RESUMO O monitoramento e a avaliação ambiental confiáveis necessitam mapas de alta qualidade de uso e cobertura da terra. Para o bioma Amazônia, os projetos TerraClass e MapBiomas usam diferentes metodologias para criar esses mapas. Nós avaliamos a concordância entre os produtos gerados pelo TerraClass e pelo MapBiomas (Coleções 2 e 3) para o bioma Amazônia, de 2004 a 2014. Mais especificamente: (1) descrevemos as legendas dos projetos com base no LCCS (Land Cover Classification System); (2) analisamos as diferenças entre as classes; e (3) comparamos as diferenças de mapeamento entre os estados brasileiros total ou parcialmente incluídos no bioma Amazônia. As classificações foram comparadas em uma abordagem pixel a pixel e a avaliação foi baseada em matrizes de concordância. A concordância global entre os projetos foi de 87.4% (TerraClass x MapBiomas 2) e 92.0% (TerraClass x MapBiomas 3). Analisamos as diferenças metodológicas entre os projetos para explicar as discordâncias existentes na identificação das classes. Concluimos que a utilização dos produtos dos dois projetos de forma complementar, sem uma apropriada adaptação de legendas, não é recomendada para a análise de mudança de uso e cobertura da terra. Dependendo da aplicação, um sistema de mapeamento pode ser mais adequado do que o outro.

ABSTRACT Reliable environmental monitoring and evaluation require high-quality maps of land use and land cover. For the Amazon biome, the TerraClass and MapBiomas projects apply different methodologies to create these maps. We evaluated the agreement between land cover and land use maps generated by TerraClass and MapBiomas (Collections 2 and 3) for the Brazilian Amazon biome, from 2004 to 2014. Specifically, we: (1) described both project legends based on the LCCS (Land Cover Classification System); (2) analyzed the differences between their classes; and (3) compared the mapping differences among the Brazilian states that are totally or partially covered by the Amazon biome. We compared the classifications with a per-pixel approach and performed an evaluation based on agreement matrices. The overall agreement between the projects was 87.4% (TerraClass x MapBiomas 2) and 92.0% (TerraClass x MapBiomas 3). We analyzed methodological differences to explain the disagreements in class identification. We conclude that using these maps together without a properly adapted legend is not recommended for the analysis of land use and land cover change. Depending on the application, one mapping system may be more suitable than the other.

As imagens da série de satélites CBERS são distribuídas gratuitamente, mas para que seja possível utilizá-las, é necessário aplicar um método de correção geométrica. É proposta uma melhoria do processo de correção automática de forma a selecionar as melhores amostras de referência a partir das quais é possível definir pontos de controle usados para o cálculo dos parâmetros do modelo usado na correção. Para demonstrar a eficácia, o método proposto é aplicado em um conjunto de imagens CBERS usando as amostras de imagens selecionadas.

The CBERS satellite images are freely distributed, but a geometric correction method is required to allow their use. We propose improvements over the automatic correction method by selecting the best reference samples from which control-points are generated. Further, those tie points will be used to define the geometric model used on the correction process. To demonstrate the effectiveness and performance gain we applied the correction method to a set of selected CBERS images using the automatically selected samples.

Métodos de simulação de imagens orbitais são frequentemente utilizadas na avaliação do desempenho de determinado sistema-sensor. A partir do emprego destas técnicas é possível analisar e estimar o comportamento das imagens que serão geradas pelos sensores projetados, possibilitando uma estimativa da qualidade e das aplicações decorrentes do lançamento do satélite. Neste contexto, torna-se de fundamental importância a análise das imagens orbitais e das possíveis aplicações provenientes do satélite CBERS-4, que deve ser lançado ao final do ano de 2014 e terá uma política de distribuição gratuita dos dados. Deste modo, o objetivo deste trabalho é avaliar o potencial da câmera MUX do CBERS-4, com 20 m de resolução espacial, para mapeamento de cobertura do solo do município de Apuí no estado do Amazonas. Para isto, as imagens MUX são simuladas a partir de imagens do satélite RapidEye e filtragem baseada no modelo do processo de imageamento. Para avaliar os resultados da simulação, uma imagem da câmera TM do satélite Landsat-5 é processada para produzir um mapa de cobertura de solo, que é comparada ao mapa gerado pela imagem MUX simulada do CBERS-4. Os valores de NDVI calculados a partir das imagens MUX simulada e TM-5 também são analisados. Os experimentos mostram que o processamento das imagens simuladas da câmera MUX apresentaram resultados semelhantes aos das imagens do sensor TM. Em geral, as classificações da cobertura do solo para os sensores MUX e TM apresentam boa concordância, com acurácia global de 87% e Kappa de 0,72. Ainda, percebe-se que os valores de NDVI estimados pela MUX são em média 25% maiores que os valores estimados pelo TM e apresentam uma correlação de 85% (significante a 0.05, teste t-student).

Simulation methods of orbital images are usually applied to evaluate the performance of a specific sensor. From the use of these techniques, is possible to analyze and estimate the behavior of predict sensor images, allowing an analysis of future applications. In this context, is necessary the assessment of satellite-based images and the possible applications derived by CBERS-4, which should be released at the end of 2014 and will have a policy of free distribution of the data. Thus, this study aims at evaluating the potential of the camera CBERS-4 MUX with 20 m spatial resolution for land cover mapping. For this, images MUX are simulated from RapidEye image using filtering techniques based on the imaging process. To evaluate the simulation results, an image of the camera Landsat-5 TM is processed to produce a land cover and NDVI maps and compare them to the maps generated by the simulated CBERS-4 MUX image. The experiments show that the results obtained by simulated image MUX were very similar to the ones obtained by TM-5. Overall, the classifications of land cover for the MUX and TM sensors exhibit good agreement, with an overall accuracy of 87% and Kappa of 0.72. Also, we noticed that NDVI values estimated by the MUX are 25% higher than the values estimated by the TM and have a correlation of 85% (significant at 0.05, Student's t test).

Em razão da recomendação da Organização Mundial da Saúde sobre o uso do sistema mycobacteria growth indicator tube (MGIT) 960 para o diagnóstico de tuberculose e da falta de evidências sobre o impacto clínico de sua incorporação em sistemas de saúde, um ensaio clínico pragmático está sendo conduzido para avaliar o desempenho clínico e a relação custo-efetividade do MGIT 960 em duas unidades do Sistema Único de Saúde na cidade do Rio de Janeiro, que tem uma elevada incidência de tuberculose. Apresentamos aqui, de forma sintética, o método e resultados preliminares do ensaio. (ISRCTN.org Identifier: ISRCTN79888843 [http://isrctn.org/])

In view of the fact that the World Health Organization has recommended the use of the mycobacteria growth indicator tube (MGIT) 960 system for the diagnosis of tuberculosis and that there is as yet no evidence regarding the clinical impact of its use in health care systems, we conducted a pragmatic clinical trial to evaluate the clinical performance and cost-effectiveness of the use of MGIT 960 at two health care facilities in the city of Rio de Janeiro, Brazil, where the incidence of tuberculosis is high. Here, we summarize the methodology and preliminary results of the trial. (ISRCTN.org Identifier: ISRCTN79888843 [http://isrctn.org/])

This quantitative, exploratory and descriptive study aimed to ascertain actions for the prevention of breast cancer among 20 nursing lecturers at the Federal University of Paraíba. The data was collected in August and September 2011, and the results showed that among the participants, the predominant age range was 40 - 50 years old, and that 60% worked exclusively as lecturers. It was confirmed that 17(85%) participants undertake examinations for prevention of breast cancer, principally through ultrasound of the breast and mammography, but that only 45% carry out monthly self-examination. The results indicate that the lecturers do not undertake the full range of measures against breast cancer, evidencing a gap between what they recommend as health professionals and what they do, as women.

Este es un estudio exploratorio, descriptivo, de naturaleza cuantitativa, cuyo objetivo fue verificar acciones de prevención de cáncer de mama entre 20 docentes de Enfermería de la Universidad Federal de Paraíba. Los datos fueron recogidos en agosto y septiembre de 2011, y los resultados revelaron que entre las participantes la franja etaria más frecuente fue de 40 a 50 años y que 60% desempeñan actividad exclusiva de docencia. Se constató que 17(85%) participantes realizan exámenes de prevención contra el cáncer de mama, principalmente por medio de ecografía mamaria y mamografía, a pesar de solamente 45% realizar el examen en sí misma mensualmente. Los resultados apuntan que las docentes no realizan acciones de prevención del cáncer de mama en la totalidad, evidenciando una laguna entre lo que preconizan como profesionales de salud y el ejercido como mujeres.

Trata-se de um estudo exploratório, descritivo, de natureza quantitativa, e teve por objetivo verificar ações de prevenção de câncer de mama entre 20 docentes de Enfermagem da Universidade Federal da Paraíba. Os dados foram coletados em agosto e setembro de 2011, os resultados revelaram que entre as participantes a faixa etária prevalente foi de 40 a 50 anos e que 60% desempenham atividade exclusiva de docência. Constatou-se que 17 (85%) participantes realizam exames de prevenção contra o câncer de mama, principalmente por meio da ultrassonografia mamária e mamografia, embora apenas 45% realizem o autoexame mensalmente. Os resultados apontam que as docentes não realizam ações de prevenção do câncer de mama na totalidade, evidenciando uma lacuna entre o que preconizam como profissionais de saúde e o exercido como mulheres.

Um rebanho bovino naturalmente infectado por tuberculose foi analisado através de diferentes métodos diagnósticos. Um teste intradérmico simples (TIC) identificou 21 animais como positivos. Após 90 dias deste resultado, um teste intradérmico comparativo (TIC) foi aplicado nos 21 animais positivos ao TIS, além de outros 29 animais com resultados prévios negativos escolhidos aleatoriamente. De todos estes animais (50), foram coletadas amostras de leite e secreção nasal para isolamento e identificação de microrganismos por cultura e PCR; amostras de sangue de cada um dos animais foram coletadas para exames de ELISA: produção de Interferon-gama (IFN) e pesquisa de anticorpos frente aos antígenos MPB70 e MPB83. Tais amostras sanguíneas foram coletadas em três diferentes momentos: no dia da execução do TIC e nos dias dia 7 e dia 21 após a execução do TIC. Os animais que foram positivos a este teste foram abatidos; exames de identificação do agente, tais como cultivo e PCR foram realizados post-mortem para confirmação da doença. Baseado na análise Kappa, IFN apresentou resultados estatisticamente comparáveis aos resultados de isolamento e identificação bacteriana por cultura e PCR, além do TIC ao longo de todo o experimento. No entanto, TIC, ELISA e IFN não foram estatisticamente comparáveis. Tais resultados sugeriram que nenhum dos atuais métodos de diagnóstico para tuberculose possibilitou a identificação de todos os animais infectados. Por este motivo, uma estratégia mais abrangente deveria incluir métodos de diagnóstico que pudessem identificar a resposta imune celular e humoral, uma vez que animais de um mesmo rebanho poderiam se encontrar em diferentes estágios da infecção.

A herd infected naturally with tuberculosis was investigated by different diagnostic methods. Ninety days after a screening test that identified 21 cows as skin test positive, a Comparative Intradermal Tuberculin Test (CITT) was performed in those 21 cows and in 29 other randomly selected skin test negative cows. Milk samples and nasal swabs were collected prior to the CITT for bacteriological culture and PCR, while blood samples were collected for IFN release and antibody responses to MPB70 and MPB83, at three time points post tuberculin injection. Animals positive by CITT were slaughtered and disease confirmation undertaken. Based on the Kappa test, IFN was comparable to the standard tests (culture, PCR and CITT) at all three sampling points. Results from both antibody ELISAs were similar but were not comparable to the standard tests. T-test analysis of the CITT, IFN and ELISAs demonstrated that their performances were not correlated. There is increasing recognition that individually, available diagnostic tests do not detect all infected cattle. Therefore, a comprehensive strategy for the diagnosis of bovine TB should include test results for the detection of both cellular and humoral immune responses where there may be animals at different stages of infection.

A correlação entre a resistência à pirazinamida (PZA) e a resistência a outros fármacos antituberculose de primeira linha foi investigada em 395 cepas de Mycobacterium tuberculosis provenientes de espécimes clínicos, que representavam 14% do total de isolados de M. tuberculosis no período entre 2003 e 2008 no laboratório de um hospital universitário de referência para tuberculose. Uma alta correlação foi encontrada entre resistência a PZA e multirresistência, assim como entre resistência a PZA e resistência a rifampicina, isoniazida e etambutol (p < 0,01 para todos). Esses resultados enfatizam a importância da realização do teste de sensibilidade a PZA antes de prescrever a droga para o tratamento de tuberculose resistente e multirresistente.

The correlation between resistance to pyrazinamide (PZA) and resistance to other first-line antituberculosis drugs was investigated in 395 Mycobacterium tuberculosis strains isolated from clinical specimens, representing 14% of the overall number of M. tuberculosis isolates obtained between 2003 and 2008 at the laboratory of a referral university hospital for tuberculosis. A high correlation was found between resistance to PZA and multidrug resistance, as well as between PZA resistance and resistance to rifampin, isoniazid, and ethambutol (p < 0.01 for all). These results highlight the importance of performing PZA susceptibility testing prior to the prescription of this drug in order to treat drug-resistant and multidrug-resistant tuberculosis.

The performance of the nitrate reductase assay (NRA) was compared with the proportion method (PM) on Lowenstein-Jensen medium and the BACTEC MGIT960 assay under routine conditions using 160 clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis with a high proportion of resistant strains. The mean time to obtain results was 8.8 days and the overall agreements between NRA and PM and NRA and M960 were 95% and 94%, respectively. NRA was easy to perform and represents a useful tool for the rapid screening of drug-resistant M. tuberculosis strains in low-resource countries.

Entre 2005 e 2006, 8.121 espécimes clínicos enviados ao Laboratório de Micobactérias do Hospital Universitário Clementino Fraga Filho/Instituto de Doenças do Tórax, no Rio de Janeiro, RJ, foram inoculados em meio Löwenstein-Jensen contendo glicerol e piruvato. Desses espécimes, 79 isolados de micobactérias tiveram crescimento somente em meio com piruvato, sendo selecionados para a identificação presuntiva de Mycobacterium bovis. Esses isolados foram submetidos à identificação por testes bioquímicos, amplificação por PCR com primers específicos (Rv0577 e Rv1510) e teste de suscetibilidade à pirazinamida. Todas as cepas apresentaram padrões fenotípicos e genotípicos de M. tuberculosis, não sendo detectado M. bovis.

In 2005 and 2006, 8,121 clinical specimens submitted to the Mycobacteriology Laboratory of the Clementino Fraga Filho University Hospital/Thoracic Diseases Institute, in the city of Rio de Janeiro, Brazil, were inoculated on Löwenstein-Jensen medium containing glycerol and pyruvate. There were 79 mycobacteria isolates that presented growth only on pyruvate-containing medium, and those isolates were selected for the presumptive identification of Mycobacterium bovis. The selected isolates were screened with biochemical tests, PCR amplification (with the specific primers Rv0577 and Rv1510), and pyrazinamide susceptibility tests. All of the strains isolated showed specific phenotypical and genotypical patterns characteristic of M. tuberculosis, and no M. bovis strains were detected.

OBJETIVO: Identificar micobactérias não tuberculosas (MNT) isoladas de sítios estéreis em pacientes internados no Hospital Universitário Clementino Fraga Filho, Rio de Janeiro (RJ) entre 2001 e 2006. MÉTODOS: Durante o período do estudo, 34 isolados de MNT de sítios estéreis de 14 pacientes, a maioria HIV positivos, foram submetidos a identificação fenotípica e hsp65 PCR-restriction enzyme analysis (PRA, análise por enzimas de restrição por PCR do gene hsp65). RESULTADOS: A maioria dos isolados foi identificada como Mycobacterium avium, seguida por M. monacense, M. kansasii e M. abscessus em menores proporções. CONCLUSÕES: A combinação de PRA, um método relativamente simples e de baixo custo, com algumas características fenotípicas pode fornecer a identificação correta de MNT na rotina de laboratórios clínicos.

OBJECTIVE: To identify nontuberculous mycobacteria (NTM) isolated from sterile sites in patients hospitalized between 2001 and 2006 at the Clementino Fraga Filho University Hospital, located in the city of Rio de Janeiro, Brazil. METHODS: During the study period, 34 NTM isolates from sterile sites of 14 patients, most of whom were HIV-positive, were submitted to phenotypic identification and hsp65 PCR-restriction enzyme analysis (PRA). RESULTS: Most isolates were identified as Mycobacterium avium, followed by M. monacense, M. kansasii, and M. abscessus. CONCLUSIONS: The combination of PRA, a relatively simple and inexpensive method, with the evaluation of a few phenotypic characteristics can allow NTM to be accurately identified in the routine of clinical laboratories.

Detection of tuberculosis in cattle relies on the intradermal tuberculin test (ITT), but a definitive diagnosis requires identification of the pathogen after the animal is slaughtered. DNA in nasal swabs from 50 cows was analyzed by m-PCR, targeting for the RvD1-Rv2031c and IS6110 sequences. M. bovis was identified in two of 34 tuberculous cows (5.9%). The use of mPCR of nasal swabs as an in vivo diagnostic tool for bovine tuberculosis is suggested.

Colônias isoladas a partir de lesões sugestivas de tuberculose bovina foram testadas pela reação múltipla em cadeia da polimerase, usando oligonucleotídeos direcionados para as seqüências genômicas RvD1Rv2031c e IS6110, específicas para M. bovis e para o complexo Mycobacterium tuberculosis, respectivamente. A m-PCR identificou, com sucesso, 88,24% das colônias isoladas como M. bovis.

Isolates from suggestive bovine tuberculosis lesions were tested by a multiplex polymerase chain reaction (m-PCR) targeting for RvD1Rv2031c and IS6110 sequences, specific for M. bovis and Mycobacterium tuberculosis complex respectively. The m-PCR successfully identified as M. bovis 88.24% of the isolates.

Este estudo retrospectivo envolvendo polimorfismo de fragmento de restrição e utilizando como marcador a seqüência de inserção 6110, foi realizado para fornecer informações iniciais quanto à diversidade genética das cepas de Mycobacterium tuberculosis isoladas em favelas do Complexo de Manguinhos, na cidade do Rio de Janeiro. Das 67 cepas isoladas, 23 (34,3%) foram agrupadas em clusters (total de clusters, 10). A transmissão entre comunicantes domiciliares e extra-domicialiares estave associada a 20% e 60% dos clusters, respectivamente. Ser morador do Conjunto Habitacional Programado 2 foi associado à presença de clusters. Embora não significativo, é relevante o fato de que 26% das cepas em cluster apresentaram resistência primária. Estes achados, embora possivelmente subestimados devido à impossibilidade de analisar todas as cepas, fornecem subsídios para a melhoria do programa local de controle da tuberculose.

This retrospective molecular study involving restriction fragment length polymorphism, using insertion sequence 6110 as a marker, was conducted in order to provide an initial insight into the genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis strains isolated in the slums of the Complexo de Manguinhos, located in the city of Rio de Janeiro, Brazil. Of the 67 strains evaluated, 23 (34.3%) were found to belong to clusters (total clusters, 10). Household and social chains of transmission were associated with clustering, in 20% and 60%, respectively. Living in the Conjunto Habitacional Programado 2 slum was associated with clustering. Although not significant, it is relevant that 26% of the clustered strains presented primary resistance. These findings, although possibly underestimating the prevalence due to the failure to analyze all strains, could help improve the local tuberculosis control program.

Ensaios de sorodiagnóstico de paratuberculose (ELISA) utilizam Mycobacterium phlei na etapa de pré-adsorção para diminuir reações inespecíficas. Uma vez que M. fortuitum é uma das micobactérias atípicas mais isoladas no Brasil, o objetivo central deste estudo foi averiguar a possibilidade de sua utilização como antígeno da etapa de pré-adsorção destes testes. Os resultados sugerem que M. fortuitum apresentou resultados comparáveis (κ > 0.8) aos alcançados com M. phlei e que, portanto poderia ser uma alternativa ao invés ou associado a M. phlei na etapa de pré-adsorção de ELISAs para paratuberculose.

ELISAs for paratuberculosis employ a preadsorption step with Mycobacterium phlei to diminish unspecific reactions As M. fortuitum is one of the most frequent environmental mycobacteria, the purpose of this pilot study was to evaluate its use as an alternative for the preadsorption in ELISAs for paratuberculosis. Results suggest that M. fortuitum can be an alternative instead of or associated to M. phlei with comparable results (κ > 0.8) to conventional ELISAs using M. phlei as a preadsorption antigen.

Para descrever a resistência a drogas em cepas de Mycobacterium tuberculosis isoladas de amostras de escarro de 263 pacientes suspeitos de tuberculose moradores do Complexo de Manguinhos, Rio de Janeiro, Brasil, as culturas positivas entre outubro de 2000 e dezembro de 2002 foram submetidas a teste de sensibilidade para isoniazida, rifampicina, estreptomicina, etionamida e etambutol. Resistência a qualquer das drogas foi encontrada em 21,4% (16/75) dos pacientes diagnosticados com tuberculose. Destes, 50% (8/16) eram casos novos e 50% (8/16) eram casos com tratamento anterior. A tuberculose multirresistente foi encontrada em 10,6% (8/75) do total de pacientes, estando associada a tratamento anterior em 8% (6/75) deles. Nossos resultados podem ter sido subestimados, pois M. tuberculosis não pôde ser isolado em todas as amostras positivas para bacilos álcool-ácido resistentes. Contudo, eles pelo menos revelam parte do problema.

This study aimed to assess drug resistance in Mycobacterium tuberculosis strains isolated from sputum samples. To that end, sputum samples were collected from 263 patients suspected of having tuberculosis. All subjects lived in the Complexo de Manguinhos, which is located in the city of Rio de Janeiro, Brazil. Cultures testing positive between October of 2000 and December of 2002 were tested to determine strain susceptibility to isoniazid, rifampicin, streptomycin, ETHionamide, and ETHambutol. Of the 75 patients diagnosed with tuberculosis, resistance to at least one of the drugs was found in 16 (21.4%). Of those 16 patients, 8 (50%) were new cases, and 8 (50%) had previously been treated. Multidrug-resistant tuberculosis was identified in 8 (10.6%) of the 75 patients, being associated with previous treatment in 6 (8%). The incidence of multidrug-resistant tuberculosis might have been underestimated, since M. tuberculosis was not isolated from all of the samples testing positive for acid-fast bacilli. However, at least, our findings shed some light on the problem.