Objective The global burden of diabetes mellitus will impact strongly American countries in the coming decades. Type 2 diabetes mellitus (T2DM) is a multifactorial disease and the basis for its genetic susceptibility remains not fully understood. Different population studies have demonstrated that variants of the TCF7L2 gene are strongly associated with an increased risk of T2DM. Moreover, institutions or countries with limited budget to conduct genetic research need cost effective methods for detecting DNA variants. Subjects and methods We standardized a rapid and simple allele-specific PCR method for genotyping the rs12255372 single nucleotide polymorphism (SNP) in a pilot study exploring the association of three TCF7L2 polymorphisms (rs7903146, rs12255372 and DG10S478) with T2DM in 70 patients and 73 controls from Venezuela. Results The performance of the designed allele-specific PCR reaction for rs12255372 genotyping was reliable and accurate. Patients carrying the TCF7L2 rs7903146 T allele (CT + TT genotypes) and heterozygous CT genotype had a significantly higher risk for T2DM (OR = 2.9 and 2.3, respectively). Although rs12255372 and DG10S478 risk alleles predominated in T2DM group no statistical significance was found. Conclusions We developed a novel allele-specific PCR method for easier and rapid detection of rs12255372 polymorphism without the use of expensive instrumentation and reagents. Our study in a relatively small sample of the Venezuelan population replicated the association of the rs7903146 SNP with T2DM. Further studies with larger sample size and more biochemical data should be conducted to explore the genetic basis of T2DM susceptibility in Venezuela.

El gen CYP2D6 codifica para una monooxigenasa perteneciente al citocromo P450, la cual está involucrada en la biotransformación de un gran número de drogas comúnmente prescritas, como antidepresivos, antineoplásicos y antihipertensivos. Algunos efectos adversos, así como falla terapéutica pueden ser relacionados con la actividad anormal de CYP2D6 producto de polimorfismos en el gen de dicha enzima. Con el fin de predecir la frecuencia de algunos fenotipos metabolizadores pobres de CYP2D6 en la población de la región centroccidental de Venezuela se determinaron las frecuencias alélicas y genotípicas de las variantes alélicas CYP2D6*3, *4 y *6. Se extrajo ADN genómico a partir de sangre periférica de 100 individuos voluntarios aparentemente sanos, y se procedió a la genotipificación por PCR tetra-primer alelo-específica y análisis por electroforesis en geles de agarosa. Se compararon las frecuencias obtenidas con poblaciones de otros países. El alelo más frecuente fue CYP2D6*4 con 16,5%, mostrando una diferencia significativa con la reportada con poblaciones asiáticas. Este trabajo constituye un estudio preliminar en la caracterización de un grupo más amplio de alelos de CYP2D6 con el fin de asistir al desarrollo de una farmacoterapia individualizada en nuestro país.

The CYP2D6 gene encodes for a monooxygenase belonging to the cytochrome P450, which is involved in the biotransformation of a large number of commonly prescribed drugs such as antidepressants, antihypertensive and antineoplastic. Some side effects, as well as therapeutic failure may be related to abnormal activity of CYP2D6 product of polymorphisms in the CYP2D6 gene. In order to predict the frequency of some poor metabolisers phenotypes of CYP2D6 in the population of the Central-Western region of Venezuela it was determined the allelic and genotypic frequencies of CYP2D6 *3, *4, *6 allelic variants. DNA was extracted from peripheral blood of 100 apparently healthy volunteers, and proceded to genotyping by PCR tetra-primer allele-specific analysis and agarose gel electrophoresis. We compared the frequencies obtained with those of other countries. The most frequent allele was CYP2D6 *4 with 16.5%, showing a significant difference to the reported in Asian populations. This work is a preliminary study on the characterization of a wider group of CYP2D6 alleles in order to assist the development of an individualized pharmacotherapy in our country.

Las citoquinas pertenecientes a familia de la interleuquina-1 (IL-1) están codificadas por tres genes diferentes: IL-1A, IL-1B, e IL-1RN, los cuales codifican para IL-1 α, IL-1β, y el antagonista endógeno del receptor de IL-1 (IL-1ra), respectivamente. Las IL-1α e IL-1β actúan como citoquinas pro-inflamatorias, mientras que la IL-1ra se comporta como anti-inflamatoria. Han sido reportados varios polimorfismos bialélicos en los genes de IL-1B, incluyendo IL-1B-511(C/T) e IL-1B+3954(C/T), mientras que IL-1RN presenta en el intrón 2 un polimorfismo VNTR penta-alélico. Los polimorfismos funcionalmente relevantes de estos genes han sido correlacionados con un amplio conjunto de condiciones autoinmunes e inflamatorias crónicas, así como con cáncer. Con el fin de determinar la distribución de estos polimorfismos en la región centroccidental de Venezuela, se estudiaron 100 individuos no relacionados aparentemente sanos. Se extrajo ADN genómico a partir de sangre periférica, y se procedió a la tipificación de los polimorfismos IL-1B-511 e IL-1B+3954 por PCR-RFLP y VNTR de IL-1RN por PCR. Se determinaron las frecuencias alélicas y genotípicas con el programa Arlequín ver. 2.000. Se observó un predominio del alelo T (52%) y del alelo C (82%) en IL-1B-511 y IL-1B+3954, respectivamente. Mientras que para IL-1RN los genotipos más frecuente fueron el 1/1 (47%) y 1/2 (41%). Se compararon los resultados con las frecuencias poblacionales encontradas en otros países, destacándose diferencias significativas con poblaciones de diferente origen étnico. Los resultados podrían proporcionar una referencia valiosa para estudios futuros de asociación con cáncer y enfermedades inflamatorias en Venezuela.

The cytokines belonging to the family of interleukin-1 (IL-1) are encoded by three different genes: IL-1A, IL-1B, and IL-1RN, which encode for IL-1α, IL-1β and the endogenous receptor antagonist for IL-1 (IL-1Ra), respectively. IL-1α and IL-1β operate as pro-inflammatory cytokines, while the IL-1Ra as anti-inflammatory. It has been reported several biallelic polymorphisms in the genes of IL-1B, including IL-1B-511(C/T) and IL-1B+3954(C/T), while IL-1RN presents in intron 2 a penta-allelic VNTR polymorphism. The functionally relevant polymorphisms of these genes have been correlated with a wide range of chronic inflammatory and autoimmune conditions, as well as cancer. In order to determine the distribution of these polymorphisms in the Central-Western region of Venezuela, 100 unrelated apparently healthy individuals were studied. DNA was extracted from peripheral blood, and proceded to the characterization of polymorphisms IL-1B-511 and IL-1B +3954 by PCR-RFLP and VNTR IL-1RN by PCR. Allelic and genotypic frequencies were determined awith the program Arlequin v. 2.0. There was a predominance of T allele (52%) and the C allele (82%) for IL-1B-511 and IL-1B +3954, respectively. While for IL-1RN the more frequent genotypes were 1/1 (47%) and 1/2 (41%). We compare the results with the population frequencies found in other countries, highlighting differences with significant populations of different ethnic origin. These results could provide a valuable reference for future studies of association with cancer and inflammatory diseases in Venezuela.

Los telómeros son complejos nucleoproteicos que protegen los extremos de cromosomas eucariotas de fenómenos de degradación y recombinación. En humanos, los telómeros miden 10-12 kpb en células somáticas normales, pero pueden reducirse hasta apenas 1-2 kpb en células tumorales de rápido crecimiento, debido a la replicación incompleta de estas estructuras en cada división mitótica. Los telómeros se acortan con la edad, lo cual puede estar asociado a inestabilidad genómica y a un incremento del riesgo de sufrir cáncer. El análisis de fragmentos de restricción teloméricos por Southern blot es en la actualidad el método estándar para la medición de la longitud de los telómeros. Sin embargo, una determinación precisa no es posible cuando el ADN está fragmentado o es escaso, como es el caso de las biopsias incluidas en parafina. En este trabajo se adecuó un ensayo de slot blot para cuantificar el contenido relativo, en lugar de la longitud, del ADN telomérico a partir de muestras de archivo de adenocarcinoma de colon. El contenido de ADN telomérico pudo ser medido de manera reproducible con apenas 75 ng de ADN genómico altamente degradado empleando detección de la hibridización por quimioluminiscencia.

Telomeres are nucleoprotein complexes that protect the ends of eucaryotic chromosomes from degradation and recombination. In humans, telomeres measure 10-12 kbp in normal somatic cells, but they scarcely reach 1-2 kbp in tumor cells of rapid growth, due to the incomplete replication of these structures in each mitotic division. Telomeres shorten with age, which can be associated to genomic instability and to an increment of the risk of suffering from cancer. The standard method to measure the telomere length is the analysis of telomeric restriction fragments by Southern blot. However, a precise determination is not possible when the DNA is broken into small fragments or if it is scarce. In this work, a slot blot assay was adapted to quantify the relative content, instead of the length, of telomeric DNA from paraffin-embedded archival specimens of colon adenocarcinoma. The telomeric DNA content could be reproducibly measured with hardly 75 ng of highly degraded genomic DNA by chemiluminescent detection for hybridization.

Here we have characterized Leishmania major (Friedlin) telomeric terminus (the very end) using recombinants obtained by a vector-adaptor cloning protocol. As in L. donovani, the last nine nucleotides of L. major terminus are 5'-GGTTAGGGT-OH 3', differing from Trypanosoma cruzi and T. brucei terminus 5'GGGTTAGGG-OH 3', thus indicating that these sequences are genus specific. We have also made a comparative analysis between L. major and L. donovani telomere-associated sequences, and described a novel non-repeated telomeric associated sequence common to L. major low molecular weight chromosomal bands.