos d'água podem modificar a dinâmica de partilha de recursos entre estas espécies. Apesar da grande sobreposição encontrada nos sítios de vocalização e categoria de presas ingeridas, diferenças detectadas em outras dimensões (ocorrência sazonal e volume de presas consumidas) podem ser suficientes para permitir a coexistência destas espécies.

The objectives of this study were to measure and compare niche breadth and overlap of males of Hyla nana Boulenger, 1889 and Hyla sanborni Schmidt, 1944 in three neighboring ponds. The measured niche dimensions were seasonal occurrence, call site, and diet. The reproductive season of H. sanborni was longer in permanent ponds, whereas H. nana had a longer reproductive season in the temporary pond. Call site characteristics were similar for both species, however H. sanborni called from higher perches than H. nana. Diptera (Nematocera) were the most consumed item by both species in the three ponds but, in general, H. nana ingested larger prey than H. sanborni. For both species, the consumption of prey types was correlated with the availability in the environment. The multidimensional overlap between H. nana and H. sanborni was higher in the permanent ponds than the temporary pond, in which H. sanborni was rare. These species differed in abundance among ponds, consumed prey of different sizes, and probably fed in different time periods. Moreover, the data obtained suggest that structural differences in the ponds may modify the dynamics of resource partitioning between the two species. Beside the great overlap found in the major niche dimensions analyzed the detected differences may be great enough to allow their coexistence.

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Reproductive biology of Hyla goiana (Anura, Hylidae)
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Menin, Marcelo

; Silva, Rodrigo A.

; Giaretta, Ariovaldo A.

Iheringia. Série Zoologia

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Mar 2004, Volume 94 Nº 1 Páginas 49 - 52

Resumo: En | Texto: En | PDF: En

Male-male and male-female interactions, reproductive habitat, and vocalizations of Hyla goiana B. Lutz, 1968 a member of H. polytaenia species group, are described. Three groups of calling males were surveyed along a small stream, at the Estação de Pesquisa e Desenvolvimento Ambiental de Galheiro, Perdizes municipality, State of Minas Gerais, Brazil. The mean distance between the nearest calling neighbors was 2.7 m, in accordance with an uniform distribution. Clutches (mean 180 eggs) were deposited in the stream, submerged and attached to plants. In two observed courtships the female moved towards a calling male that rapidly clasped her. In the male-male interaction, the males emitted advertisement and encounter calls and then engaged in physical combat. The males have a prepollical fang-like spine on each hand and several of them were observed with scratches on dorsum. The advertisement call consists of alternating harsh notes and a trilled of brief notes. The frequency of the call is lower than that of H. aff. polytaenia and H. cipoensis B. Lutz, 1968. The clutch characteristics of H. goiana are similar to those described for H. polytaenia Cope, 1870 and H. cipoensis.

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