Resumen Técnicas moleculares requieren extracciones de ácidos nucleicos en cantidad y pureza adecuadas. Este trabajo describe un modelo lineal generalizado (GLM) de un factor ajustado con efectos fijos sobre el rendimiento de ácido nucleico (ng/μl) y la pureza (A260/A280 y A260/A230), para cinco métodos de extracción de ADN utilizando tarjetas FTA con sangre de cabra (Capra aegagrus hircus). Se ensayaron dos métodos comerciales basados en columnas de sílice (Invitrogen y Macherey Nagel; MN), método resina quelante (Chelex), método CTAB y el método de fenol-cloroformo-alcohol isoamílico (PCI). Adicionalmente, para MN, se evaluó una etapa de incubación con tampón PBS (Phosphate Buffered Saline) en alta temperatura previa a la lisis y una etapa de purificación posterior a la extracción utilizando un modelo de efecto fijo de dos factores con interacción. Las concentraciones de ADN y las proporciones de pureza fueron variables; la concentración más alta se obtuvo con el kit MN (170.45 ng/μl), pero con deficiencias en la pureza (0.32 de A260/A230, 0.34 de A260/A280). A pesar de esto, todos los métodos de extracción generaron productos PCR con cebadores específicos D-loop (ADNmt). El efecto combinado de las etapas de pre-incubación y post-purificación arrojó valores de pureza satisfactorios (1.89 para A260/A230 y 1.65 para A260/A280), así como relaciones de concentración (476.78 ng/μl) con baja variabilidad. En conclusión, la concentración y pureza del ADN de muestras de sangre mejora considerablemente cuando se usa un kit comercial en combinación con incubación previa a la lisis y purificación posterior a la extracción. Estos ácidos nucleicos se sugieren para uso en potenciales aplicaciones moleculares a posteriori.

Abstract Molecular techniques require extractions of nucleic acids in adequate quantity and purity. This work describes a generalized linear model (GLM) of an adjusted factor with fixed effects on nucleic acid yield (ng/μl) and purity (A260/A280 and A260/A230), for five methods of DNA extraction using FTA cards with goat (Capra aegagrus hircus) blood. Two commercial methods based on silica columns (Invitrogen and Macherey Nagel; MN), the chelating resin method (Chelex), the CTAB method and the phenol-chloroform-isoamyl alcohol (PCI) method were tested. Additionally, for MN, an incubation step with PBS (Phosphate Buffered Saline) buffer at high temperature prior to lysis and a purification step post extraction were evaluated using a fixed-effect model of two factors with interaction. DNA concentrations and purity ratios were variable; the highest concentration was obtained with the MN kit (170.45 ng/μl), but with deficiencies in purity (0.32 of A260/A230, 0.34 of A260/A280). Despite this, all extraction methods generated PCR products with specific D-loop primers (mtDNA). The combined effect of the pre-incubation and post-purification stages yielded satisfactory purity values (1.89 for A260/A230 and 1.65 for A260/A280), as well as concentration ratios (476.78 ng/μl) with low variability. In conclusion, the concentration and purity of DNA from blood samples is greatly improved when using a commercial kit in combination with pre-lysis incubation and post-extraction purification. These nucleic acids are suggested for use in potential molecular applications a posteriori.

Existem diferentes modelos controversiais e contraditorios sobre a história geológica da região do Caribe. A origem da placa Caribe, a natureza do embasamento das bacias do Caribe e o contexto tectônico regional tem sido discutido durante décadas. Existem alguns estudos dispersos e pontuais na região do Caribe. A estratigrafia sísmica aplicada em linhas sísmicas regionais nas bacias Colômbia, Sinú Offshore e Sinú-San Jacinto sugere uma continuidade estratigráfica entre essas bacias. Neste estudo foi proposto uma carta cronoestratigráfica das bacias Colômbia e Sinú Offshore baseada em terminacões estratais e fácies sísmicas. Sete etapas estratigráficas foram identificadas nas bacias Colômbia, Sinú Offshore e Sinú-San Jacinto. Essas etapas também foram reconhecidas na região do Caribe. A primeira etapa estratigráfica foi caracterizada por deposição continental para marinho restrito durante um evento de rifting no Triássico/Jurássico. As segunda, terceira e quarta etapas foram caracterizadas pela deposição de extensas plataformas de carbonatos durante o Cretáceo, deposição de uma plataforma carbonática arenosa no Paleoceno e sedimentação carbonática e fluvial de grão grosso durante o Eoceno, respectivamente. Uma outra etapa foi caracterizada pelo aumento do nível de base e deposição marinha profunda (turbiditos e sedimentos pelágicos/hemipelágicos) durante o Oligoceno. O Mioceno Inferior e Médio foi caracterizado pela sedimentação marinha rasa para fluvial durante uma caída do nível de base controlada por eventos episódicos de inversão tectônica. Durante o Mioceno Superior até o presente a sedimentação foi principalmente terrígena de grão grosso. As relações estratigráficas entre as bacias Colômbia, Sinú Offshore e Sinú-San Jacinto sugerem uma história geológica comum entre o Caribe e o norte de América do Sul. A continuidade geológica proposta neste estudo é facilmente explicada pelo modelo in situ da origem da placa Caribe.

There are diverse controversial and contradictory models about the geological history of the Caribbean region. Some issues such as the origin of the Caribbean plate, the nature of basement of the Caribbean basins and the regional tectonics, have been in discussion during decades. There are disperse and punctual studies across the Caribbean. Application of seismic stratigraphy in regional seismic lines across the Colombian, Sinú Offshore and Sinú-San Jacinto basins suggests a stratigraphic continuity between these regions. A chronostratigraphic chart of the Colombian and Sinú Offshore basins based on stratal terminations and seismic facies was proposed. Seven stratigraphic stages were identified in the Colombian, Sinú Offshore and Sinú-San Jacinto basins, which, also, have been recognized across the Caribbean region. First stratigraphic stage was characterized by continental to restricted marine deposition during a Triassic/Jurassic rifting. Second, third and fourth stages correspond with deposition of a wide carbonate platform in the Cretaceous, sandy carbonate platform during the Paleocene and carbonate and coarse-grained fluvial sedimentation during the Eocene, respectively. Another stage was characterized by rising of base level and deep-water deposition (turbidites and pelagic/hemipelagic sediments) during the Oligocene. The Early to Middle Miocene was characterized by shallow marine to fluvial sedimentation during falling base level, which was controlled by episodic events of tectonic inversion. During the Late Miocene to recent, the sedimentation consisted of terrigenous coarse-grained deposits. Stratigraphic relationships between these zones, suggest a shared geological history between the Caribbean and northern South America. The geologic continuity founded in this study is easily explained by the model of an in situ origin for the Caribbean plate.